陈独秀第五次被捕后，一九三三年十月受审讯，章士钊以律师身份为陈辩护。章士钊在辩护词中说，陈一向主张议会政治，是民主的急先锋。陈在国共合作期间对国民党有功，认真实行三民主义，他的托派活动与国民党的反共目标一致。章士钊宣读辩词后，陈独秀拍案而起，愤怒指出：「章律师之辩护，全系个人之意见。本人之政治主张，应以本人文件为根据。」并将章的答辩词中的「误信共产主义」改为「坚信共产主义」。陈独秀当时既为中共所排斥，又在国民党法庭上正气凛然，令人尊敬。
　　
　　从一九三二年起，陈独秀在监狱住了五年。一九三五年刘海粟从欧洲回国，到监狱去探视，见陈的独立牢房堆满了书，陈在狱中潜心做学问，刘说：「你伟大」。陈独秀提笔给刘海粟写了一副对联：
　　
　　行无愧怍心常坦
　　
　　身处艰难气若虹
　　
　　这副对联表达了当时陈独秀心情泰然，豪气未消。后来，抗战发生，一九三七年八月出狱时，铁窗五年，读书万卷，使陈独秀的思想更成熟，更升华，更进步了。他扬弃了共产主义，认为只有施行民主政治，才是中国的唯一出路。
　　
　　陈独秀出狱后，说自己不再属于任何党派，他的思想独立，也不代表任何人。由于他的学术地位依然受人敬重，他的密友罗汉与叶剑英有过接触。叶代表中共提出，如陈独秀接受三个条件可以恢复组织关系，三条件为：一，公开声明脱离托派组织；二，拥护党的路线；三，以行动表示诚意。陈认为不能接受。其后，康生、徐冰、章汉夫相继发表斥骂「托派汉奸陈独秀」的文章。陈独秀在一九三八年三月十七日《给新华日报的信》中说：「你们向来不择手段，不顾一切事实是非，只要让你们牵著鼻子走的便是战士，反对你们的便是汉奸。做人的道德应该如此吗？」（此信《新华日报》未刊出，同月二十七日在《扫荡报》上发表。）中共给陈独秀扣上「汉奸」帽子，当时激怒了很多被认为是中共朋友的著名学者如武汉大学校长王星拱等发表公开声明，指责中共对陈独秀的诽谤，「此事殊出常理之外，独秀先生平生事业，早为国人所共见。在此次抗战中之言论行动，亦国人所周知。汉奸匪徒之头衔可加诸独秀先生，则人人亦可加诸异己……」沈钧儒也表示不满。
　　
　　陈独秀在抗战期间的主要言论，包括拥护抗战，赞成各党派合作，支持全民动员和政府改革，反对任何形式的专政；在国际问题上，他认为英美法的民主代表人类的希望。
　　
　　陈独秀说：「『无产阶级独裁』，根本没有这样东西，即党的独裁，结果也只能是领袖独裁。任何独裁都和残暴、蒙蔽、欺骗、贪污、腐化的官僚政治是不能分离的！」
　　
　　陈独秀说：「民主主义是……人民反抗少数特权的旗帜。无产阶级……同样要求一切公民都有集会、结社、言论、出版、罢工之自由，特别是反对党派之自由。」（一九四○年十一月，陈独秀：《我的根本意见》）
　　
　　陈独秀说：「我只注重自己独立的思想，不迁就任何人的意见。我在此所发表的言论……不代表任何人，我已不隶属任何党派，不受任何人的命令指使，自作主张，自负责任。」（一九三七年十一月，陈独秀给陈其昌的信）
　　
　　陈独秀对于第二次世界大战的观点是：「若胜利属于英美法，保持了资产阶级民主，然后才有道路走向大众的民主。」（陈独秀给西流等的信）。陈独秀认为，「人类要前进，必须首先打倒比中世纪的宗教法庭还要黑暗的德国纳粹主义和苏联的格别乌（秘密警察）政治。」
　　
　　陈独秀还有一个重要见解，他反对斯大林，但是，他不同意「把苏联的一切罪恶都归罪于斯大林」，因为「是独裁制度产生了斯大林，而不是有了斯大林才产生独裁。」「独裁制如一把利刃，今天用之杀别人，明天便会用之杀自己。」他说托洛茨基直至「独裁这把利刃伤害到他自己时」，才有所觉悟，「然而太晚了」。（一九四○年十二月，陈独秀给西流的信。）
　　
　　胡适在《陈独秀的最后见解》一书「序言」中说：「我觉得他的最后思想……特别是对于民主自由的见解，是他『深思熟虑了六七年』的结论，很值得我们大家想想。」