朱执信手迹孙中山领导的护法运动失败，孙辞去大元帅职。朱执信随其离开广州到上海，协助办理海外侨胞捐款事宜，并担任与福军及陈炯明军的联络，准备驱逐窃据广州的桂系军阀。“五·四”运动期间，协助孙中山撰写《建国方略》，发表《革命党应该如何》等文，热情歌颂俄国十月革命的胜利;同时，奉命在上海创办《民国日报》副刊《星期评论》和《建设》杂志，担任编辑撰述工作。

　　1920年夏，孙中山决心驱逐桂系军阀，“统一南方”。为此，朱执信于6月下旬再次被派赴漳洲，敦促驻扎该地的粤军西进讨桂。旋又不避艰险前往广州，联络国民党旧部和民军响应讨伐桂系军阀的行动。1920年8月间，朱执信受孙中山派遣，参与“粤军回粤”之役，对付占据广东的桂系军阀。8月下旬，粤军攻抵东江一带，桂系军阀莫荣新将其主力全部调至前线增援。粤军由于连续作战，十分疲劳，加上兵力还不及桂军，“忽遇强敌，全线为之一阻”。于是双方在东江流域的惠阳、河源、龙门一线呈胶着状态，谁胜谁负，难见分晓。这时，朱执信旧部、虎门要塞的肇军表示愿意脱离桂军，要求他到虎门主持一切。为使粤军摆脱困境，朱执信冒险进入虎门。在他的策动和民军纷起的压力下，虎门要塞司令丘渭南宣布独立。9月21日，朱执信到虎门调停驻军与东莞民军冲突时被桂系军阀杀害。朱执信牺牲的消息传来，孙中山悲痛地说：“执信是革命的圣人”。“执信忽然殉折，使我如失左右手”。1920年12月15日，朱执信烈士灵柩由宝璧兵舰运回广州。1921年1月16日葬于广州东郊东沙马路驷马岗(即今先烈路)，孙中山亲自步行执绋，他的墓建于一九二二年。一九三六年，因墓地有白蚁，将遗骸迁到墓南的执信中学，原墓则为衣冠冢。军政府公祭大会，孙中山与唐绍仪、伍廷芳、唐继尧联名致祭文，并亲自出席追悼大会。大会决定建立执信学校以为纪念，孙出席执信学校(今广州执信中学)成立会，亲临致词。

　　朱执信生平著述甚多，以蛰伸、县解、去非、前进等笔名撰写大量政论文章，载诸国外者有仰光、雪梨、新加坡各埠报刊，国内则见之于《民报》、《民国杂志》、《上海晨报》、《星期评论》、《闽星杂志》、《建设》杂志。遗著编有《朱执信集》。朱执信纪念碑在虎门镇海军医院内(现执信公园),民国十二年(1923年)年立，碑高7.2米，碑座边宽2.6米，用光面花岗石砌成。碑上有胡汉民于民国二十年手书的碑名和民国二十一年撰书的碑文。文化大革命时被造反派填塞碑铭，1986年修缮复原。