1890年，他就动手筹备设立精神病医院，自任筹委会主席，后因经费不足而停办。他以不屈不挠劲头，一再建议成立专门的精神病医院。1892年，嘉约翰拿出自己所有的积蓄，自费出资购得广州芳村一块三英亩地皮，以后又得到一些人资助，始建中国第一家精神病医院，于1894年开始建院，到1897年全部竣工。1898年，芳村精神病医院落成，是今日广州精神病医院的前身，他辞去了博济医院职务，和夫人搬进医院生活工作。这所精神病医院，位于广州市珠江南岸，白鹅潭畔，初名“惠爱医院”，是中国第一间精神病专科医院。设30—40张病床，次年正式收住院病人。嘉约翰亲自为病人治疗，使不少精神病人治愈出院。他还出版小册子，到处宣传精神病人住院的重要意义。嘉约翰在华一直为中国精神病治疗费尽心血。

这所精神病医院，影响很大，“芳村”成了广州当地一种对精神病与精神病医院的隐喻指代，讥讽某人精神不正常时，常说：“从芳村跑出来的”

传统中国社会，对精神病人基本是以禁锢方式处置，责任由家庭或宗族承担。精神癫狂者常被家人锁进幽暗房间。在清代，家人不经报官私自打开疯人的锁铐，会受到严厉处罚。后来嘉约翰夫人写道“1895年2月28日，一个男人身背一个精神病人站在了医院门前，这是中国历史上第一个入院治疗的精神病患者。”而他在家里已被锁在一块巨石旁三年，丧失了步行的能力。嘉约翰顶住来自当地官方与世俗对精神病患者歧视的传统与积习所产生的压力,承受着收治精神病患者特有的烦难,在人力物力极匮乏的条件下,把精神病医院办起来,且一开办即获巨大成功。开院初期，医院治愈的病人就远少于死亡的病人，即使大多数患者送来时，已奄奄一息，医院依然接其入院。

当年的精神病医院，建在远离城市喧扰的乡间，环境幽静，花草优美，病舍设计成分散式的家居建筑，吵闹的病人与安静的病人可互相隔离，亦可参与种植花草蔬菜，自食其力。为免给病人以牢狱之感，医院周围只是简单围起了一人高的篱笆，连窗户上的铁条也制成弯曲带花的图案。

这所精神病医院越办越好，不但为当地精神病患者带来大福音，解决精神病给当地社会与家庭带来的种种问题，为中国的精神病治疗率先垂范，并蜚声世界，成为国际医学界在贫穷国家地区开展诊治精神病患之范本。后来，嘉约翰完全离开博济医院，专心治疗精神病人，直到他逝世。

嘉约翰兴办精神病医院，不仅给中国带来治疗一种疾病的方式，还展示西方重视个体的观念，将来自西方的人道主义精神、人本主义思想、人权理念，通过精神病医院这类具体感人的形式，介绍传输给中国各阶层，悄悄、慢慢地改变着中国人的一些与现代化卫生健康生活相悖的传统习惯与文化习俗。