1911年，吴石与少年好友吴仲禧一道参加福建北伐学生军，参加辛亥革命。他在武昌预备军官学校和保定军官学校前后受业4年，与白崇禧为同期同学，后至日本深造，学习军事。学成回国任国民党陆军大学教官，其政治背景属于国民党“桂系”。 1940年初，吴石重见相隔20余年的老友吴仲禧，当时吴仲禧在韶关任国民党第四战区长官部军务处处长和韶关警备司令。吴仲禧已于1937年卢沟桥事变前夕秘密加入中国共产党。在抗战的几年里，吴石经常流露出一种愤懑、失望的情绪。一方面，他想在抗日战争中扎扎实实地做一些事情，渴望自己在军事上能学有所用、用有所成；另一方面，他又逐渐看透了国民党内部的腐败，官场的勾心斗角，意识到自己无论怎样努力都无法改变这个局面。吴仲禧回忆说：“吴石对共产党人是有好感的。他读过毛泽东的《论持久战》等军事著作，在武汉珞珈山听过周恩来的演讲，还同叶剑英等人有过交往。” 1948年6月，淮海战役前夕，吴仲禧改任国防部中将部员，被派往“徐州剿匪总指挥部”服务。吴仲禧到南京后见到吴石，吴石亲笔写了一封信给他的学生、“徐州剿总”参谋长李树正，说吴仲禧是他多年的挚友，请李多加关照，给予方便。李见了吴石的信，对吴仲禧格外客气，亲自带他到总部的机要室看作战地图。吴仲禧暗中把主要部署记录下来。为把情报尽快送出，他托病回南京就医，赶到上海把上述情报向上海地下党组织负责人潘汉年作了报告。 1948年9月至1949年1月，中国人民解放军挥师逼近南京。稍前，国民党国防部尚保存有500箱重要军事机要档案资料，国防部长白崇禧、参谋总长陈诚主张直运台湾，而吴石则以福州“进则返京容易，退则转台便捷”为理由，建议暂移福州。国民党当局采纳了他的意见。吴石之所以要将这批机要档案转移到福州，原来他得悉将出任福州绥靖公署副主任。他打算一旦时机成熟就在福州起义，将这批军事机要档案献给中国人民解放军。 5月，台湾的国民党当局又电促速将档案运台。吴石则以“军运紧，调船难”为借口，仅以百余箱参考资料、军事图书权充绝密档案，列为第一批，派人先运台湾。紧接着的一天，吴石又下达“死命令”，当晚将档案全部转移到位于仓前山的福建省研究院书库匿藏，并向研究院院长黄觉民(黄是吴的挚友、民主人士)作好交代。 1949年7月，吴石由福州经广州辗转到香港找到吴仲禧，吴石说他已被调任国民党“国防部参谋次长”，要到台湾去，吴石坚定地表示，自己的决心已经下得太晚了，为人民做的事太少，现在既然还有机会，个人风险算不了什么。 8月14日，吴石接蒋介石急电令共即日赴台。15日上午，他密召亲信参谋王强到公馆，作了简要而严肃的面示：“我奉命明天即飞台北，这里的事情就交给你了，你要尽到军人天职，‘人在档案在’。下一步怎么办，想必你自己懂得。为万无一失，可征求黄院长和刘通先生(原国民党立法院立法委员)意见而行。”次日凌晨吴即携眷飞台。两天后福州解放。王强即在黄、刘两位前辈认可下，将298箱保存无损的国民党军事绝密档案呈献给了解放军。