1992年12月，次旺被调往西藏民族学院任院长、党委副书记。

　　西藏民族学院是西藏和平解放后，1958年在陕西省咸阳市创办的西藏公学的基础上，于1965年扩建的西藏第一所高等学府，建院以来为新西藏的建设培养了各类人才，做出了历史性的贡献。但毕竟是几十年过去了，学校的基础设施全面陈旧老化，在新的形势下各种关系也需重新理顺。可以说，次旺是面对着困难与挑战的双重压力，担子不轻。

　　他上任后，西藏民族学院先后组织了多次教育思想大讨论；组织领导班子成员，带着问题深入基层开展调研；派出教育考察组，向省内外兄弟院校进行对口考察学习取经；1994年又理出了新形势下学校发展的大体思路；1995年民院第八次党代会上通过了《西藏民族学院教育改革和发展意见》，明确提出今后10-15年改革和发展的指导思想及全面的规划。

　　行成于思，思益于行。几年来，在院党委的领导下，次旺带领全院师生员工积极探索新形势下办学的新路子，揭开了民院综合改革的一幕幕：

　　1993年，为加快适应新形势下西藏对各方面人才的需要，及时调整、增设专业，从知识、能力、素质三方面培养人才；修订各专业的教学计划，将英语作为本专科生的必修课，调整和规范了藏语文课的教学目标和内容，并对这两门课实行“通级考试”制度；1994年增设了“计算机应用”公共必修课；推行“学分制”；开展教学质量目标管理试点工作，使教学管理工作逐步向规范化、制度化、科学化迈进。经过几年持续不断的探索和实践，初步形成了基础理论较扎实、知识面较宽、实践能力较强、藏汉英三语及计算机运用能力较突出的民院人才培养特色。
 

接待美国前总统卡特访问西藏大学。

 　　在学生管理工作中，强调以培养跨世纪新人为目标，以提高学生综合素质为目的，积极引进竞争机制，努力营造育人氛围，引导学生德、智、体全面发展。1993年推行德、智、体综合考评条例；1994年改助学金为奖学金，建立贷学金制度；实行包括行为规范、宿舍管理在内的一整套管理机制，使学生管理工作具体化。1997年“民院综合考评”被评为自治区教育成果二等奖。

 

　　与此同时，着手校内管理体制改革，强调解放思想，更新观念，全面建立与市场经济体制相适应的激励机制，强化按教育规律办学，努力使民院的各项工作与全国高校框架上一致，体制上接轨，从而提高了为教学、科研和全校各民族师生员工服务的效率和水平。

　　在推进学校各项改革的过程中，次旺作为院长，始终强调坚持“两手抓，两手都要硬”，注重思想政治工作的导向作用。在充分发挥“两课”教学主阵地作用的同时，结合形势大力开展爱国主义、集体主义、社会主义的主旋律教育，积极开展有益于学生素质教育的丰富多彩的文体活动和社会实践活动。1995年，民院代表西藏高校第一次参加“挑战杯”全国大学生课外科技作品竞赛，到1997年参赛队员在两届“挑战杯”获奖榜上都有入选名单，并获得两次优秀组织奖；1995年院团委被陕西省教工委、教委、团省委、学联评为社会实践先进集体；1996年春次旺亲自策划并率团代表西藏参加全国首届大学生文艺汇演，获“优秀节目”三等奖；同年9月由次旺亲自带团参加第五届全国大学生运动会，获得一枚铜牌，实现了西藏在大运会上奖牌零的突破并有两名藏族学生先后打破了自治区运动会的记录，运动队和代表团双双获“精神文明奖”。
 

向外宾介绍西藏社会科学院珍藏的藏文古籍。

  　　从1995年起，民院打开校门积极参与陕西省委、省政府及省教委开展的“创佳评差”活动，先后下发文明学生、文明教室、文明宿舍等条例和“禁酒”、公共场所禁烟等决定，开展“四个十”(即：十个文明教师、学生、教室、宿舍)和“两个一”(即一个文明职工宿舍楼和文明职工住宅区)活动等，校园文明程度有了较大的提高。1998年民院被自治区评为首批“文明学校”。

 

　　在政治思想工作的实践中，次旺力求在目标上注重实际，在方式上注重创新，在载体上注重实效，在工作上注重调动群体的积极性，始终保持思想政治工作在基层的生机与活力，努力使学校各项改革和建设得以顺利进行，有力地推动了学院的教育、教学、后勤改革进程。

　　通过几年的综合改革，初步打破了民院长期在计划经济体制下的办学模式，较快地实现了民族教育在保持自己特色的前提下主动与全国高等教育接轨的目标，无论在办学的层次上、规模上、渠道上，还是在教学质量、办学效益、办学综合实力上都有了一个较大的突破，为学院的建设和各项事业的跨跃式发展奠定了坚实的基础。老民院的人都认为次旺主持工作的那几年，是民院发展史上又一次办学的高峰期，条件年年在改善，办学规模不断扩大，教育质量提高了一大步，应当说这一切得益于全国加快改革开放的大好趋势，得益于上级领导的支持，也得益于民院领导班子的团结奋进和次旺院长的苦心、苦干。

 

向甘肃省小活佛参观团介绍西藏民族学院情况。

　　1998年9月20日，风和日丽，金秋送爽。民院3000多名各民族师生员工迎来了建院40周年华诞。此时次旺又接到了调任西藏自治区社会科学院院长的通知。

 

　　咸阳古道连接着高原新路，次旺新的人生旅程又开始了。如今他到西藏社科院已两年多了，院内新建起了一座科研楼和学术厅；计算机局域网正在筹建中；在自治区领导的支持关怀下，在拉萨组织召开了“2000经济全球化与西藏大开发拉萨研讨会”和“2000全国社科院院长联席会暨社科援藏研讨会”；同中国社会科学院民族文学研究所签订协议，“十五”期间将组织整理出版第一部世界上最长的英雄史诗《格萨尔王传》民间艺人桑珠说唱本；同挪威、奥地利、美国、法国等国藏学研究机构签订了学术交流合作协议；以科研管理体制改革为龙头的院内综合改革正在起步……

　　他的路正在延伸，他的路还很长。