彭家元对不符合科学的提法和作法，敢于坦率地提出不同意见
彭家元有几十年的教学经验，是知名教授，但在教学中总是一丝不苟，精益求精，认真备课，认真讲课，认真辅导学生。年轻教师平时去他家时，总是看见他在备课，修改讲稿，甚至春节期间也不肯稍事休息，抓紧时间，查阅资料，丰富讲稿，为下学期开课作好一切准备。
彭家元不仅对年轻教师和学生关心爱护，严格要求，对子女也是毫不例外。他共有五个儿子，分别取名为彭传栋、梁、正、直、诚，寓意于希望儿子成为国家栋梁，并且为人正直诚恳。他对子女希望殷切，经常按照中国共产党和国家对青年的要求来要求他们。他针对当时一些青年不愿去艰苦地区工作的情况说：“党和人民培养了你们，如果艰苦的地方都不愿意去，那谁去建设？”他以身作则，他的三个儿子（老大早逝，老二去台）大学毕业后都分别去了西藏、甘肃和四川省藏族自治州的九龙县，另一个抚养的女儿也分到雅安地区最边远的石棉县工作，结果俩老年逾花甲，身边一个子女也没有留下。
彭家元夫人王菊逸女士与彭家元同岁，早年就读于私塾，后在女子师范上学两年，与彭家元结婚后，感情弥笃。她为了彭家元的事业，承担了全部家务劳动和抚养子女的重任，使彭家元能够集中精力于科学研究和农业教育，而无后顾之忧。几十年的朝夕相处，甘苦与共，使他们相濡以沫，相依为命。
“文化大革命”初期，彭家元被诬陷为“反动学术权威”，并强加许多莫须有的罪名，遭到长时间的批判斗争、人身侮辱和肆意殴打，身心受到极度摧残，1966年9月3日与夫人一起自尽，夫人遇救，彭家元含冤逝世，终年69岁。
1978年6月14日，中共四川农学院委员会为彭家元平反昭雪，恢复名誉。1978年12月16日在全校范围内为彭家元举行隆重的骨灰安放仪式。大家深深地怀念这位为我国土壤肥料科学的发展作出巨大贡献的土壤肥料学家、农业教育家和土壤肥料学界的先驱和开拓者彭家元教授。
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