朱元鼎毕生最大的宿愿是要完成中国鱼类志书。他晚年主要精力集中在分区域的鱼类志书的著述，为最终完成《中国鱼类志》宏图铺奠了主要基石。

    年逾花甲的朱元鼎旨在总结自世界著名分类学家C．林奈（Linnaeus）1758年以来的繁多而分散的中国软骨鱼类资料，并根据过去近十年中多次从中国沿海所采集的大量软骨鱼类标本，进行分析研究的成果，在1960年出版《中国软骨鱼类志》。这一关于我国软骨鱼类比较全面和完整的专著，记载了中国沿海所产软骨鱼类126种（其中发现7新种），分隶于60属，28科。对每一种鱼类详述其形态特征、分布、习性、采集地、异名等。这本书是国内外鱼类学界研究中国软骨鱼类资源、区系、分布的不可缺少的重要参考书。1964年，他与王幼槐合作又共同发表了《论中国软骨鱼类的地理分布和区系特征》等论文。

    朱元鼎和中国科学院动物研究所、中国科学院海洋研究所的鱼类学家自1954年起共同对南海鱼类区系进行了5年的调查、采集，历经8年的辛勤研究、整理编写，于1962年出版《南海鱼类志》。朱在该志中承担板鳃亚纲的撰写。《南海鱼类志》是中国现代海洋鱼类区系调查专著，共记述采自广东、海南岛及西沙群岛的鱼类860种，分隶于26目、164科、434属，按分类系统记载了这些鱼类的形态特征、地理分布和经济价值。书中反映出南海鱼类区系的特点是大多数种类属热带和亚热带，在种类组成上与印、澳海区的区系有着很多相同的地方。另一特点是主要经济鱼类的种类繁多，生长季节长，因而鱼类资源蕴藏量丰富。对中国海洋鱼类区系研究提供了前所未有的丰富资料，也为我国南海渔业区与群岛渔业区的海洋鱼类资源的开发利用提供了科学依据。

    1960年，朱元鼎组织国内主要鱼类学专家对东海沿岸及各岛屿鱼类区系进行调查研究，根据所采集鱼类标本编写成志，并亲自审稿、定稿，由朱元鼎、张春霖、成庆泰主编的《东海鱼类志》于1963年问世。该志共记述东海海区鱼类442种（其中发现7新种），分隶于29目、152科，300属，按分类系统记载了这442种鱼类的形态特征和地理分布，各分类阶元均有总的描述和检索表，每一种类附采集地、标本量度、异名等。阐明东海鱼类区系的特点，因受强烈暖流影响，大多数鱼类为热带和亚热带种类，又因沿岸寒流的关系，亦有少数寒带种类。为我国东海渔业区海洋鱼类资源的开发利用提供了基础资料。

    1984—1985年，90高龄的朱元鼎主编出版《福建鱼类志》上、下卷，这是他晚年最后主持编著的一部200余万字的鱼类志书巨著。福建省位于东南沿海、台湾海峡西侧，鱼类资源十分丰富，国内外学者对这一地区鱼类的研究已有百年历史，也曾发表过一些零星报告，但缺乏完整、系统的区系研究资料，有些地方还是空白。为了加速发展福建渔业生产，合理开发、利用和保护鱼类资源提供完整的、系统的基础资料和科学依据，福建省科学技术委员会于1975年下达了“福建鱼类资源调查”的科研任务。年届80高龄的朱元鼎亲临厦门，主持召开了协作会议，组织省内有关专家进行广泛的调查研究，用5年时间完成了对福建各江河、湖泊、水库、沿海渔场的区系调查，采集鱼类标本25000余号，然后又历时3载余，进行室内标本整理、鉴定，主持编写成《福建鱼类志》上、下卷。该志研究范围包括海、淡水鱼类共815种，几占全国目前已发现鱼类总数的1／3弱，先后发现了9新种，国内新记录12种。特别是采用了最新的鱼类分类系，它是结合近年来国内、外鱼类分类系统的研究成果加以修改补充的，使其水平大为提高，这在国内尚属首次。台湾海峡南北鱼类交汇，种类繁多，以往没有对这一海区进行过系统的调查研究，该志填补了这一海区（台湾滩、台湾浅滩）鱼类区系分布的空白，在学术上具较高价值。

    该志并具重要的实用价值，对已出版的同类志书中鉴定错了的种类作了纠正，对各种鱼的异名均作记述，为后人查阅资料文献及澄清分类学上的疑难问题提供科学依据。每种鱼尤其是经济种类均概括地描述其形态特征、地理分布、生态习性、经济意义及渔业利用等，已不同于以前已出版的国内外同类成果仅作单纯的分类形态描述。

    《福建鱼类志》是一部很好的学术性和应用性相结合的科学专著，代表我国目前鱼类志的先进水平，达到国际鱼类分类水平。曾作为福建科学技术出版社1985年在香港举办的中国书展的参展书籍，引起国内外同行的重视和好评，获第四届全国优秀科技图书二等奖。

    在60年代中、后期，朱元鼎曾先后与专家或助手合作，相继发表许多同类论文和著作，如《中国鰕虎鱼类动物地理学的初步研究》、《中国杜父鱼类的地理分布和区系特征》、《中国鲀形目鱼类的地理分布和区系特征》和《南海诸岛海域鱼类志》等等。反映了朱元鼎晚年为实现著述中国鱼类志的宏图，集中主要精力，加倍工作，科研成果累累。为编著《中国鱼类志》这一巨大繁复的“工程”，铺垫了广泛的、坚实的基础。