他的著述卷目可划分为三大类：自撰类、评点类、编纂类。

　　自撰类

　　包括：《澹园集》四十九卷、《澹园续集》二十七卷、《国史经籍志》五卷、附录一卷、《焦氏笔乘正集》六卷、《焦氏笔乘续集》八卷、《笔乘别集》六卷、《支谈》三卷、《俗书勘误》三卷、《养正图解》二卷、《墨苑序》一卷、《隐符经解》一卷、《逊国忠节录》四卷、《易荃》六卷、《熙朝名臣实录》二十七卷、《焦弱侯问答》一卷、《焦氏藏书目》二卷、《京学志》八卷、《金陵雅游编》一卷、《东宫讲义》不分卷、《金陵旧事》十卷。

　　评点类

　　主要包括：《春秋左传钞》十四卷、《九子全书评林正书》十四卷、续集十卷、卷首一卷、《新铸翰林三状元会选二十九子品汇释评》二十卷、《苏长公二妙集》二十二卷、《禹贡解》、《法华经精解评林》二卷、《园觉经精解评林》三卷、《老子翼》三卷、考翼一卷、《老子元翼》二卷、《新锲翰林标律判学详释》二卷、《楞严经精解评林》卷、《楞枷经精解评林》卷、《东坡志林》五卷、《谢东乐集》卷、《增纂评注文章规范正编续编》七卷、《道德经元翼》二卷、《庄子翼》八卷，附录一卷、《荀子品汇解评》二卷、《墨子品汇解评》一卷、《绝句衍义》四卷、《庄子品汇解评》卷、《列子品汇解评》卷、《注释列子》一卷、《注释老子》一卷、《注释庄子》五卷、《苏老泉文集》十三卷、《太上老子道德经注解评林》四卷、《老子读注评林》四卷。

　　编纂类

　　主要包括：《国朝献征录》一百二十卷、《南华经余事杂录》二卷、《玉堂丛语》八卷、《历科廷试状元策》十一卷、《四书直解指南》二十七卷、《明四先生文范》四卷、《词林历官表》三卷、《皇明人物考》六卷、《明世说》、《杨升庵集》一百卷、《能文必要》四卷、《小学图注》九卷、《雨苏经解》、《释道精解》十六卷、《新锓翰林校正鳌头合并古今家诗学会海大成》十八卷、《南华真经义海纂微》一百零六卷、《中原文献》二十四卷、《汉魏诸名家集二十二种》一百三十一卷、《考工记解》二卷、《闽忠传志》一卷、《庄子阙误》一卷、《焦氏类林》八卷、《石室秘传》十卷、《战国策玉冰壶》八卷、《两汉粹宝评林》三卷、《通鉴纪事本末前编》十二卷、《张子湖集》八卷附录一卷、《坡仙集》十六卷、《五言律细》与《七言律细》各一卷、《明文珠玑》十卷等。

　　著作现存

　　焦竑的传世著作主要现存北京国家图书馆、济南、南京、上海等图书馆及台湾、香港，海外日本、韩国等地。并被翻译日、韩等多种文字出版，成为中华民族的优秀历史文化遗产之一。