1957年，党中央根据毛泽东同志提出的“百花齐放、百家争鸣”的方针，公开号召党外人士帮助党整风。曾昭抡作为民盟中央常委和其科学规划组的召集人，积极响应了这一号召。

    为了解决当时科研工作中存在的一些问题，曾昭抡和千家驹、华罗庚、童第周、钱伟长等经过调查和座谈，向国务院科学规划委员会写了一份《对于有关我国科学体制问题的几点意见》的报告，就关于保护科学家，关于科学院、高等院校和业务部门的研究机关之间的分工协作，关于社会科学，关于科学研究的领导和关于培养新生力量等五个方面的问题，提出了许多宝贵的建设性意见。《光明日报》在1957年6月9日发表了这份报告，并加了“互相监督，开拓新路”的短评，予以推荐和称赞。

    这个报告指出了当时在我国科技体制和知识分子政策方面存在的问题，而且提出了一些办法和建议。例如，针对一些科学家脱离科学的偏向，提出要协助他们妥善解决时间、助手、设备、经费以及合理安排使用等问题；针对科学院、高等学校和工业部门之间存在本位主义，提出了合理使用人力和协调彼此关系的建议；针对在升学、升级、选拔研究生和留学生时片面强调政治条件的倾向，提出了今后应当业务与政治并重、人民内部在培养机会上应一视同仁等建议。

    曾昭抡主持起草的这份报告，与后来我国制订的《科研工作十四条》、《高教工作六十条》等科学、教育方针政策的基本精神是一致的，可见他们是有远见卓识之士。然而这些宝贵意见在当时不仅没有被采纳，反而被视为“反党反社会主义的科学纲领”，在全国范围内受到了批判。

    为了帮助党整风，当时民盟中央副主席章伯钧、史良召集民盟中一些知名学者、教授开了一次汇报会，参加会议的曾昭抡、费孝通、钱伟长、黄药眠、陶大镛、吴景超等，在会上谈了一下大鸣、大放开始后个人所接触到的情况以及对形势的一些看法。这六位教授很快就被划为大右派，成为重点批判和讨伐的对象。这就是当时闻名全国的“六教授。”

    曾昭抡从进步教授到领导干部，忽然间又成了大右派，许多人都感到惶惑不解。在批判曾昭抡的会上，拿不出令人信服的材料，有人便特意去找他的学生唐敖庆，让唐揭发他的问题。唐敖庆说：“我不能揭发我的恩师，因为我不知道他有什么罪行。”当让唐敖庆写揭发曾昭抡的书面材料时，唐敖庆实在无奈，只好写了一份他从1936年入北京大学化学系至1950年留学回国这一段时间与曾昭抡接触的历史。他写了与曾昭抡参加步行团、由长沙到昆明的情景；曾昭抡在西南联大认真讲课、反对国民党、支持共产党、积极搞民主运动而深受学生敬佩的情况，以及曾昭抢教授带他们到美国去留学的情况。这哪里是揭发材料，简直是回顾师生之情的赞歌，它也充分体现出唐敖庆这位正直无私的科学家坚持真理的可贵精神。

    曾昭抡工作勤奋、待人和气，虽身居领导岗位，但毫无官架子。在教育部工作时和他接触过的一些人，包括他的秘书、警卫员和勤杂工都对他十分尊重，并为他被划为右派和撤销副部长职务而感到十分惋惜。