二、从目录学入手
　　黄侃读书治学大抵也从目录学入手，如他在1925年2月15日的日记中写道：“搜集正史参考书目略备，遂治全史。行可来，以正史参考书目尚有未备，取去代为补苴。”可见他在治全史前，先编了一个目录，而且还将该目录向他人征求意见，并请他人补充。他研读宋代金石学也是这么做的。
　　从《黄侃日记》中可见，他收藏了大量书目，并且认真阅读过，如他在1925年1月4日的日记中说：“阅《销燬抽燬书目》《禁书总目》《违碍书目》《奏缴咨禁书目》讫。去年费五旬之力，将《四库提要》《四库简明目录》《四库未收书提要》三种书点完，不若今夕翻此册之快也。”
　　为了便于充分利用自己的藏书，他还特地编了藏书目录。这在《黄侃日记》中也有反映，如1928年7月30日的日记写道：“架上书整理讫，耀先为编目，甚便检寻。”耀先乃黄侃的侄儿黄焯之字。再如1928年10月5日日记云：“午后料检藏书目录，竟日遂停他课。”为了更好地利用《四库全书总目》，他还编过索引，如1928年10月31日日记云：“试编《四库书目书名作者通检》，至《提要》二卷之半。”
　　开推荐书目是他指导学生的重要方法，黄焯曾谈到 1921年正月他“自蕲乡来省先生，试令作文二篇，以为可教，即授以《说文》《文选》《文心雕龙》诸书，并为写应读书目二十余种。”这些书有二十五种，据徐复介绍是“当时社会上盛行梁任公、胡适之开列的《一个最低限度的国学书目》，先生认为泛滥不切实际，没有揭示出重点，故提出二十五书以纠正此偏向。”此外，他还专门开过小学推荐书目。

三、治学有定程
　　潘重规《季刚公传》称黄侃先生“治学有定程，未尝以人事、疾病改恒度。”汪东《蕲春黄君墓表》也称：“其为学，严定日程，贯彻条理。所治经、史、小学诸书，皆反复数十过，精博孰习，能举其篇叶行数，十九无差忒者。”黄侃往往在一年的开头制定一年的工作计划，如1922年1月1日日记云：“今岁所拟为之事，略记于左。属于学业者：一、着手为《经典集音长编》；二、赓前治《说文》；三、繙史籍，辑《文章志》；四、缮录文、诗稿。”
　　黄侃按计划读书也给学生留下了深刻印象，如殷孟伦回忆道：“我从先生学习时，平时观察先生治学，知道先生读孙诒让《周礼正义》时，按日程功，总共费了一百八十天方始读完。先生采用的是湖北楚学会排印本，读完之后，先生写了‘ 读经已恨二毛衰’的绝句一首。”
　　一年结束，他也往往做个总结，如1929年2月9日除夕的日记说：“今年买书甚多，而读书甚少。所可粗慰心者，校《经典释文》一过；读《全上古文》《全汉文》《全后汉文》《全三国文》尽，加点；写《论语》《孝经》《尔雅》一通；读《新唐书》传一过；钞唐诗三本，此功程之可计者也。其馀零星琐碎，不成条理矣。作诗百馀首，略有吟咏之乐耳。”
　　如果没有按计划完成任务，他也会反省自责。如1921年2月3日日记云：“竟日览杂书送日，可惜。”1928年8月5日日记云：“比日事冗心烦，读书陵（零）乱无序，亦无心得，当切戒之。”同年9月7日日记复云：“点《唐书》百六十三。馀课悉荒，连日无故缺课，意殊恨之。”

四、博览与精读相结合
　　从黄侃所制定的读书计划中可以看到他重视精读，同时也注意博览。如他在1928年8月 19日所定的日课，有“钞《古诗存目录》，校《经典释文》，点全上古至隋文、《全唐诗》。”这些显然属于精读的范围，还有“翻群书於目录金石者”，“读《河岳英灵集》”，这些显然属于博览的范围。其《戊辰日记》附九为《浏览》，实际上就是将他于该年七、八、九三个月博览的书编了一个目录，如《王闿运日记》、《书林清话》、《太平广记》、《语石序》、《宋诗钞补》、遗山七律七绝、《画中人传奇》等。
　　黄侃对待博览与精读所采取的读书姿势是不同的，博览往往采取“卧阅”的方式，如“卧阅《大乘起信论》”、“卧繙太白七古”、“卧阅《汉书》武帝以后诸人传”、“卧阅《阅微草堂笔记》”、“身发热，遂卧阅《绝妙好词续钞》”等等。而精读则要采用“端坐”的方式，如 1921年 12月 31日，“下午端坐书室，阅《周礼》至夜，竟《夏官》序官。”先生还在1928年6月20日特别介绍过他精读过的一些书：“余观书之捷，不让先师刘君。平生手加点识书，如《文选》盖已十过，《汉书》亦三过。注疏圈识，丹黄灿然。《新唐书》先读，后以朱点，复以墨点， 亦是三过。《说文》《尔雅》《广韵》三书，殆不能计徧数。而记忆绝艰，每寻一事，非细检不敢辄用。”
　　博览使黄先生在经史子集等各个领域包括佛经、道藏都具有渊博的知识。而凡为黄侃精读过的书，先生都具有深刻的印象与独到的见解，这为他从事教学与科研工作奠定了坚实的基础。上面他自称“记忆绝艰”，显然是谦词，同时也表明他学风严谨。他的学生殷孟伦谈道：“黄侃先生治学精研，所治经、史、语言文字诸书皆反复数十过。其熟悉程度至能举其篇、页、行数。十九无差误。”
　　五、好学深思，心知其意
　　殷孟伦《忆量守师》云：“先生经常讲到的‘好学深思，心知其意’（语出《史记》）和‘多闻阙疑，慎言其余’（语出《论语》），确实是治学的金石良言，为我定了一个航标，使我终身获益不浅。”显然这十六个字也是黄侃本人的经验之谈，他不仅认真读书，而且勤于思考，善于总结规律。其思考的结果通常都批在书眉，或写在日记中。
　　首先是将自己认为有用的资料抄下来。黄侃日常功课中有一项是抄书。其次，是将自己的读书心得批在书眉或写在日记中。章太炎《黄季刚墓志铭》称其“为学务精习，诵四史及群经义疏皆十余周，有所得辄笺识其端。”程千帆先生在《黄侃日记?后记》中也说：“其所创获，多笔之书眉，或载之日记。故虽不幸早逝，著书未成，而遗说故在，班班可考。”
　　当然更重要的还在他善于总结规律，正如陆宗达《黄侃日记?序》所说：“他虽然祗活了半个世纪，却在我国两千多年的经学、小学、文学和史学丰富而纷杂的遗产面前，毫不困惑，努力地梳理它们的脉络，潜心地发掘它们的精华，深入地探讨它们的规律，细心地恢复它们的本来面貌。”黄侃本人也提到过这一点，如他于1929年1月27日写给陆宗达的信中指出：“大抵名物制度，宜抽绎其例，排比其文，或图之，或表之，虽有旧图旧表，仍宜自作。”最突出的例子当然是定上古声19类，上古韵28部。此外如其《汉唐玄学论》谈魏晋学术新变的四个特点：“自魏氏以来，训释儒言，颇变汉代经师拘守家法之习，一也；参以玄言，二也；受浮屠之渐染，三也；自下新义，四也。故经说纷纭，极于宋、明，而实滥觞于魏、晋。”这些理论总结，都受到了学术界的高度评价。