中国棉区划分研究是冯泽芳对中国棉花事业的重大贡献之一。自30年代以来。他经常在棉区调查，对棉花的地理分布和生产问题有比较深刻的了解。经过20多年的研究，他在1936—1959年曾先后6次发表过有关中国适宜棉区的文章。他根据棉区的无霜期、温度、雨量、日照等气象因素，地势、土质、海拔等地理条件，与棉花的分布、生长发育、产量构成的关系，以及农情调查、品种区域适应性等研究资料，通过反复实践，不断深化认识，对中国棉区的划分由原来的三个发展为黄河流域、长江流域、特早熟、西北内陆及华南五个棉区。指出一个棉区的棉种移至另一区种植，产量有降低的趋势。这一指导性的意见对棉花育种和良种推广有很大实用意义。30年的实践检验，证明上述分区符合客观实际，至今仍为棉花科技界所沿用。其后的棉区划分研究，基本上是在这个基础上进行的。冯泽芳在30 —40年代曾指出，淮河流域现在产棉不多，但从宜棉的条件来看，在疏导淮河后应成为产棉盛区。如今淮河经过重点治理，黄淮海平原已成为中国棉花生产的重点开发区，冯泽芳的预言已成为事实。

    在进行棉区划分的同时，冯泽芳又悉心棉工业布局的研究。1936年，中国生产的棉花在数量上对国内500万锭纱厂已基本上满足需要。可以不进口棉花;在品质上32支纱以下的原料可以自给。但纺织工业的布局不合理，纱厂的设置过分集中在沿海城市，远离棉花产区，且大部分为外商控制，以致抗日战争时期 90%以上的纱厂落在敌占区，而大后方的纱锭数还不到全国的5%，使当时花纱布价格十分昂贵达到前所未有的程度。冯泽芳为此于1940年发表了《我国棉工业区的合理分布》论文，阐述了棉工业合理布局的理论和根据。他从国防和同外国竞争的观点出发，提出今后不宜在沿海大埠扩充纱厂;应在交通便利的产棉中心，如在关中、京汉铁路北段、长江中游和晋南等内地棉区建厂，发展棉纺工业，这样可以利用廉价原料，减低花纱布运费，从而降低生产成本。

    冯泽芳从发展棉花生产的总目标出发，先划分宜棉区域，开拓植棉业，然后考虑加工工业与种植业密切配合，以便利农产品的销售和工业原料的供给。他认为今后应建设好棉业区，即在最有利的环境中植棉，在棉产集中的地区发展棉纺工业，这样可以扩大主要棉区，淘汰小棉区;各省不宜提倡棉产自给，应因地制宜发展各自的特产，建成各种特用经济作物区。对于特用经济作物区划，他也主张应在全国范围内实行合理的区域分工，如分别在最适宜的区域发展棉业区、茶叶区、丝业区等，以求国民经济的协调发展和自给。