1982年唐敖庆当选为中国化学会第二十一届理事会理事长后，非常重视学会工作，主张化学会要继承和发扬化学界老前辈、老理事长的优良传统，团结全国化学界，为发展祖国的化学事业而共同奋斗。他自己身体力行，为维护学术界的团结，树立优良的学风和会风，为提高我国化学学术水平做出了积极贡献;他在中国化学会领导体制方面也做了一些改革，与其他三位理事长卢嘉锡、严东生、钱人元教授联合倡议，设立执行理事长制度，每人担任一年，促进了学会的民主和团结。

    1986年初，作为国家科技体制改革的重要决策之一，国务院决定成立国家自然科学基金委员会，唐敖庆被任命为基金委第一任主任。在较短的时间内，他悉心组建领导班子，配备得力干部;根据中央方针、政策，多方面进行调查研究，广泛征求意见，制定了一系列规章制度;提出了“依靠专家，发扬民主，择优支持，公正合理”的评审原则，成功地指导了国家自然科学基金委员会资助项目评审工作的顺利进行，得到科技界的广泛支持。在他主持下，国家自然科学基金委员会发挥科学家的集体智慧，使国家科学基金的资助工作形成了既有自由申请又有主动组织，既有全面安排又有纵深部署，对支持我国基础研究和应用基础研究，发挥着十分重要的作用。唐敖庆为创建具有我国特色的科学基金制度做出了重要贡献。

    1979年，高教部委托吉林大学主办《高等学校化学学报》，经过筹备于1980年开始正式出版，并从1984年开始同时出版英文版。《高等学校化学学报》由杨石先任主编，唐敖庆任副主编，1985年杨石先逝世后，一直由唐敖庆任主编。在领导工作中，唐敖庆依靠编委会的集体智慧，倡导以国内外著名科技期刊为榜样，坚持严格的审稿制度和严肃的编辑作风，在来稿量不断增加的情况下，他提出了“量入为出”的选稿原则，从严筛选稿件，保证了刊物的质量。《高等学校化学学报》所登论文，多被美国化学文摘《CA》和苏联文摘杂志《Pж》所摘录。据美国《化学文摘资料来源索引》1989年第4期公布的，该编纂年度(1988年7月至1989年6月)《CA》摘引量最大的世界1000种期刊，《高等学校化学学报》排在第244位，在其摘引的33种中国期刊中名列第1位，已成为中国化学学科的核心期刊之一。

    唐敖庆一直将周恩来总理关于“活到老，学习到老，工作到老，改造到老”的教导作为自己的座右铭，他现在仍然“壮心系科学，孜孜为国昌”，在国家自然科学基金委员会的繁重行政工作之余，每年还回到吉林大学讲课，指导博士研究生;经常应邀到兄弟院校做学术报告;精力充沛地继续率领吉林大学理论化学研究所和化学系理论化学研究集体向新的科学领域开拓前进。正如1990年4月他对来访的记者所说的那样：“我们老一代学者，要花大力量培养青年一代，我之所以担任行政工作以来，没有放弃教学和科研工作，就是因为我觉得培养青年人才是关系到我们国家未来的大事。为了中国科学的未来，为了祖国的昌盛，我愿意耗尽自己的余生。”