1918年7月陆军部决定改革军校教育制度,允许从普通四年制中学的毕业生中招收学生。王奇峰闻讯后,同徐梁等一批东北籍具备中学学历的士兵前往保定报考,于10月先入北洋陆军第2师(师长王占元)骑兵团接受为期九个月的入伍生养成教育。1919年6月,王奇峰和徐梁入伍期满,正式进入保定军校,被编在骑兵队学习。当时的校长是杨祖德、教育长是刘汝贤、骑兵队队长是安俊才。同年8月8日,军校第八期正式开学。由于第八期正值陆军部改革军校教育,所以王奇峰虽然被编在骑兵队,但在学习军事教程时都与其他科的同学一起学习。在此期间,王奇峰深受骑兵战术教官何柱国的影响,这为今后长期与何氏共事打下了基础。
1919年12月校长杨祖德病逝后,继任的校长贾德耀大肆更换军校教职员,并将各科混编学习的模式予以推翻,王奇峰所在的骑兵队只得改为专科教育。1920年7月的直皖战争以皖系战败而告终。在这次战争中战败的第15师竟在保定驻防时将军校洗劫一空,事后为掩饰罪行又纵火焚烧军校,迫使保定军校宣布停课。这一消息使王奇峰等人终日在大街上游荡,时间一长,连日常开销也成了问题。最后,停课的学生们组成“复校同学会”奔走呼吁复校,工兵队的学生张煦光还身着军校学生服在北京街头拉人力车招揽坐客以此谋生。如此种种,陆军部终于在舆论的压力下宣布在1921年10月复校,并任命张鸿绪为新任校长,使那些停课达一年之久的学生重新进入了学堂。然而好景不长,随着1922年4月第一次直奉战争的爆发,为避战乱秧及,军校再次被迫下令放假,一直到奉军战败退回关外才宣布复课。王奇峰就是在这样一种复杂的情况下,艰难的读完了军校的所有课程。在同队同学中,张文铸、徐梁、郗恩绥、俞之喆、谌本源、古鼎华、石彦懋、张东凯、吉文蔚、韩洞等人日后成为了军队中的高级将领。