由于中国科学院为五院、二机部、各军兵种提供服务日益增多，中国科学院与国防军工的关系日益密切，继中国科学院新技术局进入“0”字口和“04单位”各研究所实行中国科学院与国防科委共同领导，中国科学院新技术局国防科研计划实行由国防科委统一审查之后，于1964年12月24日，国家计委、国防科委、国防工办、财政部联合发出通知：同意从1965年1月起将中国科学院新技术局的全部科学事业费，由财政部直接拨给国防工业口统一安排管理。至此，中国科学院新技术局，从计划体制上、经费上、器材供应关系上，完全进入了国防工业序列。

 　　这件事可是了不起的，以前新技术局口各所所需经费，由新技术局汇总后报给院计划局，由计划局归口上报国家计委。由于科学院属文教口，计委文教司经费少，要充分支持科学院国防科研的需要有很大难处。新技术局列入国防工业口之后，为有关研究所完成所承担的任务创造了更优异的条件。

 　　在新技术局内，谷羽逐步组建了研究计划处、工厂处、成果处、材料处、设备处、财务处、基建处、设计室、器材供应站、情报室、办公室、综合处，还在各大区设立了“04单位”办事处，逐渐形成了一个比较完整的体系，与当时中国科学院主管非国防的计划局系统，形成了“两条龙”的局面。

 　　为了提高新技术局的组织管理水平，谷羽狠抓了组织管理制度的建设。1963年，谷羽主持制定了《中国科学院关于国防科研成果管理暂行办法（草案）》，加强成果管理。对学术性成果和技术性成果给出了严格的定义，规定学术性成果采取学术评议的方式进行鉴定；技术性成果采取技术鉴定的方式。成果鉴定的审批采取分级负责的办法，分为研究室鉴定、所级鉴定、新技术局组织的院级鉴定、国家科委或国防科委组织的国家级鉴定。此外还规定了成果密级的划分，以及建立成果卡片、查阅制度等。形成了一套比较完善的成果管理办法。

 　　谷羽带领的新技术局不断壮大。她要求干部要深入调查研究，不要不懂装懂，要老老实实向科研人员学习，做科研人员的朋友，尊重基层领导，树立为基层、为科研人员服务的作风，多为基层、为科研人员办实事；她还要求干部要严格执行保密守则，工作要雷厉风行，要认真负责。再加上逐渐形成的一套计划管理、财务管理、器材供应管理、基建设计管理、工厂管理和科研成果管理办法等，使新技术局做为院在国防科研方面的职能局，不断成熟和有影响力，在促进国防科研发展方面，协助院党组做了不少具体工作。

 　　1966年全院106个科研单位，新技术局归口47个，全院22310名科研人员，新技术局口占11328人，全院职工总数61681人，新技术局口30540人，科学事业费和基建投资，新技术局口占比例更高。

 　　在院外，谷羽是一位受人尊重的管理专家。她是一位局长，但她到各部委联系工作，出来接待的，往往不仅是对口的局长，而常常是副部长、副主任、秘书长；她能直接找聂荣臻、找工办主任、找财政部长……；她和她带的干部可以直接在各路将军（原子弹、导弹、海、陆、空、特种兵等）的会议上汇报科学院的情况，研讨国防科研规划和战略；她甚至可以直接找主席、总理。这虽然有她住在中南海，有联系工作方便的一面，但更重要的是她对事业的执著、责任心、魄力，以及特殊的活动能力，使她在中国科学院尖端科研方面所起的作用，远远超出了一位局长所能起的作用。

 　　在院内，她除了关心科研项目的进展，关心科研过程中各种器材、基建等条件外，尤其关心人。她从不谈个人的家庭琐事，但却关怀下属的生活；她随工人下铀矿，发现工人不带防护口罩（嫌闷气），她建议所领导一定要向工人讲清道理，严格执行防护规程，保证工人身体健康。

 　　谷羽自己则并不因为她比别人“神通”而使自己稍微特殊。对上她尊重领导，大事注意请示汇报；对所里，“04”各所领导是她的朋友，是共同商讨促进和保证完成任务的战友；对科学家非常尊重，总是以请教的态度和他们商量问题，又帮他们解决科研条件等方面的困难。

 　　谷羽以她所处的地位为科技事业的发展发挥了特殊的作用，而她自己却并未因此而获得更高的待遇。她始终保持延安老革命的好作风：生活简朴，平易近人，坦率直爽，赢得了人们的尊敬和支持。