傅斯年具有強烈的愛國與民族情操，個人色彩濃厚，對權貴不假詞色，是以具鮮明的自由派學者風骨。早在1932年，他主動出資參與胡適推動出版《獨立評論》雜誌的工作。但精明的傅斯年畢生擺脫不了與國民黨的關系。

　　七七事變後，傅斯年參加的廬山談話會，並與毛澤東、胡適、李璜、張君勱、蔣百裏等人參與國防參議會;次年兼任國民參政會參政員。1943年間，由於不滿國民黨腐敗，加上同情窮人、社會主義思潮 ，傅斯年多次對孔宋家族開炮，與親中共的參政員聯絡，對行政院長、蔣介石的連襟孔祥熙部屬涉入同盟勝利美金券弊案大加撻伐、提出彈劾。不但接連上書，甚至公開在參政會要求老蔣懲罰貪汙要從大官做起，指孔祥熙從才能、信望、用人、國際觀感、禮教，都不符合閣揆要求，輿論嘩然，讓蔣下不了臺。據聞蔣介石曾宴請傅斯年，希望傅斯年既相信他，也該信用他任命的人;傅斯年當面回絕，指對孔祥熙的批判是全國公論，"要說因為信任你就該信任你信任的人，砍掉腦袋也不能這樣說。" 孔祥熙終究於1945年下臺。

　　傅斯年更著名的政論文章《論豪門資本之必須鏟除》，則點名蔣介石妻舅、接替孔祥熙出任行政院長的宋子文是官僚資本、化國為家，主張"與國人為敵的宋子文必需下臺"才能解政治僵局。尤其1947年2月15日於《世紀評論》發表《這個樣子的宋子文非走不可》一文，直言宋子文不走，國民政府不但吃不消，更恐將自蝕、崩潰、垮臺。文章發表後洛陽紙貴，輿論轟動，連胡適都說，"痛快之至，佩服、佩服"。蔣介石不得不再度屈服，宋子文黯然離職。

　　雖然批評不假辭色，傅斯年與國民黨的關系卻是異常地好，1945年，昆明發生一二一學潮，傅斯年受蔣介石委托，說服學生脫離政治鬥爭，維護校園正常秩序。當年7月，傅斯年甚至代表國民參政會訪問延安，與毛澤東相談甚歡。據羅家倫追憶，毛、傅兩人是舊識，談了一整夜。毛澤東贊揚傅斯年的五四功績，贈詩一首：

　　竹帛煙銷帝業虛，關河空鎖祖龍居;坑灰未冷山東亂，劉項原來不讀書。

　　傅斯年則自謙自己不過是中國的"陳涉、吳廣之流"，國共才是今之項羽、劉邦。傅斯年離開延安後提到，對毛澤東嗜讀水滸的深刻印象。

　　只是與國民黨關系雖好，傅斯年維持讀書人的獨立性格，堅持不入國府做官，僅任職學界或民代。抗戰後，他曾拒絕出任國民政府委員。在蔣介石力邀胡適任國民政府委員兼考試院長時，傅斯年大表反對，先代胡適推辭，並向胡適強調，"一入政府即全無辦法"，"入閣不如組黨，組黨不如辦報"，獨立監督立場不能動搖。他並稱此舉是蔣介石"想把胡適這朵鮮花插在牛糞上"。