５０年代，杨恩孚领导的科研课题涉及许多方面，但其共同特点是：结合我国具体情况，解决实际问题。比如，我国人民传统上一向以素食为主，蛋白质的来源主要依靠谷类。中华人民共和国建立初期，在经济形势比较困难的条件下，不可能增加动物蛋白质在膳食结构中的比重，但为了提高膳食营养价值，改进蛋白质的品质，杨恩孚通过人体和动物实验，对不同植物蛋白质进行适当配比，使其互补短长，达到优化目的。例如，他曾以６名成年男子进行人体实验，将素膳和荤膳对人体氮平衡的影响作了比较，两种膳食的热能供给量均为１２５５２千焦耳（３０００千卡），蛋白质供给量均为８５克，但素膳中豆类蛋白质占蛋白质总量的２０％，而荤膳则以动物性蛋白质为主，占蛋白质总量的５０％。在该实验条件下，其三个素食期的氮平衡分别为每日＋０．８４、十０．８７和十０．６５克氮，二个荤食期的氮平衡分别为每日—０．２６和—０．５６克氮。一般认为人体排出氮量占食入量的９５％—１０５％时，可视为氮的平衡。该实验其素食期排出氮量占食入量的９４％—９５％。荤食期间，其氮平衡虽然均为负数，但排出氮量占食入量的１０２％—１０４％，故仍可视为氮的平衡状况。这说明，只要将植物蛋白质适当调配，就可使其营养价值不亚于动物蛋白质，从而为植物蛋白质的合理利用，开辟了广阔的前景。

　　此外，当时学术界有人认为，中国人的核黄素摄入水平普遍低于西方人，主张提高核黄素的供给标准。杨恩孚将欧美人和中国人的膳食进行比较，发现他们摄入的蛋白质比中国人多，而且大多来自动物食品。同时，因种族不同，他们的平均身高、体重和中国人存在一定差别。杨恩孚通过动物实验证实，在低蛋白质营养条件下，单纯提高核黄素供给水平，核黄素即随尿排出，并不能在体内存留。所以根据当时的历史背景和生活水平，主张提高中国人的核黄素供给标准是没有实际意义的。据此，杨恩孚认为考虑任何学术问题都不要盲目攀比，一定要从我国的实际出发，不能脱离国情。

　　从事营养学研究，首先要了解和掌握各种食物的成分。作为基本建设，杨恩孚和周启源积极组织，共同筹划，在系内投入了相当的人力、物力，开展食物营养成分的分析、测定工作，并陆续出版了《食物成分表》、《食物营养成分测定法》等工具书，为全国营养专业及有关学科提供了基本资料和技术手段，在解决实际问题方面起到了指导作用。