胡適對傅斯年的能力與天分評價極高，他曾說："孟真的天才，真是朋友之中最傑出的。他的記憶力最強，而不妨害他的判斷力之過人。他能做第一流的學術研究，同時又最能辦事" 。胡適在蔣介石邀入閣擔任行政院長的人情攻勢中，曾建議蔣介石不如延攬傅斯年、蔣廷黻出任。1945年，抗戰勝利，兼任北大校長的胡適出任國民政府駐美大使，因公滯美未歸，面臨大學復員回北京的難題，胡適與蔣介石屬意改由傅斯年出任北大代理校長，挑起復員遷校回北京與接收重任 。

　　西南聯大則在抗戰勝利後解散，北大、清大、南開等校紛紛復員，必須再次大規模遷徙;然而抗戰期間，由日本傀儡政權扶植的偽北大，也有教職員安置問題，釀成偽北大教職員街頭抗議事件。

　　傅斯年於代理北大校長後多次聲明，北大決不錄用偽北大教職員，指大學須在"禮義廉恥"四字上做不折不扣的榜樣，給後代青年們看看，讓青年正是非、辨忠奸，否則"下一代的青年不知所取，今天負教育責任的人將成國家的罪人" 。甚至痛斥為接收日據時期偽校產與偽北大教授打過招呼的陳雪屏，"漢賊不兩立，連握手也不應該"。

　　燕京大學對參加偽北大的教授一律解聘，傅斯年說，如果北大做不到，"真沒臉見燕京的朋友了"。他又直指舍不得離開的人如果不受譴責，對不起那些長途跋涉到大後方，拋家別子，堅持國家民族大義的教授與學生。強硬手腕終於敲定北大復員難題。在開除依附日軍的偽北大教職員，並上書指責國民黨政府在戰後未能嚴審、嚴懲漢奸後，傅斯年說，"我知道恨我的人一定很多，但我不能作鄉願"!

　　也因為認定胡適適合當全國最高學府校長職務，傅斯年雖接手北大，化解偽北大教職員難題，卻始終定位自己是暫代校長。他努力不懈，為北大爭取到新校地、校產，目的是為"斷然不願與別人搶東西"的胡適當開路先鋒;當胡適自美返國後，他立刻辭職讓胡適重返北大，毫不留戀，也不接受蔣介石慰留，依舊回歷史語言研究所。傅斯年自詡為胡適的"清道夫"、"保駕人"，曾對蔣夢麟說，蔡元培、胡適是北大"功臣"，北大精神創始者，但"辦事能力讓人不敢恭維";至於他與蔣夢麟雖會辦事，但不過是北大"功狗" 。

　　1947年，宋子文下臺後，傅斯年赴美養病。此時中國內戰再起，傅斯年返國出任中央研究院院士及立法委員;1948年12月，情勢更加緊張，國民政府即將全面遷臺，臺灣大學校長莊長恭考量國共內戰不利情勢，擅自攜眷離臺返回上海，由杜聰明暫代，為安定人心，蔣介石決定由具學界碩儒身分的傅斯年出掌臺大。

　　傅斯年考慮再三，並一度以健康為由嚴詞拒絕，最後拗不過蔣介石與教育部長、老長官朱家驊連番遊說，以及國民黨二把手、剛接任臺灣省主席的陳誠的人情壓力，為穩住臺灣動蕩局面，1949年1月20日辭去立委，赴臺接任臺大校長。中研院歷史語言研究所也隨傅斯年遷臺，此舉不但為中研院保留許多珍貴史料，也奠定日後臺灣歷史學術研究的根基。為表尊重與感謝，陳誠親臨機場迎接傅斯年。行前傅斯年卻對朱家驊說，"你把我害了，恐我的命要斷送在臺大了" 。

　　之所以猶豫，傅斯年主要是思考要留在臺灣或大陸。傅斯年對國民黨失敗早有準備，但還是無法接受。徐蚌會戰失利後，受陳布雷、段錫朋相繼過世影響，傅斯年在南京雞鳴寺中告訴蔣介石文膽陶希聖，在身邊準備若幹安眠藥，"現在沒有話說，準備一死" ，可見悲觀與無奈。1948年底，胡適與傅斯年在南京對著滾滾長江，思及國府命運，禁不住潸然淚下，傅斯年傷感地吟誦陶淵明的《擬古》詩第九首：

　　種桑長江邊，三年望當采。枝條始欲茂，忽值山河改。柯葉自摧折，根株浮滄海。春蠶既無食，寒衣欲誰待。本不植高原，今日復何悔!