傅斯年从未在重庆政府任职。只是从1938年起，担任了四届国民参政会参政员。他向来不愿从政，但抗战如救火，他视同征兵，义不容辞。

　　这个战时“征召”的参政员脾气很大，决不尸位素餐。

　　傅国涌：从1939年到1945年，他在参政会上或以提案、或以提问、或以口头询问、或以质询等方式，就财政、内政等问题向炙手可热的既得利益集团中心人物之一孔祥熙提出尖锐的质疑，“傅大炮”的称号因此而来。从1938年起，更几次上书蒋介石，直言豪门权贵、长期掌管着国库钥匙的孔祥熙不仅自己贪得无厌，而且纵容家属和部下贪污腐败，他从物望、才能、用人、家风及内政、外交等方面指出孔祥熙不适合担任行政院长，劝蒋把他换掉。

　　如此，才出现了蒋介石请傅斯年吃饭时那一段精彩对话。

　　1944年，劣迹斑斑的孔祥熙终于被轰下台，其中就有傅斯年多年的呼号努力在内。由此不难看出傅斯年的道义勇气和不屈不挠的精神。

　　抗战甫一胜利，1945年10月，傅斯年从重庆赶到昆明，就任西南联大常委，一个月后才返渝。此时西南联大的局势，已非初去时“跑警报”、“泡茶馆”，“笳吹弦诵在春城”的平和景致。早在抗战后期，国民政府在军事上的失利、政治腐败和物价飞涨、教授赤贫，使得昆明的教授们越来越激烈地批评中央政府，要求实行政治改革。

　　傅斯年回到重庆没有几天，昆明发生了国民党特务炸死学生的“一二·一”事件，傅斯年随即赴昆明调解学潮。

　　傅国涌：傅斯年处理“一二·一事件”后的学潮应该说是成功的，他在不伤害学生、教授的原则下、通过教授会议的渠道平息学潮，最后以国民党当局向学生妥协告终，显示出他作为一个自由知识分子的智慧和品质。他赶到昆明的当天就对云南警备总司令关麟征说：“我代表学校当局，对于这次屠杀事件不胜其愤慨，我以前跟你是朋友，现在是站在对立的地位了。”“你杀了同学，比杀了我的儿女还要使我伤心。”他对学生的感情已包含在这短短几句话当中。

　　许纪霖亦认为，处理“一二·一事件”可见傅斯年的才干。在这种“走钢丝”的关键时刻成功走到了彼岸，但在代理北大校长一年的时间里，他的“大炮”本色为历史增加了纷繁的歧义。

　　傅国涌：抗战结束后他代理北大校长，赌咒发誓不录用伪北大的教职员，考古学家容庚给他写信，力陈自己的种种无奈和理由，他丝毫不为之所动。在他看来道理很简单，如果出任伪职的人不受到谴责，他就对不起跋山涉水远去西南边陲的教授和学生。对那些下水当汉奸的，哪怕像周作人那样有学问的，他也绝不宽恕，在他看来这是“正是非，辨忠奸”，是“‘汉贼不两立’，连握手都不应该!”

　　北大北归后，傅斯年每次提到罗振玉都要加“老贼”二字。在写给夫人俞大綵的信中，傅说：“大批伪教职员进来，这是暑假后北大开办的大障碍，但我决心扫荡之，决不为北大留此劣迹。实在说在这样局面之下，胡先生办远不如我，我在这几个月给他打平天下，他好办下去。”

　　他说的“胡先生”是胡适。傅斯年举荐胡适战后出任北大校长，却又在一年代理校长期间，为胡适处理了那些最“得罪人”的问题。他的目的是要尽一切办法使北大“保持一个干干净净的身子”。这个“不够宽容”的傅斯年，就是如此是非分明、毫不拖泥带水的决绝。