１９３５年１０月，因当时江苏南通大生一厂副厂（即今南通国棉二厂）经营亏损，提出整顿改造，张方佐受聘担任厂长。他从扩展规模与降低成本入手，同时加强各个环节的质量管理。在增锭扩台投产不久，工厂即转亏为盈。１９３７年“八·一三”事件后，日本侵略军侵占上海，次年占领南通，工厂被军管，张方佐被迫离开。于１９３８年１０月重新回到上海，进入诚孚公司任工程师，负责把上海启东大生二厂设备搬迁并入新裕二厂（今上海国棉十四厂），１９４０年４月，担任该厂厂长，主持日常生产和技术管理工作，直到１９４５年抗战胜利为止。在将近２０年的工厂实践中，使他在纺织企业的生产管理方面积累了丰富的经验。

　　１９４５年８月，抗战胜利后，当时重庆国民政府充分看到纺织工业在全国经济中举足轻重的地位，特别是上海作为全国最大的经济、金融、贸易中心和工业基地，当时上海占有全国４８％的棉纺锭和７５％的毛纺锭。为了加强对全国纺织工业的控制，于当年１２月底，成立了中国纺织建设公司（简称中纺公司），统一接管沦陷区的全部日伪纺织资产。总公司设在上海，并先后在天津、青岛、沈阳等地设立分公司。因为张方佐长期在江浙、沪杭一带纺织业任职，由于他事业心强，在学术和技术管理上均有相当造诣，已是纺织界颇有影响的技术专家，因此被聘为中纺公司的工务处副处长兼总工程师，负责全公司的日常技术管理。公司建立初期，工务处的主要任务是尽快把大批处于停工状态的工厂恢复生产。但由于这些接管的日资工厂原来分属于内外棉、公大、东洋纺、上海纺、日华纺、同兴、大康、丰田等“八大系统”，在经营管理上自成体系，各自为政，给公司统一管理造成很多困难。中纺公司为了加强集中统一的领导，除了在接收过程中已经陆续延揽了一批有声望和实践经验的技术人员，充实到技术管理部门和各厂的领导岗位以外，在恢复生产以后，又在张方佐的主持下，拟订了一套统一的工厂组织体系，包括由工务工程师室直接管理下的“试训课＋工场制”为基础的生产技术系统和以总务、财务、物资三课分立的后勤管理系统，这一套体系，后来成为我国纺织企业管理体系的基本模式。同时，还在整个中纺公司系统建立了自上而下以技术指挥系统为核心的运行机制。中华人民共和国建立前夕，全国装备４９２万枚棉纺锭，属于中纺公司管辖的有１８０万锭，占全国３６．６％；全国织机６．６万台，属中纺公司的有３．９４万台，占６１％。中纺公司这一套行之有效的管理体制，在全国纺织工业中起了示范作用。

　　１９４９年春，第三次国内革命战争已经取得了决定性的胜利，上海临近解放，当时物价飞涨，形势日趋紧张，即使工程技术界人士，思想也很波动。这时上海中国共产党地下党组织十分了解张方佐为人正直，作风正派，操守廉洁，是一位有影响力的爱国人士和忠于职守的技术人员，于是派人主动和他联系，为他送去《新民主主义论》和其他有关时事政策的材料，并动员他协助组织好中纺公司所属各厂领导和技术人员坚守岗位，配合上海解放。一生以“实业救国”为抱负的张方佐，对国民党早已失去信心，因此在这个紧急关头，毅然决心留下来，并多次秘密召集各厂厂长开会，配合护厂纠察队，做好护厂工作，直到上海解放。以张方佐的地位和声望，他的去留，对稳定上海纺织界一批技术骨干的思想，起了重要作用。

　　张方佐为了把自己的技术知识贡献给祖国的纺织事业，一直十分关心企业管理工作。从他留日回国之日起，就深感我国民族纺织工业技术力量薄弱，缺乏管理经验。因此，他努力探索提高企业管理水平的途径。１９４３—１９４４年，他结合自己十几年工厂实践的经验，在新裕技训班授课时认真编写授课教材，后来又整理成约４０万字的《棉纺织工场之设计与管理》一书，并用自己的积蓄，于１９４５年１月正式出版。全书包含设计、设备、管理三个部分，是我国现代纺织生产管理史上首先集技术与管理为一体的重要论著，成为抗战胜利后纺织企业恢复生产和统一技术管理带有指导性的著作，１９４７年８月又刊印再版。

　　张方佐在企业生产管理方面的才能，在他主持中纺公司技术管理工作之后，更得到进一步的发挥，并在实际工作中取得了重要成就。他为了把原来分属于不同财团、在经营管理上各行其是的日资企业，纳入中纺公司统一管理的轨道，首先抓制度建设，建立起一套所属企业必须统一遵守的技术管理规则和产品质量规范。在统一全公司的产品质量管理方面，拟订了成品、半成品的统一质量标准，各种纱支的产、质量定额，用棉、用电定额和成本折算比率。与此同时，公司也相应建立起专门的巡回督导团和技术促进组，前者定期到上海、青岛、天津等所属工厂，检查设备保养状况和产品质量、管理制度执行情况等；后者则负责编写从纺纱到织布各工序的保全运转技术标准与管理规程，统一和提高各厂技术水平。正是因为建立起这样一整套的管理规范，所以中纺公司系统在接收日伪工厂以后，没有造成管理上的混乱，并使工厂生产管理秩序比较井然有条，而且能继续保持原来畅销世界的“蓝凤牌”棉纱、“龙头细布”等名牌产品在国际市场的地位。使中纺公司的技术管理在全国纺织界“独树一帜”，具有相当的权威。在中纺公司建立起正常的生产秩序以后，张方佐又在边实践、边总结经验的基础上，于１９４７年主持编辑了中纺公司第一部约９０万字的管理规范——《工务辑要》，经过有关人员的共同努力，于１９４９年５月正式出版。通过这一部规范性的管理制度的实施，从公司到企业，建立了以技术管理为核心的生产指挥系统和以工程师室为中心的技术管理系统。中华人民共和国建立后，纺织工业被公认为是我国管理制度最为健全的产业部门，这与张方佐在主持中纺公司技术管理工作时打下的基础是分不开的。

　　张方佐学术事业的另一个重心，是积极创导开展群众性的科技活动，创办各种学术刊物，推动我国纺织科技事业的普及和发展。中华人民共和国建立前后，他先后在中纺公司、华东纺织管理局、中国纺织学会主办的全国纺织界最有权威性的《纺织建设》、《纺织通报》、《纺织技术》、《纺织学报》等刊物，担任编委会主任。１９７２年长沙马王堆古墓中的纺织品出土，震动了中外考古学家。纺织界的老专家，深感像我们这样一个具有几千年文明史的古国，应该有一部全面反映中国纺织科技成就的历史著作。因此，１９７７年在纺织工业部副部长陈维稷的主持下，组织力量着手编著《中国纺织科学技术史》（古代部分），张方佐积极参与了编委会前期的工作，可惜当这部著作出版时，这位一生从事纺织科技事业的老人，已经离开了人世。