编辑　　一开始贝奈斯作为私人住在伦敦。1940年他组织了一个流亡政府并自称为是捷克斯洛伐克总统。在第二次世界大战中同盟国国家最后承认贝奈斯为捷克斯洛伐克总统。贝奈斯的目的在于重建慕尼黑协定前捷克斯洛伐克的疆界和驱逐所有340万境内的德国人。
　　1943年10月27日贝奈斯在一个从英国播送的广播中说：“我们要用鲜血换取战争的结束。我们将对德国毫不留情。他们从1938年开始在我们的国家造成的破坏将加倍尝还。整个民族要加入这场战斗。没有一个捷克斯洛伐克人能够躲避这个人物，没有一个爱国者会放弃对民族危难复仇的机会。”
　　1943年12月12日德国在其东部战场上的败绩已然明显，贝奈斯在莫斯科与斯大林签署了捷克斯洛伐克和苏联的互保条约，这个条约也规定了战后的合作，这样苏联就成为了捷克斯洛伐克的保障国。在这次访问中贝奈斯还与斯大林达成了驱逐苏台德德国人以及部分驱逐斯洛伐克南部72万匈牙利人以及没收其财产的决定。
编辑本段再任总统（1945年至1948年）　　1945年5月贝奈斯从苏联返回家乡，实际上又恢复了他总统的职位。他的这个第二次任期的主要任务在于重建捷克斯洛伐克为一个统一的民族国家。
　　1945年5月16日贝奈斯回到布拉格后在布拉格老城对许多欢迎他的人发表演讲说：
　　“我们必须……毫不留情地消灭捷克的德国人和斯洛伐克的匈牙利人。在捷克和斯洛伐克的统一民族国家利益的容许下我们必须将他们消灭掉。我们的目标是在文化上、经济上和政治上彻底非日耳曼化。”
　　1945年10月14日他在另一次演讲中说：
　　“最近国际媒介批评我们，说德国人迁徙的过程不人道、不能让人容忍，说我们对德国人就像他们对我们一样，说我们抹黑了我们自己的道德和至今为止无暇的声誉，说我们使用了纳粹那样残酷的、不文明的手段。
　　不论这些批评在偶尔事件上是否正确，我毫无疑问地肯定：所有的德国人必须回德国，他们全部将离开。他们离开的原因是他们自己的巨大的道德上的罪恶，是他们战前和他们自己的战争政策对我们的国家和民族留下的创伤。只有被承认是忠实于我们国家的反法西斯主义者才能够留下。但是将他们迁返德国的过程中我们必须对他们是人道的、正义的、无私的和道德上正确的。（……）任何抵触了这个政策的国家机构必须改悔他们的做法。政府绝不容许共和国的好名声被不负责任的人摧毁。 ”
　　在波茨坦会议上美国、英国和苏联同意使用“人道的手段”对德国人的强迫迁移。贝奈斯签署的贝奈斯法令中不仅宣布驱逐德国人和匈牙利人，而且因为他们是“卖国贼和（德国的）合作者”以及是不受欢迎的民族而无补偿没收所有财产。此外捷克斯洛伐克的部分企业被国家化。按照这个法令在1938年至1945年间忠于捷克斯洛伐克的德国人不被驱逐和没收财产，不过受到这个例外的人很少。
　　1948年2月25日已经重病的贝奈斯在重重压力下接受了非共产党部长的辞职，由此使得共产党上台。5月他拒绝在新的宪法上签字，6月2日他被迫辞职。
　　克莱门特·哥特瓦尔德继任捷克斯洛伐克总统职。