颠倒黑白的“文革”开始不久，胡乔木被“逐出”中南海，大字报中指责他是“阎王殿的阎王”（因为毛泽东斥中宣部为“阎王殿”，胡乔木时任中宣部副部长）。在谷羽工作的科学院，院党组成了“张劲夫反党集团”，而谷羽也自然就成为“张劲夫反党集团”的“黑干将”，不断遭到批斗。她过去请毛泽东到科学院参观，被说成是“帮张劲夫反党集团欺骗毛主席，捞取政治资本”；把请刘少奇、邓小平到科学院参观，说成是“帮张劲夫与‘刘邓黑司令部’挂钩”；把为科学院争取器材、基建，说成是“为张劲夫反党集团捞取经济实惠”；把她尊重科学家说成是“对专家的迷信”等等。因而，她成了“反党分子”、“顽固不化的走资本主义道路的当权派”。在1967年的“一月风暴”中被夺权、批斗、隔离审查。

 　　大约在1968年2月，由于胡乔木的问题，邮电学院的造反派勒令谷羽在邮电学院学习的儿子退学，逼谷羽签字。谷羽又气又恨，不幸中风，左腿偏瘫。当时，她是“走资派”，医疗问题没人管，家里人就找一块木板，装上轮子，上面放一把椅子，做成简易轮椅，推她去医院打针、针灸。中风还没有治好，双腿还不能走路，科学院的造反派就把她从家带走，像拉口袋一样把她拉到台上批斗。她被隔离，不准回家，只允许她的小儿子给送点吃的，还不让见面。她的小儿子见不得父母如此被摧残而自缢身亡，谷羽痛失一个爱子。

 　　1967年10月25日，毛泽东批准聂荣臻《关于国防科研体制调整、改组方案的报告》，决定成立若干研究院，并决定新技术局及其归口所也分别纳入各研究院。当时，新技术局归口的46个所、厂分别调整到对口的8个研究院（另有10个所当时未分配，以后留在科学院）。新技术局机关478人，分别被分配到13个单位。未分配11人，谷羽尚在被审查中，自然是未被分配者中的一人。谷羽无缘与她亲手营造的新技术局共同走完它的历程。

 　　1969年10月，谷羽恢复了组织生活，但由于胡乔木尚在被审查，而仍不能安排工作。直至1972年11月，才被分配到中国科学技术情报研究所担任副所长。她珍惜这个工作机会，并不因为被降低了职务而沮丧。她分工抓业务，主要是抓“国外信息部”。这个部当时有五个组。她一个组一个组地深入了解情况，请各组按语种、按国家给她做介绍。她说，“这等于我看了各国的杂志，是很好的学习。”而大家对她的印象是，“和别的所长不一样，她懂业务，可以和大家讨论科学技术发展趋势。”其实，谷羽并未学过专业，这是她深入调查，向群众学习的结果。下属说她作风平易近人，没有架子，有一种自强不息的精神，靠自己的本事奋斗，什么事都特别认真。

 　　1976年10月，在中国政治舞台上疯狂了十年之久的“四人帮”终于被粉碎了。随着“文化大革命”的结束，中国又进入了一个新的历史发展时期。11月，谷羽也很快被调回了院机关，任计划局的负责人。她到任后，首先调干部，重组计划局。

 　　十年来，被颠倒和混淆的各项政策需要再颠倒过来，机构要调整，作风要整顿，科技队伍“青黄不接”，科研装备已经落后，科研水平与世界先进水平的差距也拉大了。中国科学院召开院工作会议。提出了恢复正常秩序的一系列具体措施；制定了《中国科学院1978—–1985年长远规划》，讨论了中国科学院的业务方向、任务、远期和近期的奋斗目标，以及如何缩短各学科同世界先进水平的差距等问题。谷羽所领导的计划局，为这次会议的准备工作及时做出了贡献。她深知情报信息对规划和战略讨论的意义，从她熟悉的情报所国外信息部抽调了人员与科学院图书馆合作，建立了一个科技信息服务系统，在副局长邓裕民领导下，提供和分析国外的规划样本及制定规划的方法，做为会议讨论规划的借鉴。同时，根据对国内、国外资料的分析，及时向院领导提供数据和资料。

 　　1978年3月18日，迎来了全国科学大会的召开。邓小平重申“四个现代化”的关键是科学技术现代化，重申中国的科技队伍是工人阶级的一部分。使与会者受到极大鼓舞，充满了对未来的希望和信心。会后，中国科学院的工作得到了较快的恢复和发展，从国家得到的基建投资与科学事业费也有了较大幅度的提高，计划局的任务加重了。

 　　谷羽于1979年8月晋升为中国科学院副秘书长，1982年7月任中国科学院顾问。