王后军从虹口少体校、市少体校进入上海队,1965年入选中国国家队,1970年代初期曾经成为国家队队长,主要踢边锋,身体素质好,技术全面,尤以快速灵巧见长,在比赛中常以漂亮的个人突破、准确的底线传中和凌历的射门功夫博得球迷青睐,被称为“飞将军”。1975年王后军退役,成为上海队的助理教练,经历了1980年的降级,又协助方纫秋重新打回甲级并夺得了1983年五运会的全国冠军。夺冠后方纫秋退休,王后军成为上海队主教练,此后多年内由于场上指挥多变,赢得了“小诸葛”的美名。
1993年12月,上海成立了中国第一家完全脱离政府体育系统的职业足球俱乐部上海申花,但是已经担任了近十年上海队主教练的王后军却出人意料的没有被选聘为申花主帅,而是由另一位长期在外地执教的上海人徐根宝担任。1995年,新成立的上海浦东足球俱乐部邀请王后军担任总教练,他率队夺得了乙级联赛的冠军杀入甲B联赛,但是次年联赛过程中由于健康原因离任。