傅斯年對獨立人格的重視，藉臺大教育精神形成傳統，傅斯年個人也因為對權貴不買帳的作風而聞名。1949年，美國將領、盟軍統帥麥克阿瑟訪問臺灣，當然受到國民黨政府盛大歡迎，所有政要在旁恭迎，唯獨受蔣介石之托而來接機、素稱自己"坐無坐相、立無立相"的傅斯年，硬是翹著二郎腿、抽著煙鬥，坐在蔣介石與麥克阿瑟旁邊的沙發上，以大學校長身份與兩人平起平坐。

　　傅斯年卻是個人情味很濃的自由派學者，臺大多名教授回憶，度量大、肯認錯、不記仇是傅斯年的特質。他樂於接近學生、關心學生，以平等觀念對待師生，在嚴師如嚴父的年代，甚至以被學生敲竹杠而請客為榮，對學生的請見與回信，絕不假手他人 。據聞他有次踱過臺大生物實驗室，看到學生正在觀察草履蟲，便說他在倫敦時也看過，有位學生開玩笑地說"吹牛"，傅斯年則大笑而去。他也爭取讓全體臺大學生進行X光檢查 ，避免感染肺結核，檢查後輕微患者由臺大撥給宿舍暫住，且有工友照顧;重病者準許休學，公費照發，並加發菜金三十元;在資源困難時代，他也要求臺大農場硬擠出雞蛋、魚肝油、奶粉等補給品定期供患病學生療養。

　　傅斯年早年喪父，全賴父親門人提攜照料，因此他畢生樂於幫助故人子弟。胡適夫人與錢思亮一家來臺後，沒有地方居住，都是由傅斯年先提供自己位於福州街二十號的臺大校長宿舍暫住，再想辦法幫朋友找棲身之所。為幫助窮學生，傅斯年積極設立多項獎學金，鼓勵清寒學生繼續奮鬥，以求人人機會均等，避免大學教育成為階級、有錢人的專利。臺灣中研院院士李亦園回憶，他於1948年來臺後考進臺大歷史系，兩年後想降級轉讀新成立的文化人類系，因此找傅斯年商量，爭取打破規定讓他保留獎學金作為生活保障;傅斯年僅訓示他研究考古、人類學、從事田野調查都是苦事，需耐得住寂寞與辛苦，也立即同意他的請求。

　　傅斯年雖是臺大校長，但兩袖清風，同在臺大外文系教書的妻子俞大彩有回還不得已借錢買米。但他曾為了董作賓等幾位更窮的朋友，把自己藏書賣了換錢救急。

　　隨手一個煙鬥、一頂泥沾帽、一襲長袍是傅斯年標準造型。但因家貧買不起好煙絲，傅斯年在臺灣都是把劣質煙拆開，把煙絲放到煙鬥裏抽，好過過癮。傅斯年身前最後一篇文章稿費，原想拿來作條棉褲，最後他還是指示臺大，查查看哪個學生最窮，就把錢送給他。最後只拜托留下二十塊，打算請學生吃頓鍋貼。

　　傅斯年一生雖然清貧，卻從不為兼職領雙薪，利與官場之名之於他十分淡薄。甚至蔣介石贈他"總統府資政"頭銜與名位，連他的秘書都不曾聽他提起 。傅斯年在海外沒拿到博士學位，有記者尊稱他"傅校長博士先生"，傅斯年就說，他的博士頭銜不過是海外頒發哲學榮譽博士，還是以"先生"稱謂為宜，博士頭銜"不值一道" 。

　　當時發生一起轟動臺灣社會的年輕男女殉情事件，男子獲救，女孩陳素卿香消玉殞。陳女絕筆書經報刊披露，優美文采讓人一掬同情之淚。傅斯年因此與數名臺大教授提議將這名女孩葬在臺大校園立碑紀念，後雖因殉情案另有內情打消念頭，由此卻可看出他感性的一面。

　　他以校長之尊，仍經常自顧自地在其它教授前戲謔吵鬧、做鬼臉;他的生活態度隨便、儉樸，不愛狗，只愛看書，靠薪水過活。據他的夫人回憶，傅斯年腦子裏全是"書本、書本、工作、工作"，不喜歡家人辦生日，更不記得自己生日，但母親生日時，傅斯年卻總是身穿長袍下跪磕頭，展現孝道。

　　傅斯年晚年糖尿病與高血壓嚴重，夫人早就下了禁口令，每天只能吃半碗白飯、青菜與半個木瓜，也不給零用錢，避免到處亂吃，壞了身體;但傅斯年嘴饞遠近馳名，尤其愛吃魚翅，只要有人以魚翅請客，傅斯年不問是誰，絕不缺席。錢思亮的兒子，日後當上臺灣國大議長的錢復，小時後寄住在傅斯年宿舍中，他回憶，每次傅斯年領到稿費，都會偷偷找他去打牙祭，最喜歡吃鹵豬腳沾上許多醬油。傅斯年不擺架子，愛下棋的他，他的司機楊國成就是棋友，也就是這位棋友，常偷偷帶他到南昌街等地吃些小吃解饞，全是楊國成付帳 。

　　傅斯年的身體狀況長期不佳，加上宵旰從公，每天在臺大工作十多個小時以上，欠缺休息，在外邀約演說不斷，讓他高血壓與糖尿病病情持續惡化，並患有膽結石毛病。他的司機說，傅斯年不是不知道身體不好，需要檢查;但就是怕檢查後需要休息，而傅斯年就是不肯休息。

　　1950年12月20日，傅斯年上午先參加蔣夢麟主持的農委會會議，爭取保送大量的臺大學生出國深造，下午出席位於臺北市南海路的臺灣省議會第五次會議。一向問政激切的臺灣省議員郭國基提出一連串質詢，包括教育部保存在臺大的教育器材遭竊問題，質疑臺大想搞"秀才教育"?不打算普及於一般民眾?傅斯年疾呼："獎學金制度不應廢止，對資質好、有才能、有智力而肯用功的，僅為了錢不能升學的青年，我是萬分同情的，絕對要扶植他們，不能讓他們被摒棄在校門之外"，"辦學應先替學生解決困難，讓他們有安心求學的環境，才能要求他們勤心用功，不替他們解決困難，要他們盡心用功，是不近人情的"。

　　未料他深惡痛絕的盜竊教材器具案，讓傅斯年情緒激動、無法平復，步下講臺枯坐到散會時，僅說了句"不好，我不行了"，隨即跌倒昏迷，搶救至深夜十一時無效瘁逝，享年55歲。蔣介石的悼詞很具代表性，"國失師表"。

　　胡適為紀念這位益友及"人間一個最難得最稀有的天才"，1960年以美援在中研院籌設"傅斯年圖書館"。

　　傅斯年深受學生愛戴，"傅斯年被郭國基氣死"的流言四散，臺大學生情緒激動，差點串聯包圍省議會找郭國基算帳。也由於傅斯年已成為臺大精神象征，身後安葬就在臺大校門旁空地，這座小型墓園被稱為"傅園"。

　　當年"傅園"地處僻靜，緊鄰著占用校地的一排違章木造屋。傅斯年生前認為違章建築的主人都是做小生意過活，沒必要為難人家，也就默許書店、豆漿店、鐘表店在校門旁營業，傅斯年過世後，臺大直到1978年才將違章木造屋拆除。

　　傅園是由臺大邀知名建築師吳炎設計，有十六根圓柱的希臘式紀念亭，大理石制墓墎放置其中，一旁幾何形水池、埃及方尖碑，呈現濃厚西洋古典建築風格，展現當時學術界對西方大學的仰慕。如今的"傅園"和臺大校園融為一體，提醒上下課的鐘聲就是由傅園內的"傅鐘"傳來，數十年來不停歇。最特別的是，每節上下課，"傅鐘"都是敲21響，這是源自傅斯年的一席話，"一個人在一天24小時，要留下3小時作為沈思"。

　　傅斯年過世後，蔣介石原屬意胡適出掌臺大，但胡適再度以國家需要年富力強人才出頭為由，推薦清大化學系畢業、獲庚子賠款獎學金赴美深造、曾任北大化學系主任的傅斯年摯友--錢思亮接手。