东汉中平元年(184)，黄巾首领张角在魏郡起事(参见黄巾农民起义)。由于这次起义八州并发，所以来势迅猛，起义火焰很快燃遍了整个中原地区。百姓风起响应。起义军所到之处，焚烧郡县官府，处死地方官员。官吏豪强抱头鼠窜，刘氏江山摇摇欲坠。

　　在三十六方一旦俱发的起义声威面前，东汉统治者惶恐不安。他们调动一切力量，对起义军进行镇压。车骑将军皇甫嵩、中郎将朱儁奉调威围剿胁洛阳的黄巾军波才部。朱儁奏请孙坚担任佐军司马。孙坚在淮、泗一带招募了一些士兵，加上跟随他在下邳县当差的同乡少年，共得精兵一千人。此后，孙坚便率领这一千多士兵，随朱儁南征北战。

　　孙坚作战悍猛，常置生死于度外。一次，他乘胜追敌，单骑深入，失利，受伤堕马，卧于草中。当时，军众分散，不知他在什么地方。亏得他所乘战马跑回军营，咆哮嘶鸣。将士们随马找去，才在草中发现了孙坚。孙坚回营养了十几天，伤势略好，又奔赴疆场。

　　孙坚汝颍的黄巾军，处于困境，无路可走，固守宛城。孙坚领兵进攻，他独当一面，亲冒矢石，率先登上城墙。他的部众受此鼓励，纷纷紧随其后，于是，攻下了宛城。朱儁把孙坚的事迹全部呈报给朝廷，朝廷任命孙坚为别部司马。

　　边章、韩遂在凉州制造骚乱，中郎将董卓前往抵御讨伐，未见成效。中平三年(186年)，朝廷派司空张温代理车骑将军，西讨边章等乱兵。张温奏请孙坚参军事。

　　张温率部驻扎长安，用诏书召见董卓，董卓拖延时间，过了好半天才来。张温责备他，他应对时，出言不逊。当时，孙坚正好在座，见此情形，便走到张温旁边，跟张温耳语，劝他诛杀董卓。孙坚说：“明公亲率王兵，威震天下，何赖于卓?观卓所言，不假明公，轻上无礼，一罪也。章、遂跋扈经年，当以时进讨，而卓云未可，沮军疑众，二罪也。卓受任无功，应召稽留，而轩昂自高，三罪也。古之名将，仗钺临众，未有不断斩以示威者也。是以穰苴斩庄贾，魏绛戮杨干。今明公垂意于卓，不即加诛，亏损威刑。于是在矣 。”张温仍然不肯采取行动，对孙坚说：“君且还，卓将疑人”(《三国志·吴书·孙破虏传》)。

　　十一月，张温破北宫伯玉于美阳，因遣荡寇将军周慎追击之，围榆中;又遣中郎将董卓讨先零羌。慎、卓并不克。而且周慎几乎全军覆没，唯董卓以全军还。但好多人听说孙坚指陈董卓三条罪状，劝张温诛杀他，都为之叹息。于是，朝廷拜孙坚为议郎。

　　中平四年(187)，长沙人区星起义，自称将军，聚众一万多人，攻围城邑。朝廷任命孙坚为长沙太守，前往剿灭。孙坚到郡，检选循吏，使之治民，并且明白交代：“你们只管好好对待善良百姓，好好处理官曹文书，按规矩办事。至于郡中盗贼，交我负责好了!”他说到做到，立即率领将士，谋划方略，仅一个月的工夫，就打败了区星，郡中震服。

　　当时，周朝、郭石等人也在零陵、桂阳一带起义，与区星遥相呼应。孙坚就越过郡界，前往征讨。这样一来，三个郡都得到了平定，秩序井然。

　　据《吴录》记载，庐江太守陆康的侄儿当时任宜春县令，被敌兵所攻，派人向孙坚求救。主簿劝孙坚不要越界征讨。孙坚回答：“太守我没有什么文德，只以征伐为功。越界征讨，是为保全郡国。倘若以此获罪，我无愧于天下!”于是，整顿部伍，起兵驰援，敌人听说孙坚要来，闻风逃遁。汉卫朝检录孙坚前后战功，封他为乌程侯。