1949年5月，华南分局内迁粤东。8月，方方奉命赴赣州与叶剑英及南下大军会师。9月，参加叶剑英主持在赣州召开的华南分局扩大会议，方方被任命为华南分局第三书记，参与部署解放华南、广东和接管工作；　1949年10月14日广州解放之后，任广东省人民政府第一副主席、广东省土地改革委员会主任。1952年7月后，改任华南分局第五书记、常委，作为叶剑英的助手，在接管工作、建立和巩固政权、民主改革、恢复和发展经济等方面作出了贡献。1953年任分局交通运输部长。1955年方方奉调北京，先后任中共中央统战部副部长，中华人民共和国华侨事务委员会党组书记、副主任，全国侨联副主席等职。他对华侨、归侨和侨眷有深刻的了解和深厚感情，认为他们是社会主义建设的一支重要力量。他积极协助廖承志主持中侨委的日常工作，坚持侨务工作的社会主义方向，贯彻执行党的侨务政策。他遵循"一视同仁，不得歧视，根据特点，适当照顾"的方针，开展归侨、侨眷的工作。10多年问，他经常深入基层，广泛接触各阶层华侨、归侨、侨眷，掌握第一手资料；及时向中央提出建议，采取相应措施。例如，在全国合作化和公社化高潮中，及时制定丁关于提前改变华侨地主、富农的成分的政策；关于解决侨区土改中的遗留问题的政策；关于保证侨汇和侨户的房屋等生活资料的所有权和使用权的政策，等等。 建国以后，有几十万华侨和华侨学生陆续回国参加建设和学习。国家为此创办了几十个国营华侨农场和华侨投资企业，华侨中等补习学校以及暨南大学和华侨大学，特别是开办几十个农场，从进点建场，发展生产，到总结推广经验，方方都花费了许多心血。他在建立和扩展华侨旅行社的服务工作网、指导组织华侨参观方面，也做了不少工作。
60年代
　　60年代三年国民经济暂时困难时期，他及时采取各种措施：对侨汇物资，给以特殊供应；设立侨汇商店，保障粮油副食品的供应；同时鼓励华侨、归侨、侨眷进口生产资料，发展侨乡农业生产；允许从国外免税进口必要的生活资料。这些，对侨乡和广大归侨、侨眷发展生产、保障生活，对侨乡社会秩序的稳定都起了积极的作用。同一时期，国家面临接待安置从印尼回国的十几万难侨的艰巨繁重的任务，他出任"中华人民共和国接待和安置归国华侨委员会"委员兼办公室主任。他在北京对接侨工作统筹安排之后，来到潮汕，冒着酷暑，带领地、市和惠来、普宁、陆丰3县的领导同志爬山涉水，在现场反复勘察，为这3个县的国营农场定了点，研究了建场计划。他还亲自到大南山新建的华侨农场，主持全国华侨农场工作会议，指导办好华侨农场，协调毗邻各省、各有关部门的关系，使得接侨工作按照计划完成了任务。 方方对贯彻执行党的侨务政策，始终不渝。他对违反侨务政策，如在就业、升学、入党、入团、参军、婚姻等问题上歧视归侨、侨眷的言行进行了不调和的斗争。 他一生学习孜孜不倦，勤于著述。他的遗稿数百万字。《三年游击战争》是当年艰苦斗争的纪实，具有感染力。
文革
　　方方在十年动乱中，遭受林彪、"四人帮"残酷迫害，1971年9月21日，含冤与世长辞。1979年3月28日，中共中央为方方举行隆重的追悼会为他平反昭雪。1994年4月中共中央政治局常委作出决定，撤销50年代方方所受的不公正处理，为方方恢复政治名誉。