公元前551年，孔子诞生于鲁国陬邑，那里山清水秀，景色宜人。盼子心切的孔纥（叔梁纥）曾在尼丘山祈祷求子，现在孔纥如愿以偿，老年得子，分外高兴。出生后的孔子相貌很奇特，头顶中间低，四边高，很想尼丘山，所以孔纥以为神灵降福孔家，便给儿子起名为丘，字仲尼，以谢神灵降福之恩。
孔子的降生给孔家带来了喜庆吉祥之气，但也丝毫未冲淡孔家门前的冷清的景象。孔子的父亲孔纥是64岁时采娶到颜徵在为妻的。当时的颜徵在只有17岁。老夫少妻，在春秋时期是不合礼节的。但是谁能想到，数十年之后，孔丘成为闻名天下的显赫人物；几百年、几千年后，孔家因为孔丘的诞生而成为一个神圣的地方，孔林也因为是孔丘的墓地而成为万人祭祀和瞻仰的圣地，成为一处淳朴自然而又充满诗意的名胜古迹。孔子曾经被封为“大成至圣文宣王”，孔子的墓地称陵是完全有资格的，为什么要称为“孔林”呢？
在原始社会初期，并不存在丧葬仪式，人们自然生自然死，除了随意掩埋的，大多都是听之自朽，既不封土，也不植树。直到春秋时期，才出现了坟丘形式的墓葬。相传孔子3岁时，父亲病故，葬在防山上。到了孔子17岁时，母亲病故，孔子才从邻居那里知道了父亲的安息之地。孔子将父母合葬，并筑起坟丘。
公元前479年，孔子病逝后，鲁国举国上下一齐哀悼，当政者鲁哀公亲自撰写了悼文，抱怨苍天为何如此不公，为什么不让这个老人留在他的身边？抛下他一个人孤零零地忍受着巨大的愧疚。但孔子的得意门生子贡则认为鲁哀公在孔子生前并没有怎么中用过他，死后追述孔子的德行是不合礼节的。孔子的弟子们遵循一种古老的礼制，从四面八方持奇木异树来到老师的墓地，将它们栽种在坟冢的周围，这样就形成了最初的孔林。
奇怪的是孔子死后，据说仍是葬而不起坟土。孔子的弟子们也许是担心天长日久找不到老师的墓地，所以携带着树种来到孔子墓地，围绕着墓地种树，作为标记。
孔子的弟子们用植树的方式寄予自己对恩师的思念，这才使得我们后人能知道这位古代圣人的葬身之地。孔子在丛林环绕中长眠了2400余年，孔子墓不称孔陵而称孔林，恰当的把孔子同那些功业傲天下的帝王君主们区分了开来，因为他毕竟是中国历史上独一无二的圣人。
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