居正是西山会议派的骨干分子，反共清共是其一贯主张。1924年1月，国民党在广州召开第一次全国代表大会，居正被选为中央执行委员，并由第一次全体中央会议推为常务委员。但居正却逆孙中山之意，坚辞不就。原来虽积极配合廖仲恺等人主持的国民党改组工作，却坚决反对孙中山提出的“联俄、联共、扶助农工”的三大政策。认为共产党员以个人身份加入国民党，渗透在国民党中，是要篡夺革命领导权。居正自忖留在广州，已无多大作为，乃请命赴哈尔滨，发展东北地区的革命力量。但中间发生误会，赴哈之行告吹。居正甚感遗憾，乃离开广州，隐居在上海附近的宝山县扬行乡，以养蜂自娱，拒见一切访客，也拒不出席国民党第一届第二次全体中央委员会议。 孙中山逝世后，居正兼程至北京，在灵前致哀痛之诚。居正顺便参加了北京的国民党中央委员举行的第三次全体会议，但因意见不合，中途退出，随宋庆龄南下上海。其时，留在北京办理孙中山丧事的右派中央委员邹鲁、林森、谢持等计划召开第四次中央委员会议，遂电邀居正出席。当时上海方面也分为两派：许崇智力劝居正参加，而张静江则不赞成，甚至对居正说：“如你北行，我即前往广东，与你作对!”居正也不示弱，气愤地说：“我本无成见，但是你老要作对，我定去北京!”恰在这时，邓家彦自北京函居正：“西山会议，内容复杂，可不必来。”至此，遂决定回扬行闲居，暂时避开纠纷。但许崇智却力促居正北上，并代购船票，代定舱位，居正不好驳许的面子，只好乘船北上。

　　西山会议派内部意见相左，各派相持不下，甚至发生了戴季陶被殴事件。居正抵京后协调各方，促使会议按预定的程序继续进行。11月23日西山会议派召开了第一次会议。这次会议通过了3个重大决议案：开除国民党内共产党员的党籍;解除俄国顾问鲍罗廷的职务;弹劾汪精卫。在这次会议中居正被派为上海执行部委员。1926年月西山会议派在上海成立中央党部，与广东的中央党部相对抗，居正为中央常务委员之一。以汪精卫为首的广东中央党部即召开国民党第二次全国代表大会，以出席西山会议的中央委员不足法定人数，全部予以否认，对参加西山会议的中央委员，一律予以党纪处分。居正既出席西山会议，又被推为常务委员与上海执行部委员，且为上海中央党部的主要负责人之一，当然受到严厉的处分。 1931年11月12日，即孙中山诞辰日，国民党在南京举行第四次全国代表大会。居正以第一届中央委员的资格，出席会议，并被选为第四届中央执行委员，在随后的全体中央委员会议上，居正被推为常务委员，并被选为司法院副院长。司法院院长伍朝枢辞不就职，居正乃代理其职务，仍兼任最高法院院长，“一.二八”事件后，国民党于3月初在洛阳举行四届第二次全体中央委员会议，决定准许伍朝枢辞职，由居正继任。自此居正一直担任司法院长，前后近17年之久。反共清共，是居正一贯最坚决的主张。在国共10年内战和抗战期间，居正是蒋介石反共清共政策的坚决执行者。