在北京的最初几年中，庞迪我曾是利玛窦的样力助手，当利玛窦忙于酬醉和著书立说时，庞迪我则为准备领洗者讲解教理，因当时他已能善说华语。1605年，他在北京郊外约96公里处的几个村庄中，曾为10至12人付洗。次年，他又去另一村庄为13人付洗，当地居民们热诚欢迎他再去传播教义。

利玛窦去世后，庞迪我负责对外事务。在士大夫们的建议下，庞迪我与熊三拔上疏奏请赐予葬地:“……俾异域遗骸，得以埋瘗，而臣等现在四人，亦得以生死相依……”叶向高阁老，向来对神父们很友善，认为按通常程序奏请皇上，会很难通过，但亦不予退回，幸赖天主助佑，此建议在朝廷会议上没有遇任何反对意见，乃由皇上交叶阁老办理，而得以顺利解决。依靠叶阁老和其他友人的帮助，人们提出了四处地块，供庞迪我神父选择。他择定了阜城门外不远处，被籍没的杨太监私建的二里沟佛寺房屋38间，地基20亩。经改建堂宇工程完成后，利玛窦灵枢，在以十字架为前导的教友送殡队伍护送下，即迁葬于此。利玛窦墓在花园尽头处，靠近小圣堂，此堂为砖砌，上为圆顶，下为六角形，外有两个半圆形的护墙；利玛窦墓用砖砌成，砌时不用石灰，而用泥塑偶像捣碎后的泥土代之。

1611年11月1日诸圣节（诸圣节亦称“诸圣瞻礼”，是天主教和东正教节日之一，日期为11月1日），在管风琴和其他乐器的乐声中，在此举行了首次弥撒，教友们都来参与圣祭。此圣堂供奉救主像，而神父们又在横廊左角，另建一小堂，供奉罗马圣母大殿的圣母像，因利玛窦生前许愿建堂，以谢定居中国之大恩。在供奉救主像的圣堂上，高悬“钦赐”两字的匾额。皇帝钦赐隆恩的消息，不久传遍各省，传教事业在庞迪我的贡献下大为广扬。

等到利玛窦安葬的相关事宜结束后，庞迪我神父利用部分时间专心于用中文著书立说，用来辅导望教者，劝化异教徒之用。1611年，偕熊三拔神父，奉朝廷命，从事修改历法工作。在1611年庞迪我神父曾遭到暴民们的野蛮袭击，差点死去，同时又多次受大吏门的欺凌，而屡濒于危。1616年南京教难时庞神父虽曾一再向皇上提出申辩，但没有效果，因朝政掌握在奸党之手，最终庞迪我神父与其他在京教士，都被驱逐出境。

在驱逐的命令下达后不久，庞迪我等奏:“臣与先臣利玛窦等十余人，涉海九万里，观光上国，叨食大官，十有一七年。近南北参幼，议行屏斥。窃念臣等焚修学道，尊奉天主，岂有邪谋，敢堕恶业?惟圣明垂怜，候风便述国。若寄居海屿，愈滋猜疑。乞并南部诸处陪臣，一体宽假。”无奈圣上没有回心转意，在到达澳门后不久，即于1618年1月，奉主召归天，永想真福