杨允奎是抱着发展农业生产、提高玉米产量的宏图大愿回国的。1937年他应四川省建设厅厅长卢作孚之请，创办四川稻麦试验场（后改称稻麦改进所）。在创办四川稻麦试验场后，他着手的第一件事就是率领科技人员进行大规模的粮食作物地方品种资源普查。这位吃过“洋面包”的教授和其他人员一样，跋山涉水，历经数月，吃干粮，住农家，考察了52个县的农村，获得了极为丰富的资料和数据，这为他合理利用地方资源和改良作物品种提供了依据，也为他以后领导四川农业生产创造了条件。 　　此时，以利用杂种优势培育的玉米杂交种在美国诞生了。杨允奎是我国杂交玉米育种事业的奠基人之一，早在美国留学期间，他就开始这方面的研究，回国后他利用与美国农业部蒙里森教授以及他在美国的同窗好友，后成为美副总统的华莱士的关系，得到一些美国优良的玉米品种，用来和四川当地的品种进行杂交，开始培育自交系。到1945年，杨允奎及其同事先后培育出五十多个玉米双交、顶交优良组合，增产幅度都在10—25％。玉米的大幅度增产，为当时的抗战提供了有力的粮食支持。 　　抗战胜利后，杨允奎更是精神振奋，他致力培育高产、优质、适应性强的玉米综合种，将9个优良自交系混合授粉，育成6个综合品种。其中的川大201直到50年代仍是四川部分地区的玉米当家品种。他从美国杂交种分离出来的优良自交系可—36、D—0039和金2都是玉米育种的宝贵原始材料。 　　新中国的成立，使杨允奎与其他科学家一样，感到热血沸腾！已经步入中年的他，焕发出生命的朝气，全身心地投入到钟爱的事业中。在他的主持下，40年代先后育成玉米杂交种川农56—1号，顶交种金可和门可等，第一次在四川省开创了利用顶交种生产玉米的新局面。60年代，又结合数量遗传学研究，选育了双交1号、双交4号、双交7号、矮双苞、矮三交等，为大面积推广玉米杂种开辟了道路。 　　杨允奎还是我国最早从事农作物数量遗传学研究的人员之一。他根据国际上数量遗传研究的进展状况指出，数量遗传学必须同育种相结合，才会有更大的发展。他自己率先在玉米育种中加以运用，取得了玉米主要经济性状遗传和配合力的第一批数据。在他的积极倡导下，农作物数量遗传研究正式列入全国科学发展规划。经农业部批准，1962年在四川农学院正式创立我国第一个农作物数量遗传实验室。 　　当他的事业蒸蒸日上之际，“文革”动乱使他的宏愿化成泡影。他蒙受了莫须有的罪名，但年逾花甲的他仍念念不忘自己的事业，白天“交待问题”，晚上躲在“牛棚”伏案写作，后终因查不出任何证据而被“解放”。他刚获得自由即要求恢复玉米科研，并到宝兴山区作玉米生产及品种考察推广工作。调查中他起早贪黑，跋山涉水，以体弱多病之躯步履蹒跚地踏遍了宝兴县的山区平坝。他发现宝兴山区有一个农家玉米品种“二早子”，各方面性状表现很好，就选它作原始材料配制顶交种，以解决山区玉米的适应性能问题。经培育的顶交种长势茁壮，可望获取高产，但杨允奎却突发急病住进了医院，在病榻上他一再叮嘱“要好好管理，我病好后去收获考种。”然而壮志未酬，他没能亲眼看到辛勤培育的良种大面积推广就与世长辞了。 　　先生驾鹤而去，留下未竟事业。他的助手在清理其遗物时竟还发现《玉米自交数量性状遗传研究初步报告》和《数量遗传与育种》两篇遗著，不禁对杨老先生身处逆境不气馁，孜孜不倦为科研的顽强精神感慨万千。