博济医院在嘉约翰的经办下，医业红火，然而人手不足问题凸显出来，医生尤其缺乏，把他忙得天昏地暗。他拉住了被认为是中国最好的外科大夫黄宽来医院帮忙，这位是中国西方学医及留学欧洲的第一人。好在还有医院以前培养的关韬等个别人帮忙，有时拉来个别懂医的传教士医生。不过，人手还是非常不足。

如此，要想扩大医院规模，在当地辅开行医，就远远不能满足医院的需要。

嘉约翰认识到必须培养中国人自己的医生。开始，嘉约翰只是由医院招收少数学徒，采用以师带徒这种易为当地人接受的传统授教方式，让他们边学习，边协助医生工作。医院也曾接收具有一定西医知识的开业医生进行培训。到1866年，博济医院在迁移到新址后,嘉约翰在医院里附设一所学校，“博济医校”，这是当时中国唯一的西医学校，这也是今天中山大学医科教育的发端。

“在建立医院的同时该院又开设了医学校”成为近代中国最早的医科学校，较大规模地培养医生，他本人亲自授课，为中国西医教育体系奠基。到1870年,学校的一些学生可以在医院独立施行外科手术,嘉约翰说他们“很快就熟练了手术方面的有关方法,他们可以不需要外国医生就能单独为病人解除痛苦。许多医学校的学生已经取得了当地民众的信任”。1879年,随着医学教育的发展,医学校从博济医院中分离出来,正式更名为“南华医学校”, 在中国最早系统地传播西方现代医学知识,培养出大批医学工作者，成为中国西医开拓基业的人材。其中很多人有高超医疗技能。他们毕业后多在华南地区活动,直接从事医疗事业或者是在其他医校担任老师,对当地西医传播有很大影响。医学校里还教授一些中医知识。学校最初招收的都是男学生。1879年该校开始招收女生,这是中国最早招收女学生的医学校，冲破中国封建传统对妇女的束缚。这所学校培育出杰出的人物，如戊戌变法中壮烈身殉的六君子之一康广仁、民主革命领袖孙中山，还有其它的民主革命者。到1894年前后，经这个医学校培养的医生达200名左右，绝大多数毕业生后来都能开业行医。1897年，嘉约翰辞去他在广州的医疗工作及其他一些烦琐事务，专心教学，仅偶尔做一些较大的外科手术。中国近代办西医医校无疑始于嘉约翰，由嘉约翰奠基的博济医学堂办学历程，正是中国近代西医医校从无到有、从开端到发展的历史过程。

嘉约翰后来又在精神病医院办医校，以便于结合实际进行教学。1901年，嘉约翰开办了广东女医学校，这在中国是首创。这些学校都以广东话授教，以便当地学生听课。

西医教育是最早出现在中国的西式科学教育模式。嘉约翰在中国行医的卓越成就，引起中国人对西方医术的刮目相看，中国人向西方学习医学科学渐成风气。西医教育的学习方式和考试模式，以培养适合工业文明时代的科学人才为目的，完全不同于八股式的学习方式和考试模式。西医教育模式训练出来的知识分子，善以量化分析、逻辑演绎、性质判断等科学方法，分析问题，认识世界；这与中国传统教育模式依靠伦理、文理之辨，诗化的语言概括诠释问题，截然不同；有利反思中国传统文化的不足，生发改良或革命的思想。中国旧的思想观念、正统的伦理道德，在医学领域受到极大冲击。西医医科教育，对中国青年学子起到启蒙作用。它培养出来的学人最先从士大夫知识群中分裂出来，成为中国现代知识分子群中最初的一部分。康广仁、孙中山、国学大师陈垣，都曾就读博济医学堂。