由嘉约翰口译、林湘东笔录的《内科阐微》,是近代中国医学史上论述西医内科学的重要文献之一。本书纠正了当时国人认为西医只精通外科而内科稍逊的错误认识。在西方医学来到中国以后,国人对西医治疗外科已经基本接受,但在西医治疗内科上仍然心存疑虑。嘉约翰在自序中,对译书的缘起做了说明,“医之为道,死生寄焉,岂易言哉。……非平时有实学,将临症无定见。此西医之于内科,所为(谓)无理不穷,无发不备,而较诸外科尤为精细也。予有志于此,因即西国名医无微弗阐者,译为是书,期与内科诸君子相砥砺云尔”。《教会新报》的编辑者林乐知亦认为在书中“嘉医士将内症根由逐一著明,无微不至,种种益处,遍传于世”。可见,嘉约翰翻译《内科阐微》的目的就是为当时的中国医学界提供更多的西医内科学知识，提高中国的医疗卫生水平。《奇症略述》系嘉约翰从历年博济医院的年度报告中辑出,书中所述各症均系医院中的实际病例,仅1879年就医治了割砂淋、炙大腿、针子宫瘤、割痔疮等五十七种病症七百余例病人。

嘉约翰的医学著述中，除了自撰的著述外，更多翻译西洋医学原著。他先后直接或参与编译出多种西医著述，包括医学基础学科和临床医学的各个方面，涉及面很广,主要包括医学总论、药物学、内科、外科、皮肤科、眼科等所有医科科目。其中有《化学初阶》、《体用十章》、《西药略释》，英中注解《裹扎新法》、《救溺要义》、《皮肤病手册》、《症候学》、《花柳指迷》、《救护要义》、《眼科摘要》、《割症全书》、《炎症略论》、《发热论说》、《卫生要旨》、《内科阐微》等，开拓了中国医学界系统了解西方医学之路，在中国全面系统地奠定西医学科的基础。

嘉约翰的系列医学译著,多数是在广州出版发行后,将有关译著的情况告知在上海出版的《教务杂志》,然后由《教务杂志》刊发相关的信息,嘉约翰的著作传播到全国各地。

在嘉约翰的影响下,他在博济医院的中国助手尹端模也加入了翻译西医著作的行列,至1893年,他共译出《医理略述》、《病理撮要》、《胎产举要》、《儿科撮要》等四种著述,是最早参与西医文献翻译的中国医生。

为使西医在中国广泛传播,嘉约翰还编辑了几种西医报刊。1865年,嘉约翰和他人一起编辑出版了《广州新报》周刊,分为中文版、日文版、英文版三种形式。这是我国最早的西医期刊,也是我国最早的中英日三文期刊，主要内容是介绍西方医学医药知识,并附带刊登一些当时的国内外新闻。该报在广州街头公开发售,最高发行量曾经达到四百份。

1880年，嘉约翰在广州创办《西医新报》，这是我国最早的正规西医期刊。这是一份中文医学杂志,报纸共八页,大号杂志格式,有封面及目录。在发刊词中,用简洁文言,阐明杂志宗旨。第一号有短论文十四篇:论医院、中国行医传道会、内科新说、方便医院之情况、烫伤之治法、真假金鸡纳霜、初起之眼炎、大腿截除术、上臂截除术、肉瘤奇症略述、论血瘤、癫狂之治法、论内痔、论外痔。

关于《西医新报》的最初情形,《中国评论》介绍说,“此系一种医学杂志,专为华人而设。报纸共八页,大号杂志格式,有封面及目录,全属中文。在发刊词中,用简洁文言,说明杂志之益,医志尤为重要,并述西医比较中医的优越。第一号有短论文十四篇,目录如下:(一)论医院;(二)中国行医传道会;(三)内科新说;(四)方便医院之情况;(五)烫伤之治法;(六)真假金鸡纳霜;(七)初起之眼炎;(八)大腿截除术;(九)上臂截除术;(十)肉瘤奇症略述;(十一)论血瘤;(十二)癫狂之治法;(十三)论内痔;(十四)论外痔”。从这一期目录,可以大致了解该报的主要内容有:论西医公会聚集之益,论止瘟疫传染之法,眼球各肌肉功用图说,西医用药撮要略述,胎产奇症略述,论医痔误药肛门生窄,解热药方,生发药方,风湿药方,消颈疬方,论戒鸦片烟良法,论肺内伤成脓疮图说,西国聪耳器具图说,西医眼科广告等。

1886年,“中国博医会”在上海成立,由嘉约翰任第一任会长。该会创办了《博医会报》,报道西方医学在中国发展状况和世界医学发展的最新动态,同时也介绍医学的历史和中医诊疗,为中国医学界提供了交流平台。

从鸦片战争开始，中国遭受西方列强侵略，中国人处于一方面要顽强抵御其侵略，一方面又要努力向西方寻求先进文化以求中国强盛的这样一个极其复杂的历史时期。长期有天朝大国心态又深感受侵略屈辱的中国社会，对来自西方的一切都极端敏感与警惕。对此，嘉约翰是理解的。从嘉约翰在中国行医、办校、传教可见，他非常尊重中华文化，谨慎对待中国社会习俗等特点。嘉约翰，比他的眼科医局前任伯驾，比同时代许多西方来华人士，对中国的文明传统、风俗习惯、生活方式，开明得多。因而，他开展的文化引进事业，很有成效，对中国文化现代化所起积极作用很大。

嘉约翰在传播医学为代表的西方科学文化过程中，面对来自本土文化的阻力，表现出谨慎对待的态度，对中华优秀文化更显尊重，使他的科学文化传播活动较为顺利。他秉承了天主教传教士利马窦的针对中国国情开展传教的传统。

嘉约翰这种慎重，就鲜明体现在人体解剖学科上。在一百多年前的中国，解剖这一由传教士医师带进中国的西医科学研究方式，被视为“挖肝剖腹”的“巫术”。十九世纪中期嘉约翰在广州行医时，就受到过这样的指责。西医科学进入中国，不仅是带来了一种新的治病方式，它还带来新的生命观人生观，新的哲学或是生活的理念。因此，它才会引起中西方文化的激烈碰撞。当年西医刚传入中国时，被不少国人视为“巫术”。嘉约翰在广州行医时，为了对中国的体质、生理、病理特征，有更深入的了解，一直想对中国的人体进行解剖。嘉约翰，作为一位以外科见长的医生深知解剖尸体的重要。然而，中国社会对西方文化多少还心存戒惧。对基督教会及有教会背景的机构，尤其警惕与抵触。对于尊崇祖先，有鬼神崇拜信仰的大多数中国老百姓来说，没有什比挖祖坟损人尸体更感受辱的了，解剖先人的尸体更视作大逆不道，社会对解剖实验反对压力很大。假如由“洋鬼子”给中国人的尸身来个破肚开膛、挖心取肝、掏眼开脑，势必会在中国社会激起强烈反应，甚至激出事变。此前，在中国有的地方有洋人挟西方国家之力欺压中国人的历史背景下，就曾有因传说洋人传教士，拿中国人脏腑及其它器官制药的传言，激起民变，诱发大规模暴动，并导致中外冲突的事件。在广州这样的长期开放之地，风气是当时中国最开放的，但传统文化风习依旧强固，况且尸体解剖触及中国人核心伦理。人体解剖在当时的中国，不仅是一项医学科学实验活动，它会带来文化意识、宗教观念、人生理念的震撼性触动，引起中西方文化的激烈碰撞。因此，在开展人体解剖研究上，嘉约翰相当谨慎。他一直等着由中国医生黄宽来完成第一次的人体解剖。1867年,博济医校进行了首次解剖实验,由黄宽执刀。这次解剖实验,由黄宽执刀,这是西方医校在中国进行解剖实例较早的一次记录。由于受到当时人们思想观念的影响,一般人根本不让别人解剖自己亲人,最初学校只能从医院中寻找一些无亲友的尸体来研究。嘉约翰本人即曾以一对儿童尸体作为实例,让学生直观地了解人体的基本结构。

 博济医校男女有别的授学形式，也凸显嘉约翰传播西方文化观念上，突破与妥协并存、谨慎对待中国习俗的特点。

嘉约翰招收女子入读医校，对数千年落后的中国封建传统，是石破天惊的革命性突破。然而，女子入校后，他又小心地避免与传统的冲突。

当孙中山就读广州博济医学校的时候，已有男女学生同学，但分左右座，还挂一幅帐幔隔开。中国男学生不能接诊妇科病人。不久这一切为了适合中国国情而制定的规定，却有了戏剧性结局。

一天，诊察妇科，照例由教师带领学生临床实习，但只许外国学生实习，而不许中国学生去。孙中山得知有此规定后火了，一下闹到校长室，校长嘉约翰问原因，孙中山质问：同是学生，为什么歧视中国人，不许我们到妇科实习？嘉约翰答：你们中国人，向来“男女授受不亲”、有“礼教”之防，我们美国人则无须受此限制。富于革新精神的青年孙中山犀利诘问：学医是否治病救人？身为医生的嘉约翰能说什么呢？只好说是。孙中山又问：那么中国学生学医不是治病救人吗？中国妇女有病中国医生不能救吗？究竟救命为重？还是不合理的“礼教”为重？西方美国名校医科出身的嘉约翰，面对这位未来革命领袖咄咄逼人的追问，讲的又是在西方医界早已是公理常识的道理，无言以对。从此打破了中国学生不许看妇科之限，而教室所设隔别男女的帐幔不久也撤除了。其实，来自西方的嘉约翰内心是赞赏孙中山的，只是对中国传统习俗的谨慎对待而已。

博济医院住院病人男女分隔而居，也是出于谨慎对待“男女授受不亲”、“男女之大防”的中国传统伦理道德的考虑。

对中国日常生活习俗的尊重，在存留下来的嘉约翰身穿传统中式服装在博济医院的活动照片中，体现出来。在治疗病人、从事科研、文化教育的各种活动中，小心翼翼，不触犯中国人的禁忌。

在接受褒扬中华文明的传统成就上，嘉约翰在西方人士中少见的，表现在对中华文明的先进成果，褒扬推广。如对中医的态度就是这样。西医界向来有人对中医的一些疗法有不同看法，当时西医界许多人更认为中医原始、落后、不科学，甚至还有主张禁制中医的。嘉约翰对中医也未全认同。他本人在1878年代表中国医学传教士出席世界基督教大会为争取对中国的医疗援助，而夸大中国医疗状况落后时就说过中医传统：“不了解疾病及病源的本质，以五行和阴阳学说替代”。然而，难能可贵是作为当时中国西医界的龙头老大博济医院竟也容许传授中医。比起同时代及不久后的中国西医界，嘉约翰对中医已是相当开明。

嘉约翰从事的行医传教活动，除了上面提到的把西方先进的科学文化引进到中国这种历史创举，对中国历史进程起了积极作用外，也对中国近代社会与思想文化的进步运动，起了积极作用。虽然，嘉约翰为了行医传教之便，极力不掺和中国的政治活动。不过，对中国当时的进步事业，深深同情，给予方便。年轻的康广仁、孙中山，在医校接受西方先进思想文化教育，对他们后来分别投身维新和革命起了启蒙作用。他力荐孙中山到更自由的香港去学医。他由着康有为的弟弟康广仁、民主革命运动的领袖孙中山，利用医校从事维新之业、革命活动。

无疑，嘉约翰在行医为中国服务之时，坚决履行自己负有的传教使命。他的传教行医事业，客观上与西方在中国的殖民之业联在一起。 “先生热心宗教，在两医院时，礼拜日及每日夜间，必令院中同事、工人、病人听诵福音。祈祷上帝。即到院探病之人，亦必欲使之得闻真理，暇则到病室与病人谈论。”这所医院的以行医促传教的做法一直长期延续。也因此，引起部分中国知识分子及百姓的抵制。尤其他在治病救人过程中，不放过任何机会进行传教，更引起当地人的非议与反感。

嘉约翰为使他这所广州最早的西医院，在广州乃至中国成为教会医院之模范,他殚思竭虑，医院的宗旨在他心目中是清楚的，在1838年2月21日广州成立中国医学传教会时，郭雷枢、伯驾裨治文联名签署的宣言宣称：“鼓励在中国人当中行医，并将我们的科学、病例研究和科学发明等有用的知识，拿出一部分与他们分享。……赢得中国人的信任和尊重，这有助于把我们同中国的贸易和一切往来，达到所期望的更高地位，还可以为输入科学和宗教打开通道。……以此收集情报，对传教士和商人均有较高的价值。……因为一个病人在医生面前，往往是坦城相见的”，公开宣告第一批来华行医的传教士医师，行医是为西方的国家利益与殖民行为服务的。同为中国医学传教会成员的嘉约翰，从事的行医传教活动，在客观上非限于慈善性活动，当然有助于西方国家在中国的宗教、政治、经济活动，有利于西方列强在中国的殖民事业。然而，嘉约翰在中国医学传教会中是对中国人最友好，最不抱行医传教外的目的之传教士医师。除了为争取中国的医疗资源而高调呼吁，涉足包括政界在内的各界外，他一般行事低调，给中国人实实在在地办事、行医、授教，不涉足官场。他主张医学传教士及相关组织应以医学救治病人，造福百姓为目的，认为以医学救治世人，就体现医学传教的精神。这与同时代及此前教会及医学传教士奉行行医就是为传教服务主张，完全不同。

他不像他所在的博济医院前任负责人伯驾那样热衷政治，并在最后走到敌视中国人民的反面。他在代表中国医学传教士出席世界基督教大会为争取对中国的医疗援助，充满感情地报告“我们大多数的同胞还在遭受痛苦、疾病和死亡，他们需要我们已拥有的医药资源和卫生知识……”，这种视中国人的为自己同胞的感情发自肺腑，也表露他要为消减视若同胞的中国人民的病苦奉献自己知识才智的真挚心愿。在这种情怀的驱动下，他除了自我奉献于中国的医疗卫生事业外，还毕生不遗余力为减除中国人的病苦争取外援而奔走呼号。

从嘉约翰的行医、办教育、传播科学之路，可以看到他是真心要将西方科学文化引进中国，以医学造福中国民众，同情中国人民的进步事业。他行医传教的成功，是由于他行医授学过程中对中国传统采取兼容妥协的特效方式，并因地制宜开展医疗、教育、科研活动。然而，嘉约翰以行医授学服务中国的同时，又自觉以传播基督教为己任。而且，他的传教行医事业，客观上与西方在中国的殖民之业联在一起。他身上的矛盾是当时强势的西方文化初入中国时矛盾。