傅斯年赴臺時仍抱著即將回到大陸的心情，不但許多家產、圖書未隨身攜帶，部分家人也沒有一同東遷。未料國民黨敗得如此迅速、徹底，形成臺海對峙僵局，竟讓傅斯年從此被困孤島。只是傅斯年到了臺灣，便不打算繼續流浪，拒絕友人邀他赴美避難，指自己不做順民，不托庇異國，無可奈何不過"蹈海而死矣" 。臺大教授黃德時邀他賜字，傅斯年寫下"埋骨於田橫之島"的名句，表達他視死如歸，與臺大學生死生與共的堅持。當時傅斯年家中掛的對聯是"六親不認、四海無家"!

　　臺大學術資源全由接收日本臺北帝國大學而來，雖有一定規模與歷史，但畢竟處於動蕩，整頓困難，也欠缺資源與穩定研究環境。傅斯年深信"大學以教授之勝任與否為興亡所系"，全面從中國大陸延攬人才赴臺任教。在他爭取下，蔣介石於1949年初派軍機到北京敦請學者，因北京南苑機場已遭共軍占領，國民政府特地在天壇修出臨時跑道供飛機起降，才讓名教授毛子水、英千裏、錢思亮等人順利離開，陸續加入臺大;其余如李濟、勞幹、董作賓、陶葆楷、董文琦、芮逸夫等也在傅斯年延攬師資名單之列。由於這批重量級學者的加入，短時間內大大提升臺大師資陣容與學術基礎。

　　延攬對象中仍有許多學者主張留在新中國奮鬥，其中最讓他遺憾的應數被他稱為"中國最有希望的讀書種子"、"三百年來第一人"的陳寅恪婉拒來臺。

　　另一方面，他主觀意識極強，對人愛惡分明，不免有負面影響。國學大師錢穆，早年發表《劉向諳父子年表》時，以歷史考據反證史實，被傅斯年引為知己。但隨錢穆轉向專註傳統文化思想闡述，漸與批判現實、力主科學方法的傅斯年等人分道揚鑣後，兩人迅速交惡，又因錢穆批評傅斯年提倡的治學方法欠缺系統與整體關照，致北大復校時，西南大後方教授群中，唯獨錢穆未獲傅斯年回聘;國民黨遷臺時，錢穆也留在香港發展。

　　隨逃難人潮湧進，臺大學生人數霎時擴增四倍，突破三千人大關，對校務是一大壓力。胡適立即發揮影響力，藉由中華文化教育基金會經費協助，提供七個為期兩年的學術獎助金，讓臺大不必苦苦向國民政府要錢;在政府財政吃緊之際，傅斯年也向陳誠要到為數不小的經費，蓋了三排教室與大批學生宿舍，滿足學生需求。之所以受老蔣器重，一方面因傅斯年的學術地位，也因為行政幹才與魄力非比尋常，為大學校務，他可以放下身段到處奔走，上窮碧落下黃泉地要錢，除陳誠、吳國禎兩任臺灣省主席外，甚至直接找老蔣，絕不空手而回。傅斯年曾自負地說："胡適比我偉大，但我比胡適能幹"。

　　出掌臺大，傅斯年絕非想和稀泥、作爛好人，而是捐棄民初以來建"大學堂"的觀念，樹立一所現代化的大學，成為學術重鎮。

　　臺大前身"臺北帝國大學"創於1928年，為日本軍國主義者培育殖民地高校生所設，因此符合日本帝國需要、培育殖民地人民忠誠精神成為創校精神。日本並將臺北帝大作為前往東南亞發展、侵略的跳板。傅斯年自認首要使命是扭轉臺大被殖民統治工具化的命運，他提倡人文素養與學術自由精神，擺脫殖民政權強加在臺灣高等知識分子上的幹預與洗腦，脫離大學被強行賦予的政治使命、目的 。

　　為一掃日本殖民統治的流弊，傅斯年標舉大學需兼顧學生整體教育目的，要求大學生需研習三民主義、國文、英文、中國通史等共同課目。親自率領成立"大一國文教學"、"大一英文教學"兩個研究小組，將原先帝大由教授主持的的各科講座合並為科系與理、工、文、法、農、醫等六學院，建立學分制度及經營行政事務的中立性學校組織，為臺大繼續擴充做積極準備。

　　為求提升教學品質，傅斯年很快地提高教職員待遇，不適任者一律轉聘，實施嚴格考核管理，經教師資格審查聘任會杜絕關說，嚴禁貪汙及"政客與不學無術之徒混跡其中"。想關說、幹預謀一教職者，幾乎絕無僅有，但只要學術卓有成就，無論資格、學歷、年齡，一律拔擢。他曾發通知給教師，直言校長可能隨時去聽課，也隨時可能解聘教員，給教師相當大的自我要求壓力 。他並常藉私訪了解學校各單位有無貪汙、收紅包弊病，某晚巡視臺大附屬醫院急診室，發現值班醫師摸魚溜班，勃然大怒下立即免職，沒有情面可講，並立即改革臺大附屬醫院工作情形。傅斯年雖先後摘掉七十多名教員的職務，但因其中多位家境特別貧寒，重感情的他也拜托陳誠撥經費，聘貧寒者任臺大圖書館編纂，讓同仁不至於斷炊 。

　　前國民黨行政院副院長徐慶鐘之子徐淵濤在回憶錄中指出，李登輝於1948年在臺大擔任農經系助教期間，因為與一位日籍教授投緣，違反規定住進教授宿舍，校方發現後進行催收，李登輝不肯搬遷，傅斯年得知後火冒三丈，下令解聘李登輝。只是在傅斯年死後，徐慶鐘考量與李登輝的師生情誼，才保李登輝重回臺大。

　　傅斯年治學的認真嚴格，也表現在他對臺大學生的課業要求：學生不能透過私人管道不考試入學，傅斯年在辦公室門口貼上，"為子女說項者免開尊口"字條，影響所及，臺大在往後數十年一律拒絕靠關系入學。他並首創大學考題必需"入闈"出題，出題教授一律集中管理，杜絕說情舞弊，讓學生無從鉆漏洞。許多臺大教授坐過這種有警衛在外持槍嚴加看管的"出題監" 。

　　此外，傅斯年關於校長必需教師出身，以免淪為政客的主張，已成為臺灣各大學近五十年來辦校的基本原則。他主張學校聘任教師需高度尊重各系所教授意見，也成為臺灣大學行之有年的原則。