郑贞文一生参加过不少学术团体，与他关系最密切并作出较大贡献的是中华学艺社和中国化学会。

    中华学艺社是１９１６年我国留日学生在东京创立的学术团体，其宗旨是：“研究真理，昌明艺术，交换知识，促进文化”。中华学艺社原名“丙辰学社”，郑贞文是该社发起人之一，郭沫若是该社社员，蔡元培、范源濂、梁启超等为该社名誉社员。该社１９１７年创刊《学艺杂志》，发表研究成果及介绍东西方科学文化。

    郑贞文在中华学艺社，担任总干事和编辑主任多年，对社务和刊物出版工作颇多贡献。１９１８年，因绝大多数社员反对北洋军阀段棋瑞与日本军阀缔结中日军事协定，辍学回国，社务停顿。１９２０年，在北京和上海的社友推举郑贞文为临时总干事，组织恢复社务。他当即与商务印书馆协商，将《学艺杂志》改为月刊，由学艺社负责编辑供稿，归商务印书馆排印发行。学艺社同仁公推陈承泽和郑贞文为编辑主任（陈负责社会科学，郑负责自然科学），于是《学艺杂志》第２卷第１期于１９２０年４月继续出版。

    《学艺杂志》内容丰富，版面活跃，包括文科、理科、哲学、政治等，既有科学、艺术方面的论文，又有诗歌、小说、绘画、杂谈等，流传颇广。郑贞文还亲自为刊物撰写了许多不同学科、多种类型的文章，如《科学之体系》、《最近自然观之批判》、《学术界的新要求》、《原物》、《电学》、《周期律说》、《康德之天体论》等。由此可见郑贞文工作之勤奋和学问之渊博。

    学艺社除编辑刊物外，还出有《学艺论文集》、《学艺丛书》、《学艺汇刊》、《文艺丛书》和《辑印古书》等，这些均有赖于郑贞文得力的组织领导。由于他在推进会务中成绩显著，１９２３年丙辰社改名中华学艺社，重新改选时，郑贞文以最多的票数连任总干事。

    １９３２年成立的中国化学会，是我国成立较早、影响较大的自然科学专门学会之一。郑贞文是该会的发起人之一，曾任该会第一至五届（１９３２—１９３７年）理事和《中国化学会志》创刊时的总经理及名词委员会委员。他还创建了中国化学会福州分会，并任该会会长多年。

    郑贞文早在上海工作期间，就是上海自然科学研究所的筹办人和大学丛书委员会委员，在支持科学研究和促进高等院校教学等方面起过不少作用，例如丁绪贤的《化学史通考》等大学丛书，就是在郑贞文的支持和促进下，在商务印书馆得到出版和再版的。