杨允奎一生刚直不阿，人格高尚。他是一位只唯实、不唯上的正直科学家。
30年代中后期，杨允奎主持稻麦改进所工作时，有次省府下了一道“训令”，杨允奎认为不合实际，便叫人退回去。后来有人告诉他，省府的“训令”带有命令性，不能由下级退回，杨允奎听后也一笑置之。
“大跃进”时，杨允奎对当时违背规律的做法很有看法。一次他因公出差，顺路回家，时值仲秋，社员在田里栽晚稻，他立即招呼乡亲：“起来歇歇，白露都过了，栽上也没收成。”社员回答说：“这是上面布置的，不种不行！”杨允奎立即返回县城，向县里领导说明情况，随后给社里调去了一批红苕作种，使很多乡亲度过了灾荒。
他提倡学术民主，拒斥门户偏见，经常告诫：学术上的问题最好让实践判断正误。杨允奎是从事
孟德尔一
摩尔根遗传学研究的，50年代初全国掀起对摩尔根遗传学的批判，但杨允奎仍是坚持介绍摩尔根遗传学的科学道理和实践意义，同时也客观地介绍
米丘林遗传学原理方法，提出其中尚待实践的地方。
他本人也非常看重青年教师和学生的意见，从不因自己是大专家而独断专行。有一次，一位刚毕业的年轻助教，在实践过程中发现先生提出的研究方案的一个环节不太符合实际，于是向他提出修改方案的建议，他欣然同意，并鼓励那位助教：“你做得对，从事科学研究工作，就是要不唯上，不唯书，要面对实际，善于独立思考。”
杨允奎以严格按科学规律办事的精神，在强权面前不违背一名科学家良知的高尚人格，为后人树立起一块丰碑。
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