被反动派栽赃陷害
1965年11月,姚文元发表《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》,指责吴晗的《海瑞罢官》是反党反社会主义的“一株毒草”,是在“为彭德怀翻案”。诬陷吴晗“攻击毛主席”“反党反社会主义”等等。接着,《三家村札记》也遭到批判。后来又给他扣上“叛徒”“特务”等莫须有的罪名。
全家惨遭“文革”迫害
“文化大革命”开始后,吴晗从精神到肉体惨遭摧残,随后于1968年3月被捕入狱,1969年10月11日被迫害致死。
他的妻子袁震也于1969年3月18日被迫害致死;
养女吴小彦于1976年9月23日在狱中自杀身亡。
1979年7月,北京市委为“三家村反党集团”冤案平反,为吴晗恢复党籍,恢复名誉。重新获得党籍资格。