1950年12月17日，北京大学五十二周年纪念会在台北召开。傅斯年登台演讲，话题转向学问和办事，他笑道：“蒋梦麟先生的学问不如蔡孑民先生，办事却比蔡先生高明。我的学问不如胡适之先生，但我办事却比胡先生高明。蔡先生和胡先生的办事，真不敢恭维。”这当然又是心直口快。好在蔡先生大度，在九泉之下，是不会生气的。胡先生也大度，深知傅斯年的脾气性格，同样不会生气。傅斯年走下讲台后，蒋梦麟对他说：“孟真，你这话对极了。所以他们两位是北大的功臣，我们两人只不过是北大的功狗。”能做北大的功狗也了不起啊！傅斯年欣领了这个荣誉称号。傅斯年是北京大学的功狗，无妨他为中央研究院史语所的功臣，无妨他为台湾大学的功臣，若凭心而论，这一点，应无人质疑。
　　
　　　　1949年1月17日，傅斯年从上海直飞台北，台湾省政府主席陈诚亲往机场迎接，场面不小，动静很大。翌日，傅斯年即从台大代理校长杜聪明手中接受印信，正式履职。他为台大立下“敦品励学，爱国爱人”八字校训。
　　
　　　　傅斯年到台大履新后，中文系教授黄得时请傅斯年题词，他不假思索，略无沉吟，即挥笔写下“归骨于田横之岛”的字幅相赠。傅斯年用的是秦末汉初齐国贵族田横的典故，刘邦称帝后，田横不愿臣服于汉，率徒众五百余人逃亡，避居海上孤岛。后来田横被迫偕门客二人赴洛阳，于驿舍中忧愤自杀。留居海岛的追随者闻田横死讯，遂全体壮烈自杀。
　　
　　　　此前此后，傅斯年与胡适争取大陆学人赴台，费了不小的力气，效果却只算平平，连他们的门生弟子也敬谢不敏，避之唯恐不及，仿佛恩师是要拉他们去跳粪坑和火坑，历史学家邓恩铭就曾对傅斯年说过“不”。当年，学者、教授对蒋家王朝失望之至，不愿“抛骨于田横之岛”，其心情是很容易理解的。中国人的普遍心理是 “愿为太平犬，不做乱离人”，在国民党军队大溃败之际，凡是往昔未尝与中共结下深仇大怨的学人，百分之九十五以上都不愿意选择那座岌岌可危的孤岛作为自己后半生安身立命的地方。陈寅恪与傅斯年是游学欧陆时的老朋友，而且他曾在傅斯年主持的历史语言研究所担任过历史组组长，抗战时期，陈寅恪在昆明躲空袭，他的口号是“闻机而坐，入土为安”，前面四字不难理解，后面四字的意思是说躲进防空洞才算安全。每当警报大作，别人狼奔豕突，傅斯年则冒险爬上三楼去将陈寅恪搀扶下来。下雨天防空洞中水深盈尺，傅斯年还得弄把高脚椅让陈寅恪稳稳当当地坐着。想想看吧，一位大胖子搀扶着另一位半盲的学者躲避空袭，何等费劲，何等吃力！单从这件事，就不难见出傅斯年与陈寅恪友情之深挚。傅斯年曾亲自出面游说陈寅恪去台湾大学任教，甚至准备动用极其稀缺的专机将这位国宝级的学者接送到台湾。陈寅恪坚执不可，他自忖与现实政治素无关涉，晚景理应无忧，终老于中山大学于愿足矣。“文革”时期，陈寅恪遭到迫害，高音喇叭架设在他门外的大树上，大字报张贴到他卧室的床头，存款被冻结，连不可或缺的牛奶也断了供，晚景凄凉之极。那时，这位盲学者是否悔青了肠子？当初若接受傅斯年的邀请，播迁海隅，去台大任教，又何至于遭逢此厄？
　　
　　　　台湾大学乃“五朝老底”，实不易办，改造一所旧大学远比建设一所新大学要难。傅斯年尝致函张晓峰：“弟到台大三学期矣！第一学期应付学潮，第二学期整理教务，第三学期清查内务，不查则已，一查则事多矣！报上所载，特少数耳。以教育之职务作此非教育之事，思之痛心，诚不可谓为不努力，然果有效否？不可知也，思之黯然！”欣然也好，黯然也罢，一位负责任的校长，结局只可能是鞠躬尽瘁，死而后已。
　　
　　　　在台大，傅斯年锐意改革，第一要务就是整顿人事，凡是不合格的教员一律解聘，对于高官要员举荐的亲友，他并不买账：“总统介绍的人，如果有问题，我照样随时可以开除。”傅斯年真有包天之胆，说到就能做到。“大一国文委员会”、“大一英文委员会”和“大一数学委员会”由许多著名教授组成，毛子水、台静农、屈万里都给大学一年级新生开课。杀鸡焉用宰牛刀？众人表示疑惑，傅斯年认定基础学科的建设乃是重中之重，若不用火车头去牵引，就不可能产生理想的动能和速率。学期伊始，每位教师都会及时收到傅校长一封内容相同的亲笔信，他告知大家：说不定哪一天，他会跟教务长、贵学院的院长、贵系的系主任，去课室听讲，请勿见怪。不到两年时间，傅斯年真就“听掉”了七十多名教师，由于这些南郭先生的教学水平不入他的法眼，他不再与他们续聘。傅斯年用人从来不看背景，只看能力，他因此得罪了不少权贵，也受到外间的非议和攻击，甚至有些心怀宿怨的人骂他是“学阀”，是“台大的独裁者”，但傅斯年依然我行我素，至于妥协，在他的人生大词典中，压根就没有这个词的位置。
　　
　　　　1950年，台大新生入学考试，国文试卷由傅斯年亲自命题，题目摘自《孟子·滕文公下》：“居天下之广居，立天下之正位，行天下之大道。得志，与民由之；不得志，独行其道。富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，此之谓大丈夫。”这是孟轲的夫子自道，也是孟真的夫子自道，傅斯年就是要做这样的大丈夫。很难说他得志了，只能说他赍志以殁。
　　
　　　　据朱家骅回忆，傅斯年去世前几天，闲谈时对他说：“你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命要断送在台大了。”一语成谶，1950年12月 20日，傅斯年列席台湾省参议会，答复有关台大校政校务的质询，当日提问者即“大炮参议员”郭国基，两尊“大炮”对阵，外界所料想的对轰并未发生，傅斯年的猝然弃世是否如报界所讹言“被气死”，至今仍有几个语焉不详的版本。傅斯年的死因是脑溢血。劳累、焦虑、忧懑、虚弱的体质（夏天刚做过胆结石手术）和高血压，成为了残忍的杀手，攫夺了这位国士的性命。真令人难以置信啊，傅斯年想穿的那条暖和的新棉裤，竟然至死也未穿上。身为台大校长，如此清苦，怎不令人唏嘘！
　　
　　　　傅斯年死后，哀荣自不用提，蒋介石亲往致祭，台大校园内专辟傅园，园内建造傅亭、傅钟。傅斯年尝言：“一天只有二十一小时，剩下的三小时是用来沉思的。”台大将这句醒世恒言化为实际行动，上课下课时，钟敲二十一响。
　　
　　　　在大陆，傅斯年的死讯没有激起太大的波澜，周作人之类的攻击手重新找到了鹄的，但几支冷箭不算热闹，也不算奋勇。究竟有几人痛心，几人落泪？痛心落泪者首推陈寅恪先生，他以《〈霜红龛集·望海诗〉云“一灯续日月不寐照烦恼不生不死间如何为怀抱”感题其后》为由，赋七绝一首，隐晦地表达了对故友的悼念：
　　
　　　　不生不死最堪伤，犹说扶馀海外王。
　　
　　　　同入兴亡烦恼梦，霜红一枕已沧桑。
　　
　　　　《霜红龛集》是清代诗书画名家傅青主傅山的诗集，彼傅虽非此傅，但爱国忧时则一，陈寅恪先生赋此七言诗，岂徒为私谊留一念想，也为公道存一写照。
　　
　　　　在白云苍狗的乱世，总体而言，知识精英的人生就是一场追求未果的悲剧，目标依旧悬远，生命却已耗竭。这个事实竟是难以逆转，也难以改变的。“天地不仁，以万物为刍狗”，一位稀有天才的损失又算得了什么呢？造物主于何时何地怜惜过天才的英年早逝？权当是花的开谢，草的荣枯。如是而已。