1937年12月份，当日本侵略南京，在南京举行大屠杀时，日军惨无人道，不管老弱妇孺见人就杀，很多难民无家可归、无处藏身，他们在这个时候，把生命唯一的希望放到了大慈大悲的菩萨身上，想到了千年古剎栖霞寺。

栖霞寺的老一代师父们告诉我，南京大屠杀期间，栖霞寺有24000多位难民，最感动我的是，栖霞寺监院寂然法师在那国难当头的时候，作为一名手无寸铁的出家人，他大义凛然，在栖霞寺建立难民收容所，凭借自己的力量与智慧来对付惨无人道的日本鬼子，与日本军人斗智斗勇，保护了两万多难民。

大屠杀期间，日军多次袭扰栖霞寺，肆意杀害儿童和强奸妇女。有一次，日本兵公然在庙堂里强奸了一名14岁少女，在场的难民都愤怒无比，要和日本兵拼命，此时寂然法师出面力劝难民，阻止了更多的流血。

为了阻止日军对于栖霞寺的袭扰，寂然法师书写抗议书，通过丹麦工程师B?A?辛德贝格转交给拉贝（注一）先生，并翻译成英语递交给日本大使，来控诉日本军人的罪行。这篇文章的题目是《以人类的名义致所有与此有关的人》，被记录于《拉贝日记》第566页。

根据《栖霞山志》记载，在大屠杀期间，栖霞寺的法师们把寺里的全部粮食都拿出来，以解决几万名难民的吃饭问题。原来栖霞寺的僧人一日三餐，寂然法师为了救济更多的难民，号召僧人一日两餐，以减少饮食，他说：修行之法，日食两餐，补济饑饿，救难民生命为第一修行大要。这就是寂然法师的修行大愿。

在抗战期间，寂然法师提倡修行大愿，他鼓励僧众：如今国难当头、众生有难，应当学习阿弥陀佛的四十八愿普度众生，应当学习观音菩萨的慈悲精神为我中华寻声救苦。

观其音声、拔其痛苦、救生灵于苦海，这正是菩萨大愿在栖霞寺的体现。当时，如果没有寂然法师想方设法建难民所、筹粮找药，就无法救度众生。寂然法师终因积劳成疾，于1939年10月12日圆寂。

抗战时期，寂然法师作为一位出家人，他抱着「救教必先救国”的心愿，建难民所、写控诉书，以一个佛教徒无畏慈悲的精神来救度难民，这不仅是地藏菩萨精神的体现，也是中华民族精神的体现。

2004年栖霞寺后花园施工时挖出的石碑，上面记载了栖霞寺僧众保护难民的历史。

碑文中记载：“民国二十六年七月，卢沟桥事起，烽火弥漫，旋及沪京。载道流亡，惨不忍睹。上人用大本、志开两法师之建议与襄助，设佛教难民收容所于本寺。老弱妇孺获救者二万三千余人，日供两餐，时逾四月。道途宁静，始遣之归，真盛德也。事变以后，若老在香港，卓公住泰州，上人留守栖霞，苦极艰深，困行忍迈，铁肩负厄，处之怡然”。碑文中的“上人”是对寂然法师的尊称。