1949年初，臺大校務百廢待舉之際，卻發生"四六事件"，引發激烈學潮。

　　此事肇因於臺大學生何景嶽與臺灣省立師範學院(臺灣師範大學前身)學生李元勛於三月二十日下午共騎一輛單車時，不服警察以交通違規為由取締，遭警察毆打及拘留。消息傳回校園，人心浮動，原本就對時局與饑餓問題不滿的學生，醞釀包圍警局，要求警方交人。

　　晚間十時余，原有二、三百名師院學生沿途唱歌、抗議，赴警察局交涉，經過位於新生南路的臺大男生宿舍(今金華國中)時，臺大學生陸續加入，聚集四、五百人。雖然在學生包圍警局的壓力下，遭拘捕者旋被釋放，但警方遲不出面安撫，引發學生不滿 。次日兩校千余名學生再度發起遊行，打著反迫害、保障人身自由、反對警察打人的標語聚集臺北市警局請願，要求嚴懲肇事人員，最後在市警局公開道歉後，才以"一場誤會引起的小糾紛"為由，總算結束遊行抗議。

　　3月29日，臺大、師院與北市中等以上學校學生自治會，在臺大法學院操場舉行青年節營火晚會，宣布在各校學生自治會基礎上，成立臺北市學生聯合會，以爭取生存權利、反對饑餓和迫害、要求民主自由，號召全省學生聯結，喊出"反對警察國家"口號，當晚主要表演隊伍臺大合唱團"麥浪歌詠隊"，演唱了《你是燈塔》、《你是舵手》等大陸學生搞學運時常唱的歌曲，還扭起秧歌。潛伏校園的特務通報後，讓在大陸面對頹勢，急於整肅後方的國民黨驚覺，善於炒作學運的中共可能已滲入臺灣，發動有組織的學潮，因此這場晚會被定位為反政府、為匪宣傳，"為迎接解放軍鋪路而工作"的陰謀活動。

　　到南京述職的臺灣省主席兼警備總司令陳誠返臺後，下令警總副司令彭孟緝清查主謀分子，準備抓人。四月五日，逮捕行動展開，臺灣師範學院新選出的學生自治會主席周慎源被誘出宿舍，但抗拒後並未被捕，他隨即返回宿舍集結學生準備頑抗。兩校學生聯絡後，準備第二天(四月六日)發動大規模示威遊行。

　　師範學院代理院長、日後當上國民黨政府副總統的謝東閔當天即接到陳誠發出的"特字第貳號代電"，指名周慎源、鄭鴻溪、莊輝彰、方啟明、趙制陽、朱商彜等六名學生首謀張貼標語，散發傳單，煽惑人心，擾亂秩序，妨害治安，搗毀公署，私擅拘禁執行公務之人員，"肆行不法，殊屬居心叵測";加上糾眾集議，"希圖實施擴大擾亂"，警備總司令部"基於維護社會安全，保障多數純潔青年學生學業"，應即予以拘逮。電文命令謝東閔立即將六名學生指交到案。

　　當天晚上，陳誠找了彭孟緝、謝東閔和接任校長才二個月的傅斯年在家中開會，宣布決定動用軍隊進入校園抓人，驅離學生。傅斯年大發雷霆，向彭孟緝力爭，如入校搜索查無證據，彭孟緝"需負起政治責任"，但兩人反對無效，國民黨軍警還是準備拿著臺大二十一人、師大七人的黑名單，大動作搜捕學生宿舍，企圖一網打盡。

　　謝東閔當下向陳誠表達辭職之意，再往師院宿舍要求學生交出特定人，可平息紛爭，但遭學生批判。謝東閔憤慨地說，我"今天還不如一條狗!"隨即率陪同人員離開。

　　傅斯年則堅持，彭孟緝驅離學生時不能流血，"若有學生流血，我要跟你拚命!"但彭孟緝未遵守約定，國民黨部隊於四月六日淩晨開始，持槍前往兩校抓人，沖突中，無論有罪無罪，呼喊著"團結就是力量"的學生，只要出面質疑即逮捕偵訊，前後逮捕兩百多名學生，除列名特定名單上的學生外，其它人三天後陸續被放回，校園中釀成恐怖氣氛。加上警總宣稱在臺大已發現為中共宣傳的無線電波，要求入臺大搜查，情勢一觸即發。

　　對國民黨當局不經法律程序進入臺大校園逮捕師生，傅斯年說，"要抓人先告訴我，真有罪，我交出人來"。軍方對外宣稱，逮捕學生經校方同意;傅斯年則登報聲明，駁斥軍方說法全非事實，臺大從未接到通知及同意軍方行為，警備司令部在臺大拘捕學生，全系警備司令部自行辦理。他並一度拒絕國民黨特務入校搜索。

　　多年後，學生證詞顯示，傅斯年不但要求承審法官盡速放人，盡可能透露訊息給可能遭牽連者，並和幾位熱心的教授努力奔走，籌組教職員聯誼會全力搶救、保護學生，讓不少被軍警羈押的學生轉到法院看守所。傅斯年也四處籌錢，主動幫學生交保，更公開要求國民黨勿縱之外別忘了"勿枉"。

　　因此相較於師院兩百多名住宿生被捕，超過四十人遭偵辦，臺大遭逮捕、牽累的學生較少，除黑名單學生外，十二名被捕者主要是"麥浪歌詠隊"成員。

　　學生在審訊後，有人被冠上妨害秩序，乃至於思想激進、偏激、左傾，甚至"匪諜"的帽子，更有人險遭提報槍決。謝東閔在四六事件中被外界質疑不夠保護學生，導致師院被迫停課、重組，所有學生一律重行登記，再定期復課;臺大則因有傅斯年保護，讓遭逮捕的學生保留學籍，多數受害學生能夠復學，回校繼續完成學業，傅斯年甚至安排他們打工，免於經濟問題。

　　四六事件中被囚禁一年半，後遭驅逐出境、返回大陸的臺大歷史系學生樊軍說，四六事件後，他決定離臺，不曉得該坐船偷渡，還用臺大學生名義買機票，結果沒上機就被攔了下來，傅斯年一邊罵他幼稚、天真，一邊叫他趕快躲起來。他一度躲在畜牧獸醫系牧場裏，一天早上想跑出去找傅斯年，被警衛隊看見了，這才被捕。

　　傅斯年事後直接找到蔣介石與陳誠，要求到此為止：沒有確鑿證據前不能再隨便逮捕臺大教職員與師生;未來如無新事件，絕不再行株連、拘捕學生;即使有證據，逮捕前也必須經過臺大校長批準，並立刻送法院審理。傅斯年的主張形成"逮捕搜索學生須經大學校長同意"的大學自治特權慣例。

　　四六事件雖告平息，但極權統治的氣氛發酵，加上國共緊張情勢推波助瀾，終於成為國民黨在臺"白色恐怖"統治濫觴。

　　首先是國民黨政府要求公教人員，包括大學教授，實施連保制度，避免受共產思想"汙染"。所謂連保也形同連坐，嚴重傷害教師自尊與人格，遭傅斯年拒絕。他強調，臺大師生"絕對思想純正"，有問題由他一人負全責，更基於公平，不能妥協承認無罪師生有罪，再度保全臺大成為唯一未實施連保制度的大學。

　　第二年，臺大舉辦(1950 年)新年舞會，由於凱等人籌組"海天歌詠隊"在晚會表演秧歌，又遭部分學生指為"共黨歌曲"，臺上臺下吵成一團，次日臺大出現"反共抗俄團"黑函，指稱匪諜混入校園。此事由傅斯年全力壓下，要求鬧事學生寫悔過書，承認亂發黑函，開除其中一人學籍。

　　但傅斯年過世後，國民黨政府逮捕於凱，指控他是匪諜，隨後槍決;並以涉嫌叛亂為由，陸續逮捕陳水木等四十幾名臺大及師院學生，許多四六事件受難學生為恐牽連，紛紛逃亡，陳水木與同案19名難友也於11月29日被槍決，三十多名學生被判15年以下不等刑期。監察院並且糾正臺大管理不當，以致上演與中共唱和的秧歌。一連串事件顯示臺灣步入白色恐怖時期。

　　傅斯年雖無力阻止國民黨為所欲為，在高壓統治環境下，仍在相當程度內保護學生，避免軍警勢力侵入校園大肆搜捕，為大學自主維持一定典範。有文獻指出，軍警機關日後在《歷年辦理匪案匯編》中，指控臺大法學院學生"從事反政府運動，平時活動至為激烈，幾已達公開為匪張目之程度，但該校對此毫無反應，且於治安機關逮捕匪諜學生時，竟招致該校當局不滿，甚至遭到強硬反對，似此不能協調配合，缺乏政治警覺與敵我觀念之態度，值得檢討"。

　　四十年後的1990年10月，國民黨政府閣揆郝柏村在打算進臺大逮捕街頭抗議學生未果後，批評臺大校長孫震未盡責任，孫震竟為此表達辭意，各界嘩然，鹹認為孫震失去大學校長應有風骨，更傷害知識分子應有的堅持與原則。

　　傅斯年反共立場眾所皆知，被毛澤東在"丟掉幻想、準備鬥爭"文章中批判，被歸類為"反動文人"。即使如此，仍有反對者攻訐他把臺大搞成"共產黨的溫床"。傅斯年則反擊，學校不是警察機關，如果知道某人真是親共分子，當然按法律辦，不過"我不是警察，也不兼辦特工"。

　　在捍衛大學中立與尊嚴上也不失大節，臺大行政大樓與農學院間的"民主墻"就在傅斯年任內設置，且越設越長，供學生自由抒發言論，從未幹預。