民国二十六年正月，他接任鼓山涌泉寺住持。这年是他六十寿辰，两序大众开千佛大戒五士二日。自民国十八年以来，他一直连任中国佛教会会长，领导全国佛教。

　　是年七月，卢沟桥事变爆发，继之上海八一三战事开始，圆锳积极投入抗战救亡的行列，号召苏沪地区的僧青年，组织僧侣救护队，叁加战地救护工作。救护队以卡车运载灾区难民及战地伤兵，运送到上海的各收容所及医院中，救护队在战地工作两个多月，蒙佛加被，只阵亡工名队员。上海沦陷后，圆锳带着救护队随军撤退，由上海、南京到达汉口，继续从事救护工作。当时战局紧张，救护队及各处收容所经费无着。十月，圆锳奉国府林子超主席函，嘱他将救护队及收容所事务委托其他法师办理，希望他能到南洋马来牛岛募集医药费。他便带着林主席的三封亲笔介绍信，偕同明阳法师出国。先到新加坡，访新加坡总简会，请华侨领袖及佛教人士组织一个机构，募款接济各处的收容所及汉囗的第二僧侣救护队。接着又到吉隆坡、槟榔屿，拜访侨领、居士，组成了一如新加坡的机构。民国一平

　　圆瑛法师纪念堂七年春季，他又应槟榔屿极乐寺之请，住持法席。极乐寺是鼓山涌泉寺的下院，是南洋有名大刹，在星洲颇著声誉。圆锳住持后，苦心经营，极乐寺日趋庄严，是年夏天，他回国视察救护队及收容所，然后回到南洋向各捐款机构报告，并继续募捐。

　　民国二十八年秋天，他偕弟子明阳回到上海，不意遭人检举，说他是抗日分子，在南洋募得钜款接济重厌政府。农历九月一日，他在圆明讲堂礼佛时，为日本宪兵队逮捕，连明阳法师也一并被逮，先关在宪兵队，第二天押解到南京的日军宪兵司令部，曾遭到恐吓刑讯，圆锳从容陈辩，不为屈服，上海各界人士也极力多方营救，到九月二十八日，日军不得已予以释放。到此日军仍不死心，透过日本僧侣作说客，诱迫他“合作”，也遭到拒绝。

　　圆锳回到上海后，仍驻锡圆明讲堂，他闭门谢客，专事著述。在那数年中，他撰著了《劝修念佛法门》、《发菩提心文讲义》、《阿弥陀经要解讲义》、《佛说八大人觉经讲义》、《楞严纲要》等书。他不但精通性相，兼善诗文，且精于书法，有来求墨宝的，他一一书赠结缘。民国三十二年，曾任北洋政府国务总理的靳云鹏老居士，在天津数度派代表敦谓，他情不可却而到天津讲经，北平的佛门缁素也到天津敦请，他又到北平的广济寺讲了两个月的经。回到上海后，又应无锡、南京各地信徒请去讲经，在那两年，皈依他的信徒不计其数。

　　三十四年春天，他鉴于弘法人才的缺乏，创办“圆明楞严专宗学院”，选取海内外优秀青年学僧三十二人，他自任院长，并亲自主讲《楞严》，编写讲义。另外，还聘请应慈、兴慈两位法师授课。

　　民国三十五年二月，他一度中风，昏迷一星期才清醒过来，疗养了两年，始逐渐康复。

　　一九四九年后，他仍在上海弘法。一九五一年，代表佛教界出席在北京召开的“亚洲及太平洋区域和平会议”。一九五三年，陈质如、趟朴初、周叔迦等在北京筹备中国佛教协会，他代表上海市叁加，被推为第一任会长，会后南返，到宁波天童寺疗餐，末久即逝世，世寿七十六岁，僧酽五十七年。

　　圆锳与太虚本来是义结金兰的好友，但入民国之后，太虚受新的学术思想薰陶，学养日深，成为一代佛学思想巨擘，且锐意革新，成为佛教中革新派的领袖;而圆锳历任宁波七塔寺、天童寺、鼓山涌泉寺、法海寺、南洋极乐寺诸大名刹方丈，长期受丛林制度薰陶，思想日趋保守，为丛林寺院保守者拥为保守派领袖。以致二人日后距离日远，未能共同合作为佛教努力。以当时佛教中所谓名流居士之辇，从中制造是非，挑拨离间，更增加了新旧两派的裂痕。如民国二十年，中国佛教会开会改选.太虚大师的革新派获得胜利，本可藉此机会，新旧派携手合作，为佛教努力。无奈一向操纵佛教会的名流居士者，不甘失败，从中制造事端，太虚大师辞去佛教会执行委员，革新派的谢铸陈、黄忏华等亦先后退出佛教会，新旧两派就愈发疏远了。

　　圆锳一生着遮甚多，主要者如《大乘起信论讲羲》、《首楞严经讲读》、《圆觉经讲义》、《金刚经讲义》、《一吼堂诗集》、《一吼堂文集》等近二十种，门人弟子编辑为《圆锳法汇》行世。