創辦廣州中山大學文學院與語言歷史研究所;創辦中央研究院歷史語言研究所;主持北大復員;開臺大之先河，治學與辦事能力兼具，是胡適認為傅斯年畢生的四大成就 。

　　1943年，英國知名歷史學者李約瑟到中國訪問，由傅斯年接待，這位日後以《中國之科學與文明》聞名的學者，回憶傅斯年是個外型相當胖、頭型奇特，而又健談、西化、有趣的人。李約瑟回國前，傅斯年在一把折扇上寫了《道德經》相贈，李約瑟日後則以《中國之科學與文明》第五卷第七分冊獻給傅斯年與俞大維，見證這段奇異的東西方歷史學者的相遇。這是傅斯年的溫文儒雅。

　　在學術上，傅斯年為中國歷史研究開啟一扇窗：推動語言學與歷史學結合及現代化，以符合西方科學標準的要求。利用反復實驗，考證確定客觀規律與事實;用自然科學心態看待歷史，讓史學成為歷史科學;以新工具引出新問題，檢驗舊材料，創造新的研究領域與材料，讓史料研究、搜尋、左證成為學術研究核心，成就中國歷史研究的科學之路。"上窮碧落下黃泉，動手動腳找東西"，正是傅斯年在中國學術現代化過程中提出的科學研究精神。

　　1929年，傅斯年說服蔡元培，斥資搶救將被轉賣日本的《明清內閣大庫檔案》，並請陳寅恪整理，成為研究明清歷史最珍貴的第一手資料 。他襄助的陳寅恪、趙元任、李濟，乃至於後一批歷史語言研究所學者，已成為兩岸史學研究中堅。

　　傅斯年主張中國歷史研究需與經學、史學切割;歷史需與時代進行橫向聯系，厘清時代背景;以科學方法專研斷代史、斷世史;以及唯有直接研究、擴充工具、擴充材料才算真正進步歷史研究法等觀點 ，與主張建立通史，一以貫之，拒絕割裂歷史過程與精神的錢穆，乃至於從古人作品內在一致性進行考據的論點相背，兩人矛盾沖突、格格不入，不言可喻 。對創立史料學派的傅斯年，科學精神才是至顛不破的真理，沒有證據，就不該輕信，有幾分證據說幾分話。

　　在氣節上，站在五四最前鋒，以匹夫之言駁斥孔宋權貴，乃至於因義憤填膺，駁斥教育亂象而瘁逝，這是傅斯年的沖冠一怒。一如他所言，蔡元培是"今之孔子"，他雖不敢自比是顏淵，但以"勇"傳世的"子路亦不壞"。

　　當胡適被蔣介石人情攻勢包圍、受邀任國民政府委員兼考試院長之際，傅斯年原被委以說服胡適，沒想到傅斯年反過來說服胡適絕不可接受，要他一改客氣習慣，不能起念動心，更不能傷害北大與北大精神。胡適因此表態絕不成"政府的尾巴"。

　　因為傅斯年的真，讓他敢於包容朋友，給予溫情與照料，讓他敢於說出真話，為被捕的陳獨秀辯駁是"中國革命史上光芒萬丈的大慧星";直言批評從容就義的李大釗不是"就刑"而是"被害";直斥批評胡適者，"你們不配罵胡適之"。因他的直，他敢批判孔宋家族;敢怒批蔣介石，讓目不識丁的軍閥老粗張宗昌掌理孔孟故鄉山東政務，"以為山東無人了嗎"?

　　綜觀傅斯年一生起起伏伏，雖波瀾壯闊，卻也充滿矛盾。他早年力主全盤西化，反對舊傳統、舊學問，批判封建道德，鼓吹個人自由，甚至說保存國粹相當可笑，需全面廢除文言文;他期待藉文學革命達到思想革命目的，建立西方個人主義、自由主義信仰，尋找讓中國啟蒙契機。

　　但傅斯年側重文學革命層次的議論，僅停留在書生論政與學術圈生活，無論政治與社會改革等議題上均缺乏有力行動。到了中、晚年，國家遭遇變動之際，他堅持國家氣運是匹夫無可逃避的責任，展現的卻是傳統知識分子格局。而且傅斯年雖未任官，卻與蔣介石、國民黨關系深厚，介入政務過深，都讓他對外難以辨明。

　　傅斯年的局限，正凸顯五四以降，知識分子的不安與矛盾，以及中國面對現代化過程中的混亂。傅斯年的分量與影響力，又因為他的政治立場明顯遭低估。這位五四健將、中國現代史學的先驅，最後被局限在孤島一隅的國民黨做小了，更是大時代悲劇的剪影。

　　無論如何，傅斯年一生在民族原則與精神上的堅持無庸置疑的。他堅持抵禦日本侵華，註重培養學生民族氣節，面對日本入侵華北，施以恐怖與威嚇統治，傅斯年在北京仍毫不畏懼，鼓吹抗日，以"不屈服"的立場對抗軍事強權;九一八事變後，傅斯年以北大歷史系主任的身分，提出"書生如何報國"的質疑 ;為彰顯民族氣節，以保國家氣運，以及國家必需有史鑒提振民族精神的主張，促成北大教授編纂屬於中國人的通史，也就是錢穆的巨著《國史大綱》。

　　毛子水譽他有"浩然之氣"，傅斯年有話直說、不懼權貴，即使面對亦師亦友的胡適也一樣。日軍入侵華北、熱河之際，胡適反對"寧為玉碎、不為瓦全"論調，主張積極對日交涉，保存實力，遭傅斯年激烈反對，揚言退出獨立評論，貫徹"老百姓第一願望是讓國家統一"主張 。他期勉兒子，做人之道必發端於正氣，"若不能看破生死，必為生死所困" 。

　　尤其是雖僅治校年余，奠定學術自由風氣讓傅斯年受臺大人景仰，一如自由主義將大學視為公共領域中的批判性言論的知識來源，傅斯年的個人風格形成對大學的想象，在威權統治時期，他化身學術獨立的神聖性，成為臺灣抵抗政治高壓的共同榮耀。其後五十年，臺大數次校園抗爭事件，都在傅園內的傅鐘前、杜鵑花旁慷慨上演，紀念傅斯年的"傅鐘"成了臺大自由校風的重要象征。