1957年2月，在时任国家农垦部部长王震的要求下，尹保仁从兰州军区工兵处主任的位置转业到地方农垦战线，先后任黑龙江省铁道兵农垦局汤原农场场长、湖南益阳大通湖农场场长、湖南省农垦局副局长。在十年动乱中，尹保仁对党和共产主义的信念始终坚贞不渝。下放蹲点时，他自觉地投入到基层建设当中，无怨无悔，保持着永不褪色的南泥湾精神。

　　1980年，尹保仁响应党中央的号召，退出第一线的领导岗位，担任湖南省农业厅顾问。1982年12月，经湖南省委批准，尹保仁离职休养。离休后的尹保仁时刻想念他的战友，想念他的工兵团，想念王震和其他首长，想念新疆的山山水水和各族人民，萌发了再回新疆部队干几年的念头。

　　1983年8月底，尹保仁在小儿子尹小又的陪同下去了一趟北京，他想直接向老首长王震汇报自己的想法。由于工作繁忙，王震直到9月8日才挤出时间叫尹保仁到家里来。尹保仁直截了当地对王震说:“我想去新疆王政委（王恩茂）那里再干几年。”王震听后很惊讶，极力劝阻，对他说：“你这么大年纪了，也离休了，再去那里干什么？别人想回内地都困难，你还往那里跑。”尹保仁很坚定地说道：“我要去新疆就不回来了，只想干点事。”王震与他理论许久，见他还是执意要去，便答应了他的请求。最后，王震很严肃地对尹保仁说：“你儿子今天也在这里，这可是你自己要去的，将来想回湖南，可别找我。”尹保仁很干脆地回答：“不找你！”

　　1984年，尹保仁回到了阔别多年的新疆。经组织批准，尹保仁被任命为新疆建设兵团副参谋长。尹保仁终于又可以从事他喜爱的屯垦戍边的伟大事业，再次感受新疆这块他曾经留恋的热土地。尹保仁不顾年迈，在建设兵团经常深入群众，与兵团职工们同吃同住同劳动，主动为他们排忧解难，受到群众的尊敬和爱戴，大家都亲切地称他老尹。1986年4月25日，尹保仁不幸病逝于乌鲁木齐，终年71岁。王震得知老部下尹保仁去世后，十分悲痛。他高度评价尹保仁，说他是从战争烈火中锻炼出来的革命老战士，打仗一贯勇敢，不怕死，他打的很多硬仗，大多有胜无败。时任新疆维吾尔自治区区委书记的王恩茂亲自主持了尹保仁的追悼会，给予他高度的评价。