1945年，内战迫在眉睫。美国总统杜鲁门派遣马歇尔为特使，到中国调处国共纠纷，企图化干戈为玉帛。由于复杂的原因，调停失败。这时，马歇尔却提名司徒雷登担任美国驻华大使。马歇尔觉得自己已经无能为力、无事可做了，换一个人，也许会出现转机。而司徒雷登对中国和中国作风知之广泛，中国各阶层人士都能接受他，国共双方都有他的学生担任着重要职务，所以他虽然是个外交“生手”，还是被杜鲁门任命为美国驻华大使。 　　 1947年7月，司徒雷登在南京履职。司徒雷登以促成中国的和平为己任，痴迷于组建中国的联合政府，他曾这样写道：“我之参与若存一线希望，促使国民党人与共产党人组成联合政府及统一的军队以结束此场耗竭民力、自相残杀之内战，我即不惜代价，全力以赴。”可惜他生不逢时，蒋介石领导下的国民政府不听他的，美国政府也偏袒国民政府，他作为大使，又不得不服从美国政府的决策——他的一切努力都失败了，内战全面爆发。司徒雷登痛责自己失职，写道：“我辜负了中国人民对我的信任。我未能说服任何一方为达成协-议而作出让步。”到1948年，国民党军队节节败退，1949年4月，人民解放军攻占南京。当时的苏联驻华大使都随国民政府迁到广州去了，司徒雷登仍留在南京观变。显然，他是想和中共保持接触。他表示中国问题不只是一个对华政策问题，而且也是关系到世界和平的问题，希望解决好中美关系，这对世界和平是一大贡献。 　　毛泽东还转托时任燕京大学校长的陆志韦写信给司徒雷登，表示他可以个人身份到北平参加燕大校庆。周恩来则通过黄华表示，欢迎司徒雷登回燕京大学一行，并表示可能一晤。获此消息，司徒雷登很是兴奋。但是，在他就北平之行向美国国务院请示时，却遭到拒绝，并要求他立即返美。这样，司徒雷登在解放了的南京“坐着不动”100多天后，不得不离开。国民党政府还希望他先到广州，再回美国，认为这将是对国民党政府精神上的支持。司徒雷登没有这样做，乘飞机从南京直飞冲绳，并在那里发表声明，赞成中共领导的中国政府，但美国国务院未让这个声明在美国发表，还电告他不得再作声明。 　　司徒雷登就这样黯然离别生活了45年的中国，从此再也没有踏上中国的土地。