为诸王的阴谋所警觉，蒙哥担心出现更多的危害自己生命的阴谋，同时渴望报复，便发动了一次无情的广泛的清洗。术赤系和拖雷系的军队组成一个巨大的捏儿格（蒙古语，意为士兵排成半圆形的战斗队列），并且下令肃清待罪诸王在蒙古、准噶尔地区和突厥斯坦的同谋。已经在监禁中的待罪诸王则由大汗亲自审问。忽察、脑忽、失烈门和其他后来牵连到阴谋之中被证明有罪的人，起初被流放，或监禁在军营之中，随后被全部处死。斡兀立海迷失和失烈门的母亲合答合赤同样受到审讯。他们被带到唆鲁和帖尼别吉的营帐，并被指控谋反和使用巫术。在饱受屈辱和虐待以后，她们都被处死，或者如一些资料所说，被允许自杀。

    窝阔台和贵由的大臣镇海、合答以及他们的同僚，被带到蒙哥的大断事官忙哥撒儿面前，他们被宣告犯有唆使脑忽和失烈门叛乱之罪，需用生命来抵偿。作为窝阔台系长期的家臣，他们不能改变效忠的对象和进入新的政权，因为一个蒙古亲王与他的家臣总是荣辱与共的。

    地位较低的人物则由蒙哥派遣到帝国各地的断事官（札鲁忽赤）审查。例如，在阿富汗斯坦的也里，一个亲察合台系的书记被蒙哥的代理人定罪，在进行泛泛的审问以确定这个地区的蒙古官员反拖雷系的程度之后，被处以死刑。即使在遥远的伊拉克，断事官也设法查出并惩罚反对者和叛乱者。

    这场血腥的清洗决不仅限于皇家和政府官员，它涉及到了所有附属国家的首脑，他们每个人都被要求亲自前往哈剌和林谒见新的合罕。那些保持中立或者支持拖雷系的人得以保全地位，而那些表示同情窝阔台系的人们则被迅速消灭。畏兀儿的亦都护撒林底被发现与斡兀立海迷失结成同盟，便根据蒙哥的命令被斩首。亦都护的兄弟和继承人玉古伦赤曾向拖雷系表示忠诚，充当了撒林底的刽子手。同样的命运也降临在位于伊朗境内的一个附属国起儿漫的统治者身上。

    受害者的总数已无法知道，但无可置疑是个大数目：忙哥撒儿声称他亲自审问和处死了77个大臣和官员，根据当时包括蒙哥自己在内的目击者的证言，毫无疑问窝阔台系和察合台系宗王的队伍相当可观地缩小了。显而易见能从蒙哥的罗网中漏脱的反对者很少，因为在他统治的其余岁月中，宗王的反抗是个别的。

    拖雷系的胜利自然导致皇族宗王间关系的较大调整。首先，蒙哥于1251年安排他的两个弟弟忽必烈和旭烈兀分别管理中原和西亚地区的时候，实质上创造了两个新的地区汗国。通过这个行动，他巩固了拖雷系对帝国中大多数经济上出产丰富的地区的控制，而且因此加强了他对其他皇室族系的权力。

    那些屈服于大汗的窝阔台系的成员被授与广泛分散在内亚的领土。窝阔台的一个孙子海都被赐予巴尔喀什湖以南的海押立城，他的兄弟灭里得到了沿也儿的石河的土地。结果，“顺从的” 窝阔台系的成员对自己的地位没有什么办法，并且谨慎地彼此分离起来。在海都复兴家族的时机来临之前，这种情况将持续近20年。

    关于察合台系，在位的亲窝阔台系的也速蒙哥汗被废黜并处死，由他的侄子——曾在1242至1246年间掌权的哈剌旭烈兀取代他。由于贵由支持也速蒙哥而被免职，哈剌旭烈兀因此被激怒，并成为拖雷系早期的拥护者。他是一个多病的人，死在前往他位于中亚的斡耳朵（营帐）的道路上，根据皇家的法令，他的小儿子木八剌沙继承他，由他的寡妇兀鲁忽乃摄政。

    这样，两个竞争的族系暂时变得衰弱，而且顺从大汗的意志。蒙哥与拔都的关系必然是在一个非常不同的基础上处理的。就谱系而言，术赤系长于蒙哥，并且在争夺汗位的斗争中是蒙哥的主要支持者。因此大汗给予拔都特殊的尊敬，并对他的援助表示极大的感谢。但这并不像有些人设想的那样：拔都是一个最强大的汗位拥立者，他保证拖雷系拥有汗位，从而使自己获得帝国的西半部为报答。①事实上，拖雷系通过自身的努力使实力强大起来。唆鲁和帖尼别吉是真正的汗位拥立者，而且拖雷系掌握着大部分成吉思汗的军队，这使实力的天平倾向他们一边。

    实际上，蒙哥从来未曾在外交或军事事务上给拔都以任何皇家特权。到达术赤系领土的外国使节通常被转送到哈剌和林与大汗直接进行谈判。大汗能够而且确实从术赤系的军队中调派相当大的分遣部队参加其他皇室族系成员获利的战役，例如在1257年至1258年旭烈兀攻击报达的战争中就是如此。金帐汗国的内部事务由两者共同管理：一切主要的行政工作——实行人口调查、征集赋税和类似的事情——由大汗和术赤系的代理人共同承担。在理论上，共同管理的原则在其他地区的汗国同样起作用，但实际上，只有在金帐汗国的范围之内二者是平等的。在帝国的其他地方——中亚、中原、伊朗——皇帝明确地占据着对其辖下的汗王的统治地位。

    在加紧巩固自己势力的同时，拖雷系将很大的注意力放在正统问题上。继承权明显地引起了争论，蒙哥感到有必要向全体蒙古人民证明他的即位是正当的。

    在关于继承权的争论中，拖雷系通过强调两次忽邻勒台的“合法性”巩固了蒙哥的执政地位。他们指出皇室的所有支系都曾派出代表，所以会议也因此宣布了合法的一致意见。相反地，他们强调，窝阔台系不讲信义地背叛了正当组成的忽邻勒台的决定。为使这个消息传遍各地[2][3][4][5][6]，实行清洗的审判被当成讲坛，窝阔台的宗王们自己在法庭上陷入了绝境，供认了他们的罪行，承认两次忽邻勒台的合法性。蒙哥因此合法拥有了王冠。为了支持他们对汗位的所有权，拖雷系将蒙哥描绘成成吉思汗传统的化身，一位惟一不屈不挠恪守札撒的规范并具有执政资格的人。蒙哥本人自豪地主张“遵祖宗之法，不蹈袭他国所为”，简洁地概括了拖雷系这方面的情况。为进一步地努力使他们自身遮蔽在祖先的覆荫之下，1252年，拖雷系开始正式地对成吉思汗表示崇拜。同时，埋葬在父亲身边的拖雷被追封为汗，并且也成为官方倡议的崇拜对象。

    为反驳拖雷系的说法，窝阔台系只是争辩成吉思汗在指定窝阔台为他的继承人，曾经打算将汗位保留在他第三个儿子的家族里，因而，无论蒙哥得到什么资格或认可，都不能被认为是合法的大汗。当然，他们的前提是，拖雷系有争议的继承权源于成吉思汗和窝阔台在这个问题上的声明互相矛盾。无论拖雷系的这些或其他断言是否真实都不是关键，重要的是拖雷系广泛而且有效地传播了有利于他们的合法继承权的可信的事实。