随着科学技术的发展，国际上出现许多新兴学科。1978年全国科学大会确定生物医学工程学为一门独立学科。他以极大热情担负起新学科的筹建工作。 黄家驷院长对新中国医学的现代化贡献是巨大的，因而受到党和国家的信任，得到了人民的爱戴。1951年10月他出席第一届全国政协第三次会议并作大会发言。同年11月1日受到毛主席、周总理、刘副主席和朱总司令的亲切接见。1955年3月19日加入中国共产党。他是一、二、三、四届全国人代会代表，第五、六届全国政协委员。 1958年以来，他担任中国医学科学院院长、名誉院长，中国科学院主席团成员、国家科委医学组副组长、卫生部医学科学委员会副主任、国务院学位委员会委员，国家发明评选委员会副主任和国家科委生物医学工程组组长。他还是中国科学技术协会副主席、中华医学会副会长、中华外科学会会长、中华医学教育学会副理事长、中科院学部委员、苏联和印度医学科学院院士和委员。 黄院长对医学出版事业的贡献很大。他是《中华医学杂志》英文版和《中国生物医学工程学报》的主编。《中国医学百科全书》、《中国科学》和《科学通报》的副主编。《中华大百科全书》和《中华外科杂志》的编委。1957年春卫生部委托他主持编写外科学教科书，当时国内还没有—本正式的自编教材。他经过周密筹划，组成6人编写小组，定出编写原则和提纲，分工合作，稿件集中后，他一丝不苟地每章每节进行修正，于第二年冬，先印成讲义在少数医学院试用，并分发各地外科教研室征求意见，在定稿前，他仍细心通读，这本全国医学、卫生，儿科、口腔专业的外科学教材于1961年春出版。这是我国较早的一本外科学专著，对训练青年外科医师发挥了积极作用。1983年至1984年，他还组织编写了《外科学》的第四版——《黄家驷外科学》^[2] 。在他的晚年虽退居二线，仍精神饱满地专注于事业，争分夺秒地笔耕。1984年，他不顾病后体弱，埋头工作。他主编《外科学》要大量充实内容，再版将成为大型外科参考书。他日以继夜查阅文献，先写成《胸部损伤》一章作为蓝本，赶在5月份全国政协会议期间召开《外科学》编委会讨论第四版的编写计划。5月13日他出席了全国政协会议，5月14日主持生物医学工程学会理事会，在赴会途中因心脏病复发与世长辞，终年78岁。

黄家驷院长逝世后，《外科学》编委会开会，决定由吴阶平、裘法祖两教授继续他的主编工作。为纪念他对发展外科学的卓越贡献，编委们一致决定此书定名为《黄家驷外科学》。中华医学会追授予他 “胸心血管外科科学进步贡献奖”以表彰他一生致力于医学教育事业，发展我国胸心血管外科的突出贡献