由于张作霖并没有将直隶的军政大权再次交付于李景林,遂使李氏再生异心,秘密与孙传芳、靳云鹗取得联络。胡毓坤在得知这件事后,对自己的前途产生了忧虑。他清楚的明白奉系势力的强大,而跟随李景林在夹缝中再生异心的结果必然是玉石具焚,到不如为奉军效力,前途必然光明。于是胡毓坤在同亲奉的师长荣臻商量之后,一同向昌平驻军旅长刘翼飞告发了此事。此后逐级上报,终于促使张作霖下达了解决李景林部的决心。
1926年6月29日,张作霖以所属第10军于珍部以及张宗昌部将李景林部包围缴械。李景林失去军权后被迫下野,所属部队在仅留持枪者的原则上被缩编为第17军,辖一师三混成旅,荣臻任军长,胡毓坤任副军长兼第12师师长。同年8月,第17军编为第2路在张学良的指挥下从左翼协攻防守南口的国民联军,但遭到守军顽强抵抗,被迫停止攻势。8月5日,张学良下达了进攻南口的总攻击令,第17军配合第10军沿铁路右侧发起攻击,两军官兵在炮兵以及坦克的火力掩护下发起连番冲锋,国民联军官兵则继续依托坚固的防御工事予以还击,战况异常激烈。新加入奉军的胡毓坤等原李景林部军官为有所表现,皆亲上前线指挥冲锋,几次冲入阵地展开肉搏,终于在8月13日突破防线,至次日下午二时完全占领南口。战后,第17军仍返天津原防整补待命。
1927年1月31日,张作霖为援助吴佩孚抗拒国民革命军北伐,以第10、第11、第17三个军编组为援豫军,由第10军军长于珍任总司令,第17军军长荣臻任副总司令。吴佩孚虽然联奉,但其驻豫将领并不赞成,他们公推靳云鹗为河南保卫军总司令反对奉军入豫。驻豫直军的抵触导致张作霖下达了武力占领河南的决定。一天后,也就是2月1日,胡毓坤晋授为陆军中将。2月10日,胡毓坤指挥所属武汉卿第6旅、郜汝廉第23旅进占彰德、新乡。26日,胡毓坤命令第6旅进驻开封与张宗昌部鲁军取得联络。3月3日,第6旅又配合张宗昌鲁军对中牟方向发起进攻,并乘势占领中牟车站。3月11日,胡毓坤亲赴中牟指挥第6、第23两个旅对中牟县城发起进攻,并于入夜时分击溃城外守军秦德纯师,将中牟完全包围。中牟商会为避免县城遭受战火涂炭,便在商得秦德纯的同意之下出城与胡毓坤谈判停战事宜,胡毓坤则提出只要守军缴械便可停止进攻。秦德纯得此回复,见己部坚守无意,被迫突围。武汉卿旅于3月12日进占中牟。
胡毓坤在占领中牟后,继又于3月18日占领郑州,并击溃守军陈德霖部四个团。靳云鹗丢失郑州不甘失败,于3月24日命其心腹军长高汝桐指挥所部发起反扑。高氏亲坐铁甲车指挥,并组织敢死队拼命冲锋,在突进到十五里堡时,遭到奉军炮兵猛烈轰炸,其铁甲车亦被击中,高与其参谋长沈其昌皆在车内毙命。高汝桐一死,进攻部队一时失去指挥,胡毓坤指挥所部乘势发起反击并于26日攻占新郑,再次获得大胜。此战俘获高部旅长、团长各一,营长以下军官四十余人。27日,胡部攻占许昌,靳云鹗残部败退郾城。4月1日,胡毓坤被授予将军府健威将军。4月5日,胡部兵临郾城外围,以两个旅为主攻,荣臻另调两旅于侧翼配合攻击,靳云鹗残部本已丧失斗志,连失临颖、大石桥。至4月10日胡部攻占郾城,靳云鹗残部基本就歼。
1927年4月,胡毓坤奉命将河南保卫军赵杰所部予以缴械,并以该部官兵补充第17军。时第17军经过河南作战兵员充实,张学良见胡毓坤作战指挥十分出色,便保举升其为军长。经张作霖批准,于5月19日任命其为第16军军长,与荣臻之第17军结为联合军。荣臻为专任河南省保安司令一职,便将第17军的指挥权交给胡毓坤统一指挥。
时奉系驻豫各部由张学良统一指挥,而国民革命军之北伐军已进入豫境。张学良为抗拒北伐军在新乡召开军事会议,决定设立卫辉、彰德、正定三道防线,其中卫辉防线由胡毓坤、荣臻的第16、17联合军负责。当北伐军之唐生智第8军发起进攻后,胡、荣联军各据阵地实施阻击。7月,冯玉祥之第2集团军亦入河南,胡毓坤军首当其冲,但未及接仗,后方收编之原河南保卫军各部纷纷叛变。张学良首尾不能兼顾,被迫下令放弃郑州,率部撤往黄河以北,继又退入河北境内。胡毓坤军入冀后,驻防天津。同年10月15日,胡毓坤被授予一等大绶嘉、勋五位。
1928年5月,张学良集重兵于方顺桥地区,并构筑坚固的防御工事准备同国民革命军进行决战,以拱卫保定,第16、17联合军担负中央阵地的防御任务。5月15日,国民革命军第3集团军徐永昌部在第2集团军韩复榘部的配合下突进到方顺桥,适济南发生惨案,韩复榘未通知友军即行南撤,致徐永昌部孤军突出。张学良见机会难得,便命令第16、17联合军立即出击,将徐部包围,随即占领康关,又将前来增援的吴藻华师包围。就在胡毓坤、荣臻两军接连得手之际,左翼友军阵地却被李生达部击破,右翼友军阵地被赵承绶部击破。两翼作战失利,迫使张学良命令胡、荣联军弃围后撤。5月31日保定失守。6月2日,张作霖在发出通电后率部撤往关外,两天后在皇姑屯被日本军方密谋炸毙。