傅斯年到任不久，台湾发生了学生运动，台湾当局大肆逮捕学生，史称“四六”事件。傅斯年对当局不经任何手续到台湾大学逮捕师生十分不满，亲自找国民党最高当局进行交涉，要求没有确凿证据不能随便到台大捕人，即使有确凿证据逮捕台大师生也必须经校长批准，并且相约成为一项制度。有文字记载，蒋经国当时曾负责军警特宪事务，他要台大某人资料对某事调查，也只好找傅斯年交涉，专门写信要求。信中说：“孟真先生道鉴：兹派员前来洽取于某有关文件，即请面交带回，以供参考。”

　　当时国民党政府还要求各机关学校实行联保制度，其方法是公教人员几人相互监督，相互保证对方思想纯正，没有染上共产思想，万一发现联保中有人思想不纯正，保证人都要受连累。台湾省当局也要求台湾大学师生办理这种手续。傅斯年出面对国民党当局说：凡是在台湾大学任教和服务的教职员每个人都思想纯正，没有左倾思想，他一个人可以保证，有问题发生，他愿意负全部责任。结果台湾大学没有实行联保制度。当时有些人攻击台湾大学有些院长、系主任是“共党分子或亲共分子”，说他们把持的院系是“共产党细菌的温床”，许多学生受其影响。傅斯年对此公开发表文章进行反击，在文章中强调：“假如我对于这样的举动妥协了，我念这几十年书的工夫也就完了，还谈教育吗?我不能承认台湾大学的无罪学生有罪，有辜的学生为无辜，此之为公平。不能承认任何人有特权，此之谓公平。……宁可我受诬枉。我既为校长，不能坐视我的学生受诬枉。”他去世后台湾的一些报纸评论：“傅斯年先生在台大两年最大的成就，在保持了学术独立和尊严，扩大了研究空气……”1949年盟军统帅麦克阿瑟访问台湾，当时国民党政府刚退守台湾，迫切需要美军的保护，因此视麦克阿瑟为太上皇。麦克阿瑟专机到达台湾时，蒋介石亲率五院院长、三军总司令等政要到机场迎接，并通知傅斯年到场，傅斯年虽然去了机场，但表现出与众不同的风格，第二天重要报纸刊登的照片，当天在机场贵宾室就座的仅三人，蒋介石、麦克阿瑟和傅斯年，其他五院院长及政要垂手恭候，三军总司令立正挺立，傅斯年则坐在沙发上，口叼烟斗，跷着右腿，潇洒自若。当时报纸新闻说：“在机场贵宾室，敢与总统及麦帅平坐者，惟傅斯年一人。”

　　傅斯年任台大校长期间正是台湾的非常时期，其侄傅乐成回忆说：“他(傅斯年)经常每日在校办公6小时以上，一进办公室，便无一分钟的休息，有时还须参加校外的集会……他那希望台大赶快办好的意念，竟使他坐卧不安。”

　　1950年12月20日上午，傅斯年出席了由蒋梦麟主持召集的农复会会议，主要讨论农业教育改革和保送大学生出国深造问题。傅斯年想借机多保送台大学生出国留学，在会上频频发言，提了许多意见和建议，据蒋梦麟回忆：会议进行两个多小时，傅斯年讲话最多。午饭后他又去省议会，列席省议会第五次会议，此次会议参议员咨询的主要是有关教育行政的问题，多数由教育厅长陈雪屏作答。下午5时40分左右，参议员郭宝基咨询有关台大的问题，包括国民党教育部从大陆运到台湾保存在台湾大学的教育器材的失盗和放宽台大招生尺度问题，这些问题须由傅斯年答复。这两件事尤其是器材失盗之事，使傅斯年相当愤怒。此事出在台湾大学，一向嫉恶如仇的傅斯年深受刺激，曾在报纸上发表声明，要除恶务尽，清除所有败类，现在参议员再次提起，傅斯年仍然相当激动，引起突发性脑溢血，6点10分会议结束后傅斯年倒在议会大厅，经抢救无效，在晚上11点左右去世。

　　台湾大学在校园内择地安葬了傅斯年，并专门建造了一座罗马式纪念亭。从此，傅斯年安葬地称为“傅园”，每年都有许多人前往祭奠凭吊。