1930年,钟观光随谭熙鸿离开浙江大学赴南京中央研究院自然历史博物馆任研究教授和中国科学名词审订委员,进行植物名称之审订。同年秋天,钟观光又应北平研究院植物学研究所所长刘慎谔的邀请到该所任专任研究员。
钟观光虽已年逾花甲,但老骥伏枥,志在千里,他仍抓紧一切时间和机会,以滴水穿石之精神,一点一滴地收集文献资料,把《诗经》、《易经》、《齐民要术》、《梦溪笔谈》、《植物名实图考》等古籍中的植物,按国外植物学原著以农艺、园林、林木、蚕桑、医药分类的方法,进行分种、分属检索,还对文献引证、地理分布和生态环境等逐一地考证、修改、补充和注释,整理分辑成册,写出《近代毛诗植物解》、《山海经植物》、《北山画谱序》、《物贡纪要》、《有关植物古籍释例、注解书目》、《名实图考校录》等52卷约150多万字的毛笔手稿,它们凝聚了钟观光的毕生心血。他还对《毛诗》、《尔雅》、《离骚》中所记载的146个科的高等植物和低等植物进行了详细的考证,写出了《植物中名考证》一书的手稿,总计14卷(册)2700多页,供植物学家们研究、参考和借鉴。
此外,钟观光还将李时珍所著的《本草纲目》用科学的方法加以整理。在他所写的两卷《说文植物类证》中,对《本草纲目》中54个科、199个种的植物做了修改和考证,得到北平研究院院长李煜瀛的高度赞扬。当时北平研究院生理研究所所长经利彬经常向钟观光请教,他总是把自己收集的资料和宝贵经验毫无保留地进行交流。由于他在药物学方面也有较深的造诣,同仁堂药店也经常将他请去,共同研究、实验国药的性效,在经利彬等人的陪同下,钟观光曾赴全国著名的药市——祁州(今河北的安国)进行生药考察。
钟观光经过多年的考察,认为中国虽然有许多有经济价值的林木,但也不能盲目砍伐和开垦,必须注意保护植被,正确地加以开采。1936年,年近古稀的钟观光赴湖南山区考察经济林木,并从植物和环境的关系,林种结构和布局等方面写出了综合性论文《湖南林木调查报告》。
钟观光多年致力于编辑《本草疏证》的巨著,晚年更是倾注他全部心血于该书的编写。美国的一个植物研究机构决定用巨款购买此书的版权,但被他断然拒绝。然而这部花费了他毕生精力和心血的巨著手稿和资料,却在日军侵略北平时被国民党军队当作稻草垫在碉堡里所剩无几。“七七事变”前两天钟观光因年事已高被迫离开北平返回故乡。为了弥补这一令他心碎的损失,钟观光重新凭着记忆及提纲简稿继续奋笔疾书,历经两年,正当初稿完成待校稿时,又逢杭州失守,宁波岌岌可危,这位德高望重,满怀爱国热情,立志以探索科学为终生事业的老人,于1940年9月30日在忧愤中去世。噩耗传出,国民政府教育部长陈立夫和朱家骅等专函慰问,其生前知交和门生弟子也集会、撰文悼颂。
钟观光于新旧学问均有研究,系植物界继往开来之人,北平研究院植物研究所所长刘慎谔和郝景盛等人曾称他为“旧时代最后一人,新时代最初一人”。
钟观光一生廉洁,只有奉献不知营求,撙节所余兴办教育。他没有进过高等学堂,也没有留洋深造,但他为了振兴中华,刻苦学习,自学成才。他治学严谨,多年来不避艰辛危险,从事植物学采集、考察和研究,积累了丰富的知识和经验。但他总是谦虚谨慎,认真钻研,对新发现的植物总要反复查证,由于历史的客观条件和资料所限,他一生中所写的文章很多,但正式发表的文章相对于他所做的工作来说并不多。
钟观光为发展我国的科学教育事业和研究植物学而奋力拚搏了一生,对我国近代植物学的开拓和发展作出了重要的贡献。钟观光的一生是光辉的一生,他在植物学调查研究方面所做的大量坚实的工作,他的严谨学风,强烈的民族气节,将永远激励后来人,为祖国的繁荣昌盛和攀登科学事业的高峰而努力奋斗。