中国现代人文学科和社会科学是在新文化运动推动下逐步成长起来的。历史研究是其中成绩最为卓著的学科之一，里面就包含着傅斯年艰辛耕耘的成果。往日由于材料分散，人们很难了解他的有关成果，《全集》的出版解决了这一难题。
　　
　　 1927年春，他被聘为广州中山大学文科主任（文学院院长）兼国文、历史两系系主任。一年后，又负责创办中央研究院历史语言研究所，此后，他担任这个研究所的所长22年，直至离开这个世界。翻开《全集》第六卷，一篇篇历史语言研究所的工作报告和其他相关文献，记下的就是中国史学研究进展的非常重要的部分。从1928－1937年，傅斯年领导历史语言研究所排除阻力，对以安阳为中心的殷墟作了15次大规模的考古发掘，找到大批甲骨文和殷商文物，才为殷商史和甲骨文研究奠定了坚实的基础。城子崖等处的发掘，对古代中国和中国文化的研究也具有里程碑意义。
　　
　　 北京和台北的故宫博物馆都藏有大量明清档案，但很多人都不知道，这些档案在清末曾被视为无用之物，打算付之一炬；而辛亥革命后日本的一家公司已经立约买下，打算运回日本。罗振玉、马衡等著名学者曾为保护这一无价之宝出了大力，傅斯年建议时在国民政府担任要职的蔡元培出钱买下这批档案，最终避免了一大劫难，直至今天，中国史学研究仍深受其惠。
　　
　　 仅凭上述卓越的学术领导工作，已经足以令傅斯年在20世纪中国史学史上占有重要的一席，何况他在史学研究上还有引人注目的建树。其中最突出的一点是领导历史语言研究所的同仁建立了影响深远的优良学风——把收集史料作为历史研究的最重要的基础。用他的话来说是：“凡一种学问能扩张他所研究的材料便进步，不能的便退步。”“一分材料出一分货，十分材料出十分货，没有材料便不出货。”他甚至直截了当地说：“史学便是史料学。”
　　
　　 与此同时，他坚决反对以伦理道德或政治等理由歪曲历史。他说：“对青年是不应该欺骗的，治史学是绝不当说谎的。”“把些传统的或自造的‘仁义礼智’和其他主观，同历史学和语言学混在一气的人，绝对不是我们的同志！”他是在1928年5月写下这段话的。国民党正在扼杀学术自由，捏造和歪曲历史为自己的专制统治服务；以固定的模式硬套中国历史的歪风也开始蔓延。他的警告是非常及时的，尽管一介书生无法阻挡这些祸国殃民的洪水泛滥。