南京主教
1936年7月17日，于斌被教皇庇护十二世任命为当时首都所在的南京代牧区主教，领衔Sozusa in Palaestina城主教;1936年9月20日，在北京西什库救世主堂接受了教廷驻华全权代表玛利奥·蔡宁总主教的祝圣。当时民国政府特令津浦铁路增添一辆“花车”以欢迎他莅临南京。
1937年，抗战爆发，于斌随政府西迁重庆， 担任国民参政会议员，主持难民教济工作，又发起百辆救护车运动。抗战期间，他曾前后八次前往欧美国家，到处发表演说，争取国际上的同情和援助。曾三次面见美国总统罗斯福;中国得到的第一批美援就是于斌的功劳。蒋百里钦佩其为外交奇才，向蒋介石推荐。从此于斌与蒋家父子的关系一直非常密切。1938年被国民政府聘为国民参政会参政员。由于于斌经常忙于各种政治活动，也被媒体称为“政治主教”。
1943年，于斌赴美国，在华盛顿创办中美文化协会，促进美国人对中国的了解。特别重要的是，于斌在华盛顿积极活动，最终促成美国政府修改移民法。1944年以前，华侨在美国不能享有永久居留权，不能购置不动产，男子到美不能带妻子，因为怕有中国孩子生在美国而成为美国公民。于斌发动不少美国友好人士作证，批评这种歧视性做法不仅伤害了中国人(等于供给日本五百架轰炸机)，也深深损害了美国的声誉，必须立即修改。于斌争取到了一些国会议员及众议院议长的支持，1943年修改了移民法，每年准许105名中国人移民到美国，并取得永久居留权。自此以后，美移民法即逐渐有利于中国人。1945年9月，抗战结束，于斌也得以返回自己的教区——南京。
1946年4月11日，教廷宣布在中国建立天主教正常体制──圣统制，于斌升为南京总主教，成为仅有的3个华人总主教(田耕莘、于斌、周济世)之一，当时，于斌还致力于在天津、北平、南京、上海、西安、重庆6个城市设立《益世报》网，并筹组天主教广播电台。次年又在南京创办鸣远新闻专科学校(纪念雷鸣远神父)。1948年，于斌当选为制宪国民大会主席。
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