12月19至21日,捷共中央再次召开全会,通过关于“1968年到1970年发展捷克斯洛伐克国民经济和提高生活水平任务的决定”,同时,对党的各项政策“民主地、实事求是地、批判地和完全负责地进行了广泛的讨论”,批评了“党的领导在工作方法和工作作风上的缺点以及在具体运用民主集中制和党内民主方面的缺点”。与会者在会上发言,指责诺沃提尼阻碍改革。他们特别强调要进行政治上的改革,否则新的经济体制建立不起来。诺沃提尼在这次会上再次发表长篇演讲,为自己辩护。
1968年1月3日至5日,捷共中央举行全会,继续去年12月中央全会的讨论。全会的中心议题是“党的领导作用,
提高党的工作积极性和效率”等原则问题。会议决定,把共和国总统和捷共中央第一书记的职务分开。诺沃提尼被解除捷共中央第一书记的职务,只保留其总统职务。杜布切克当选捷共中央第一书记。
2月25日,捷军少将、捷共军队党委书记杨·谢伊纳带了他的儿子及其未婚妻叛逃美国。据传,捷共中央一月全会期间,他曾试图调用军队保住诺沃提尼党中央第一书记的职务。事情发生后不久,捷军总参谋部所属的一个党支部发表了致杜布切克的公开信,认为诺沃提尼对谢伊纳叛逃应“承担个人责任”。3月9日,诺沃提尼宣布取消谢伊纳的军衔和一切勋章。同日,在布拉格等地出现了猛烈抨击诺沃提尼的墙报,要他下台。布拉格市党委会主席团发表声明,要求立即召开中央全会,全力支持杜布切克,同在政治上损害党的人脱离关系。10天后,捷工会中央理事会写信给诺沃提尼,要求他立即辞职,只有这样才能使目前的复兴过程全速前进,并取得积极成果。信中还写道:诺沃提尼应该认识到“个人利益让位给集体利益的具有历史意义的重要性。”次日,诺沃提尼向国民议会递交了辞去共和国总统职务的信。信中说,他的这个决定是“经过周密考虑的”,目的是“帮助社会主义社会的繁荣和加强社会主义祖国的力量。”他强调在任职期间, 他“始终是按社会主义的目标和劳动人民的利益作为行动的基础”。
1963年3月22日,捷共中央举行全会,批准诺沃提尼辞去捷共中央主席团委员、中央书记和共和国总统职务。3月28日至4月5日,捷共中央举行全会。诺沃提尼在会上发言说,他在执政期间犯有错误,但也有成绩,坚决否认他为保住自己的职务曾企图发动武装政变。5月底,捷共中央全会决定取消诺沃提尼中央委员的资格,并开除了他的党籍。 在1971年5月召开的党代表大会上达成一项妥协:诺沃提尼被恢复党内的地位,以换取对被赶下台的杜布切克的宽大处理。1975年1月28日,诺沃提尼病故。